tools/clitkBackProjectImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKBACKPROJECTIMAGEGENERICFILTER_TXX
  19 #define CLITKBACKPROJECTIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 /**
  21    =================================================
  22    * @file   clitkBackProjectImageGenericFilter.txx
  23    * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   30 April 2008
  25    *
  26    * @brief Project a 3D image using a cone-beam geometry
  27    *
  28    =================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //================================================================================
  35   template <class  InputPixelType> void BackProjectImageGenericFilter::UpdateWithPixelType()
  36   {
  37
  38     //---------------------------------
  39     // Define the images
  40     //---------------------------------
  41     const unsigned int InputImageDimension=2;
  42     typedef itk::Image<InputPixelType, InputImageDimension> InputImageType;
  43     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> ImageReaderType;
  44     typename  ImageReaderType::Pointer reader = ImageReaderType::New();
  45     reader->SetFileName(m_InputFileName);
  46     reader->Update();
  47     typename InputImageType::Pointer input = reader->GetOutput();
  48
  49     //Define the output type
  50     //JV always float?
  51     const unsigned int OutputImageDimension=3;
  52     typedef float OutputPixelType;
  53     typedef itk::Image<OutputPixelType, OutputImageDimension> OutputImageType;
  54
  55     //Create the BackProjectImageFilter
  56     typedef BackProjectImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BackProjectImageFilterType;
  57     typename BackProjectImageFilterType::Pointer filter=BackProjectImageFilterType::New();
  58
  59
  60     //---------------------------------
  61     //Pass all the necessary parameters
  62     //---------------------------------
  63     unsigned int i=0;
  64     filter->SetInput(input);
  65     if (m_ArgsInfo.threads_given) filter->SetNumberOfThreads(m_ArgsInfo.threads_arg);
  66
  67     //Projection parameters
  68     OutputImageType::PointType iso;
  69     if (m_ArgsInfo.iso_given)
  70       {
  71         for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
  72           iso[i]=m_ArgsInfo.iso_arg[i];
  73         filter->SetIsoCenter(iso);
  74       }
  75     filter->SetSourceToScreen(m_ArgsInfo.screen_arg);
  76     filter->SetSourceToAxis(m_ArgsInfo.axis_arg);
  77     filter->SetProjectionAngle(m_ArgsInfo.angle_arg);
  78     if (m_ArgsInfo.matrix_given)
  79       {
  80         itk::Matrix<double,4,4> rt =ReadMatrix3D(m_ArgsInfo.matrix_arg);
  81         filter->SetRigidTransformMatrix(rt);
  82       }
  83     filter->SetEdgePaddingValue(static_cast<OutputPixelType>(m_ArgsInfo.pad_arg));
  84
  85     //Output image info
  86     if (m_ArgsInfo.like_given)
  87       {
  88         typedef itk::ImageFileReader<OutputImageType> ReaderType;
  89         ReaderType::Pointer reader2=ReaderType::New();
  90         reader2->SetFileName(m_ArgsInfo.like_arg);
  91         reader2->Update();
  92
  93         OutputImageType::Pointer image=reader2->GetOutput();
  94         filter->SetOutputParametersFromImage(image);
  95       }
  96     else
  97       {
  98         if(m_ArgsInfo.origin_given)
  99           {
 100             OutputImageType::PointType origin;
 101             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 102               origin[i]=m_ArgsInfo.origin_arg[i];
 103             filter->SetOutputOrigin(origin);
 104           }
 105         if (m_ArgsInfo.spacing_given)
 106           {
 107             OutputImageType::SpacingType spacing;
 108             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 109               spacing[i]=m_ArgsInfo.spacing_arg[i];
 110             filter->SetOutputSpacing(spacing);
 111           }
 112         if (m_ArgsInfo.spacing_given)
 113           {
 114             OutputImageType::SizeType size;
 115             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 116               size[i]=m_ArgsInfo.size_arg[i];
 117             filter->SetOutputSize(size);
 118           }
 119       }
 120
 121     //Go
 122     filter->Update();
 123
 124     //Get the output
 125     OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 126
 127     //Write the output
 128     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> OutputWriterType;
 129     OutputWriterType::Pointer outputWriter = OutputWriterType::New();
 130     outputWriter->SetInput(output);
 131     outputWriter->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 132     if (m_Verbose)std::cout<<"Writing back projected image..."<<std::endl;
 133     outputWriter->Update();
 134   }
 135
 136 }
 137
 138 #endif //#define CLITKBACKPROJECTIMAGEGENERICFILTER_TXX