tools/clitkBackProjectImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKBACKPROJECTIMAGEGENERICFILTER_TXX
  19 #define CLITKBACKPROJECTIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 /**
  21    =================================================
  22    * @file   clitkBackProjectImageGenericFilter.txx
  23    * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   30 April 2008
  25    *
  26    * @brief Project a 3D image using a cone-beam geometry
  27    *
  28    =================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //================================================================================
  35   template <class  InputPixelType> void BackProjectImageGenericFilter::UpdateWithPixelType()
  36   {
  37
  38     //---------------------------------
  39     // Define the images
  40     //---------------------------------
  41     const unsigned int InputImageDimension=2;
  42     typedef itk::Image<InputPixelType, InputImageDimension> InputImageType;
  43     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> ImageReaderType;
  44     typename  ImageReaderType::Pointer reader = ImageReaderType::New();
  45     reader->SetFileName(m_InputFileName);
  46     reader->Update();
  47     typename InputImageType::Pointer input = reader->GetOutput();
  48
  49     //Define the output type
  50     //JV always float?
  51     const unsigned int OutputImageDimension=3;
  52     typedef float OutputPixelType;
  53     typedef itk::Image<OutputPixelType, OutputImageDimension> OutputImageType;
  54
  55     //Create the BackProjectImageFilter
  56     typedef BackProjectImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BackProjectImageFilterType;
  57     typename BackProjectImageFilterType::Pointer filter=BackProjectImageFilterType::New();
  58
  59
  60     //---------------------------------
  61     //Pass all the necessary parameters
  62     //---------------------------------
  63     unsigned int i=0;
  64     filter->SetInput(input);
  65     if (m_ArgsInfo.threads_given) filter->SetNumberOfThreads(m_ArgsInfo.threads_arg);
  66
  67     //Projection parameters
  68     OutputImageType::PointType iso;
  69     if (m_ArgsInfo.iso_given)
  70       {
  71         for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
  72           iso[i]=m_ArgsInfo.iso_arg[i];
  73         filter->SetIsoCenter(iso);
  74       }
  75     if (m_ArgsInfo.panel_shift_given)
  76       filter->SetPanelShift(m_ArgsInfo.panel_shift_arg[0], m_ArgsInfo.panel_shift_arg[1]);
  77     filter->SetSourceToScreen(m_ArgsInfo.screen_arg);
  78     filter->SetSourceToAxis(m_ArgsInfo.axis_arg);
  79     filter->SetProjectionAngle(m_ArgsInfo.angle_arg);
  80     if (m_ArgsInfo.matrix_given)
  81       {
  82         itk::Matrix<double,4,4> rt =ReadMatrix3D(m_ArgsInfo.matrix_arg);
  83         filter->SetRigidTransformMatrix(rt);
  84       }
  85     filter->SetEdgePaddingValue(static_cast<OutputPixelType>(m_ArgsInfo.pad_arg));
  86
  87     //Output image info
  88     if (m_ArgsInfo.like_given)
  89       {
  90         typedef itk::ImageFileReader<OutputImageType> ReaderType;
  91         ReaderType::Pointer reader2=ReaderType::New();
  92         reader2->SetFileName(m_ArgsInfo.like_arg);
  93         reader2->Update();
  94
  95         OutputImageType::Pointer image=reader2->GetOutput();
  96         filter->SetOutputParametersFromImage(image);
  97       }
  98     else
  99       {
 100         if(m_ArgsInfo.origin_given)
 101           {
 102             OutputImageType::PointType origin;
 103             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 104               origin[i]=m_ArgsInfo.origin_arg[i];
 105             filter->SetOutputOrigin(origin);
 106           }
 107         if (m_ArgsInfo.spacing_given)
 108           {
 109             OutputImageType::SpacingType spacing;
 110             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 111               spacing[i]=m_ArgsInfo.spacing_arg[i];
 112             filter->SetOutputSpacing(spacing);
 113           }
 114         if (m_ArgsInfo.spacing_given)
 115           {
 116             OutputImageType::SizeType size;
 117             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 118               size[i]=m_ArgsInfo.size_arg[i];
 119             filter->SetOutputSize(size);
 120           }
 121       }
 122
 123     //Go
 124     filter->Update();
 125
 126     //Get the output
 127     OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 128
 129     //Write the output
 130     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> OutputWriterType;
 131     OutputWriterType::Pointer outputWriter = OutputWriterType::New();
 132     outputWriter->SetInput(output);
 133     outputWriter->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 134     if (m_Verbose)std::cout<<"Writing back projected image..."<<std::endl;
 135     outputWriter->Update();
 136   }
 137
 138 }
 139
 140 #endif //#define CLITKBACKPROJECTIMAGEGENERICFILTER_TXX