tools/clitkBinarizeImageGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkBinarizeImageGenericFilter_cxx
  19 #define clitkBinarizeImageGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkBinarizeImageGenericFilter.cxx
  23  * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   29 june 2009
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkBinarizeImageGenericFilter.h"
  31
  32 // itk include
  33 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  34 #include "itkMaskImageFilter.h"
  35 #include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
  36
  37 #include <clitkCommon.h>
  38
  39 namespace clitk
  40 {
  41
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43 BinarizeImageGenericFilter::BinarizeImageGenericFilter():
  44   ImageToImageGenericFilter<Self>("BinarizeImage")
  45 {
  46   InitializeImageType<2>();
  47   InitializeImageType<3>();
  48   InitializeImageType<4>();
  49 }
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51
  52
  53 //--------------------------------------------------------------------
  54 template<unsigned int Dim>
  55 void BinarizeImageGenericFilter::InitializeImageType()
  56 {
  57   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  58 }
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60
  61
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63 void BinarizeImageGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  64 {
  65   mArgsInfo=a;
  66   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  67   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  68
  69   if (mArgsInfo.input_given) {
  70     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  71   }
  72   if (mArgsInfo.output_given) {
  73     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  74   }
  75 }
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77
  78
  79 //--------------------------------------------------------------------
  80 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  81 //--------------------------------------------------------------------
  82 template<class InputImageType>
  83 void
  84 BinarizeImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  85 {
  86
  87   // Reading input
  88   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  89
  90   // Main filter
  91   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  92   typedef itk::Image<uchar, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  93
  94   // Filter
  95   typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
  96   typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
  97   thresholdFilter->SetInput(input);
  98   thresholdFilter->SetInsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
  99
 100   if (mArgsInfo.lower_given) thresholdFilter->SetLowerThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.lower_arg));
 101   if (mArgsInfo.upper_given) thresholdFilter->SetUpperThreshold(static_cast<PixelType>(mArgsInfo.upper_arg));
 102
 103   /* Three modes :
 104      - FG -> only use FG value for pixel in the Foreground (or Inside), keep input values for outside
 105      - BG -> only use BG value for pixel in the Background (or Outside), keep input values for inside
 106      - both -> use FG and BG (real binary image)
 107   */
 108   if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("both")) {
 109     thresholdFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 110     thresholdFilter->Update();
 111     typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
 112     this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
 113   } else {
 114     typename InputImageType::Pointer outputImage;
 115     thresholdFilter->SetOutsideValue(0);
 116     if (mArgsInfo.mode_arg == std::string("BG")) {
 117       typedef itk::MaskImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 118       typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 119       maskFilter->SetInput1(input);
 120       maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 121       maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.bg_arg);
 122       maskFilter->Update();
 123       outputImage = maskFilter->GetOutput();
 124     } else {
 125       typedef itk::MaskNegatedImageFilter<InputImageType,OutputImageType> maskFilterType;
 126       typename maskFilterType::Pointer maskFilter = maskFilterType::New();
 127       maskFilter->SetInput1(input);
 128       maskFilter->SetInput2(thresholdFilter->GetOutput());
 129       maskFilter->SetOutsideValue(mArgsInfo.fg_arg);
 130       maskFilter->Update();
 131       outputImage = maskFilter->GetOutput();
 132     }
 133     // Write/Save results
 134     this->template SetNextOutput<InputImageType>(outputImage);
 135   }
 136 }
 137 //--------------------------------------------------------------------
 138
 139
 140 }//end clitk
 141
 142 #endif  //#define clitkBinarizeImageGenericFilter_cxx