tools/clitkBinaryImageToMesh.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #include "clitkBinaryImageToMesh_ggo.h"
  19 #include "clitkCommon.h"
  20
  21 #include "vtkMetaImageReader.h"
  22 #include "vtkContourFilter.h"
  23 #include "vtkDecimatePro.h"
  24 #include "vtkPolyDataMapper.h"
  25 #include "vtkRenderer.h"
  26 #include "vtkRenderWindow.h"
  27 #include "vtkActor.h"
  28 #include "vtkCamera.h"
  29 #include "vtkOBJExporter.h"
  30 #include "vtkRenderWindowInteractor.h"
  31 #include "vtkSmartPointer.h"
  32
  33 #include "itksys/SystemTools.hxx"
  34
  35 #include "vtkPolyDataWriter.h"
  36 #include "vtkSmoothPolyDataFilter.h"
  37
  38 void run(const args_info_clitkBinaryImageToMesh& argsInfo);
  39
  40 int main(int argc, char** argv)
  41 {
  42   GGO(clitkBinaryImageToMesh, args_info);
  43
  44   run(args_info);
  45
  46   return EXIT_SUCCESS;
  47 }
  48
  49 void run(const args_info_clitkBinaryImageToMesh& argsInfo)
  50 {
  51     std::string file = argsInfo.input_arg;
  52
  53     vtkSmartPointer<vtkMetaImageReader> pbmp_reader = vtkMetaImageReader::New();
  54     pbmp_reader->SetFileName(file.c_str());
  55     pbmp_reader->Update();
  56
  57     printf("Filtering...\n");
  58     vtkSmartPointer<vtkContourFilter> pcontour = vtkContourFilter::New();
  59     pcontour->SetValue(0, 0.5);
  60     pcontour->SetInputConnection(pbmp_reader->GetOutputPort());
  61
  62     vtkAlgorithmOutput *data = pcontour->GetOutputPort();
  63
  64     if ( (argsInfo.decimate_arg>=0) && (argsInfo.decimate_arg<=1) ) {
  65       vtkSmartPointer<vtkDecimatePro> psurface = vtkDecimatePro::New();
  66       psurface->SetInputConnection(pcontour->GetOutputPort());
  67       psurface->SetTargetReduction(argsInfo.decimate_arg);
  68
  69       data = psurface->GetOutputPort();
  70     }
  71
  72
  73     vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> skinMapper = vtkPolyDataMapper::New();
  74     skinMapper->SetInputConnection(data); //psurface->GetOutputPort()
  75     skinMapper->ScalarVisibilityOff();
  76
  77     vtkSmartPointer<vtkActor> skin = vtkActor::New();
  78     skin->SetMapper(skinMapper);
  79
  80     vtkSmartPointer<vtkCamera> aCamera = vtkCamera::New();
  81     aCamera->SetViewUp (0, 0, -1);
  82     aCamera->SetPosition (0, 1, 0);
  83     aCamera->SetFocalPoint (0, 0, 0);
  84     aCamera->ComputeViewPlaneNormal();
  85     aCamera->Dolly(1.5);
  86
  87     vtkSmartPointer<vtkRenderer> aRenderer = vtkRenderer::New();
  88     aRenderer->AddActor(skin);
  89     aRenderer->SetActiveCamera(aCamera);
  90     aRenderer->ResetCamera ();
  91     aRenderer->SetBackground(0,0,0);
  92     aRenderer->ResetCameraClippingRange ();
  93
  94     vtkSmartPointer<vtkRenderWindow> renWin = vtkRenderWindow::New();
  95     renWin->AddRenderer(aRenderer);
  96     renWin->SetSize(640, 480);
  97
  98     std::string output;
  99     if (argsInfo.output_given) { output = argsInfo.output_arg; }
 100
 101     bool writeVTK = false;
 102     if (output.length()>4) {
 103       if (output.compare(output.length()-4, 4, ".vtk")==0) {
 104         writeVTK=true;
 105       }
 106     }
 107     if (writeVTK) {
 108       vtkSmartPointer<vtkPolyDataWriter> wr = vtkSmartPointer<vtkPolyDataWriter>::New();
 109       wr->SetInputConnection(data); //psurface->GetOutputPort()
 110       wr->SetFileName(output.c_str());
 111       wr->Update();
 112       wr->Write();
 113     }
 114     else {
 115       vtkSmartPointer<vtkOBJExporter> pwriter2 = vtkOBJExporter::New();
 116       pwriter2->SetRenderWindow(renWin);
 117
 118       if (argsInfo.output_given) {
 119         output = argsInfo.output_arg;
 120         if (itksys::SystemTools::FileIsDirectory(output.c_str())) {
 121           file = itksys::SystemTools::GetFilenameName(file.c_str());
 122           file = itksys::SystemTools::GetFilenameWithoutExtension(file.c_str());
 123           file = itksys::SystemTools::CollapseFullPath(file.c_str(), output.c_str());
 124         }
 125         else {
 126           file = output;
 127         }
 128       }
 129       else {
 130         file = itksys::SystemTools::GetFilenameWithoutExtension(file);
 131       }
 132       pwriter2->SetFilePrefix(file.c_str());
 133       pwriter2->Write();
 134     }
 135
 136
 137     vtkSmartPointer<vtkRenderWindowInteractor> iren = vtkRenderWindowInteractor::New();
 138     iren->SetRenderWindow(renWin);
 139
 140     skinMapper->Update();
 141     bool interact = argsInfo.view_flag;
 142     if (interact)
 143     {
 144       iren->Initialize();
 145       iren->Start();
 146     }
 147     else
 148       renWin->Render();
 149 }
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 151