tools/clitkBinaryImageToMesh.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #include "clitkBinaryImageToMesh_ggo.h"
  19 #include "clitkCommon.h"
  20
  21 #include "vtkMetaImageReader.h"
  22 #include "vtkContourFilter.h"
  23 #include "vtkDecimatePro.h"
  24 #include "vtkPolyDataMapper.h"
  25 #include "vtkRenderer.h"
  26 #include "vtkRenderWindow.h"
  27 #include "vtkActor.h"
  28 #include "vtkCamera.h"
  29 #include "vtkOBJExporter.h"
  30 #include "vtkRenderWindowInteractor.h"
  31 #include "vtkSmartPointer.h"
  32
  33 #include "itksys/SystemTools.hxx"
  34
  35 #include "vtkPolyDataWriter.h"
  36
  37 void run(const args_info_clitkBinaryImageToMesh& argsInfo);
  38
  39 int main(int argc, char** argv)
  40 {
  41   GGO(clitkBinaryImageToMesh, args_info);
  42
  43   run(args_info);
  44
  45   return EXIT_SUCCESS;
  46 }
  47
  48 void run(const args_info_clitkBinaryImageToMesh& argsInfo)
  49 {
  50     std::string file = argsInfo.input_arg;
  51
  52     vtkSmartPointer<vtkMetaImageReader> pbmp_reader = vtkMetaImageReader::New();
  53     pbmp_reader->SetFileName(file.c_str());
  54     pbmp_reader->Update();
  55
  56     printf("Filtering...\n");
  57     vtkSmartPointer<vtkContourFilter> pcontour = vtkContourFilter::New();
  58     pcontour->SetValue(0, 0.5);
  59     pcontour->SetInputConnection(pbmp_reader->GetOutputPort());
  60
  61     vtkSmartPointer<vtkDecimatePro> psurface = vtkDecimatePro::New();
  62     psurface->SetInputConnection(pcontour->GetOutputPort());
  63
  64     vtkSmartPointer<vtkPolyDataMapper> skinMapper = vtkPolyDataMapper::New();
  65     skinMapper->SetInputConnection(psurface->GetOutputPort());
  66     skinMapper->ScalarVisibilityOff();
  67
  68     vtkSmartPointer<vtkActor> skin = vtkActor::New();
  69     skin->SetMapper(skinMapper);
  70
  71     vtkSmartPointer<vtkCamera> aCamera = vtkCamera::New();
  72     aCamera->SetViewUp (0, 0, -1);
  73     aCamera->SetPosition (0, 1, 0);
  74     aCamera->SetFocalPoint (0, 0, 0);
  75     aCamera->ComputeViewPlaneNormal();
  76     aCamera->Dolly(1.5);
  77
  78     vtkSmartPointer<vtkRenderer> aRenderer = vtkRenderer::New();
  79     aRenderer->AddActor(skin);
  80     aRenderer->SetActiveCamera(aCamera);
  81     aRenderer->ResetCamera ();
  82     aRenderer->SetBackground(0,0,0);
  83     aRenderer->ResetCameraClippingRange ();
  84
  85     vtkSmartPointer<vtkRenderWindow> renWin = vtkRenderWindow::New();
  86     renWin->AddRenderer(aRenderer);
  87     renWin->SetSize(640, 480);
  88
  89     std::string output;
  90     if (argsInfo.output_given) { output = argsInfo.output_arg; }
  91
  92     bool writeVTK = false;
  93     if (output.length()>4) {
  94       if (output.compare(output.length()-4, 4, ".vtk")==0) {
  95         writeVTK=true;
  96       }
  97     }
  98     if (writeVTK) {
  99       vtkSmartPointer<vtkPolyDataWriter> wr = vtkSmartPointer<vtkPolyDataWriter>::New();
 100       wr->SetInputConnection(psurface->GetOutputPort());
 101       wr->SetFileName(output.c_str());
 102       wr->Update();
 103       wr->Write();
 104     }
 105     else {
 106       vtkSmartPointer<vtkOBJExporter> pwriter2 = vtkOBJExporter::New();
 107       pwriter2->SetRenderWindow(renWin);
 108
 109       if (argsInfo.output_given) {
 110         output = argsInfo.output_arg;
 111         if (itksys::SystemTools::FileIsDirectory(output.c_str())) {
 112           file = itksys::SystemTools::GetFilenameName(file.c_str());
 113           file = itksys::SystemTools::GetFilenameWithoutExtension(file.c_str());
 114           file = itksys::SystemTools::CollapseFullPath(file.c_str(), output.c_str());
 115         }
 116         else {
 117           file = output;
 118         }
 119       }
 120       else {
 121         file = itksys::SystemTools::GetFilenameWithoutExtension(file);
 122       }
 123       pwriter2->SetFilePrefix(file.c_str());
 124       pwriter2->Write();
 125     }
 126
 127
 128     vtkSmartPointer<vtkRenderWindowInteractor> iren = vtkRenderWindowInteractor::New();
 129     iren->SetRenderWindow(renWin);
 130
 131     skinMapper->Update();
 132     bool interact = argsInfo.view_flag;
 133     if (interact)
 134     {
 135       iren->Initialize();
 136       iren->Start();
 137     }
 138     else
 139       renWin->Render();
 140 }
 141
 142