tools/clitkBlurImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkBlurImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkBlurImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkBlurImageGenericFilter.txx
  23  * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   29 june 2009
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // itk include
  31 #include "itkDiscreteGaussianImageFilter.h"
  32 #include <clitkCommon.h>
  33
  34 namespace clitk
  35 {
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 template<class args_info_type>
  39 BlurImageGenericFilter<args_info_type>::BlurImageGenericFilter():
  40   ImageToImageGenericFilter<Self>("BlurImage")
  41 {
  42   InitializeImageType<2>();
  43   InitializeImageType<3>();
  44   //InitializeImageType<4>();
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template<class args_info_type>
  51 template<unsigned int Dim>
  52 void BlurImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  53 {
  54   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  55 }
  56 //--------------------------------------------------------------------
  57
  58
  59 //--------------------------------------------------------------------
  60 template<class args_info_type>
  61 void BlurImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  62 {
  63   mArgsInfo=a;
  64   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  65   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  66
  67   if (mArgsInfo.input_given) {
  68     this->SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  69   }
  70   if (mArgsInfo.output_given) {
  71     this->SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  72   }
  73 }
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  78 //--------------------------------------------------------------------
  79 template<class args_info_type>
  80 template<class InputImageType>
  81 void
  82 BlurImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  83 {
  84   const unsigned int dim = InputImageType::ImageDimension;
  85   double varianceArray[dim];
  86
  87   //std::cout<<"mArgsInfo.variance_given"<<mArgsInfo.variance_given<<std::endl;
  88
  89
  90   //if (mArgsInfo.variance_given != dim) {
  91   //  std::cerr << "The number of variance parameters must be equal to the image dimension." << std::endl;
  92   //  return;
  93   //}
  94
  95   if (mArgsInfo.variance_given && mArgsInfo.variance_given == dim) {
  96     for (unsigned int i = 0; i < dim; i++) {
  97       //std::cout<<"mArgsInfo.variance_arg[i]"<<mArgsInfo.variance_arg[i]<<std::endl;
  98       varianceArray[i] = mArgsInfo.variance_arg[i];
  99     }
 100   } else if (mArgsInfo.variance_given && mArgsInfo.variance_given == 1) {
 101       for (unsigned int i = 0; i < dim; i++) {
 102           varianceArray[i] = mArgsInfo.variance_arg[0];
 103       }
 104   } else {
 105       for (unsigned int i = 0; i < dim; i++) {
 106           varianceArray[i] = 1.0;
 107       }
 108   }
 109   // Reading input
 110   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
 111
 112   // Main filter
 113   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
 114   typedef itk::Image<float, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 115
 116   // Filter
 117   typedef itk::DiscreteGaussianImageFilter<InputImageType, OutputImageType> DiscreteGaussianImageFilterType;
 118   typename DiscreteGaussianImageFilterType::Pointer gaussianFilter=DiscreteGaussianImageFilterType::New();
 119   gaussianFilter->SetInput(input);
 120   gaussianFilter->SetVariance(varianceArray);
 121   gaussianFilter->SetUseImageSpacing(true);
 122   gaussianFilter->Update();
 123
 124   //std::cout<<"variance value="<<gaussianFilter->GetVariance()<<std::endl;
 125
 126   // Write/Save results
 127   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(gaussianFilter->GetOutput());
 128 }
 129 //--------------------------------------------------------------------
 130
 131
 132 }//end clitk
 133
 134 #endif //#define clitkBlurImageGenericFilter_txx