tools/clitkCombineImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkCombineImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkCombineImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkCombineImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   CombineImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, int Components)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<<Components<<" component(s) of "<<  PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if (Components==1)
  44       {
  45         if(PixelType == "short"){
  46           if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  47           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  48         }
  49         //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  50         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  51         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  52         //     }
  53
  54         else if (PixelType == "unsigned_char"){
  55           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  56           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  57         }
  58
  59         //     else if (PixelType == "char"){
  60         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  61         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  62         //     }
  63         else {
  64           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  65           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  66         }
  67       }
  68
  69     else if (Components==3)
  70       {
  71         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float (DVF)" << std::endl;
  72         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, Dimension> >();
  73       }
  74     else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  75   }
  76
  77
  78   //-------------------------------------------------------------------
  79   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  80   //-------------------------------------------------------------------
  81   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  82   void
  83   CombineImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  84   {
  85
  86     // ImageTypes
  87     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  88     typedef itk::Image<int, Dimension> MaskImageType;
  89     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  90
  91     // Read the inputs
  92     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  93     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  94     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  95     reader->Update();
  96     typename InputImageType::Pointer input1= reader->GetOutput();
  97     typename InputReaderType::Pointer reader2 = InputReaderType::New();
  98     reader2->SetFileName( m_ArgsInfo.input2_arg);
  99     reader2->Update();
 100     typename InputImageType::Pointer input2= reader2->GetOutput();
 101
 102     // Read the mask
 103     typedef itk::ImageFileReader<MaskImageType> MaskReaderType;
 104     typename MaskReaderType::Pointer mReader = MaskReaderType::New();
 105     mReader->SetFileName( m_ArgsInfo.mask_arg);
 106     mReader->Update();
 107     typename MaskImageType::Pointer mask= mReader->GetOutput();
 108
 109     // Filter
 110     typedef CombineImageFilter<InputImageType> CombineImageFilterType;
 111     typename CombineImageFilterType::Pointer filter=CombineImageFilterType::New();
 112     filter->SetInput( input1 );
 113     filter->SetInput(1, input2 );
 114     filter->SetMask( mask );
 115     filter->Update();
 116     typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 117
 118     // Output
 119     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 120     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 121     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 122     writer->SetInput(output);
 123     writer->Update();
 124
 125   }
 126
 127
 128 }//end clitk
 129
 130 #endif //#define clitkCombineImageGenericFilter_txx