tools/clitkConeBeamProjectImageGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKCONEBEAMPROJECTIMAGEGENERICFILTER_CXX
  19 #define CLITKCONEBEAMPROJECTIMAGEGENERICFILTER_CXX
  20
  21 /**
  22  * @file   clitkConeBeamProjectImageGenericFilter.cxx
  23  * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   Wed April 30  13:47:57 2008
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  *
  29  */
  30
  31 #include "clitkConeBeamProjectImageGenericFilter.h"
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36   //====================================================================
  37   // Constructor
  38   ConeBeamProjectImageGenericFilter::ConeBeamProjectImageGenericFilter()
  39   {
  40     m_Verbose=false;
  41     m_InputFileName="";
  42   }
  43
  44   //====================================================================
  45   // Update
  46   void ConeBeamProjectImageGenericFilter::Update()
  47   {
  48     //Read the PixelType and dimension of the input image
  49     int Dimension;
  50     std::string PixelType;
  51     clitk::ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType);
  52     if (Dimension == 3)
  53       {
  54         if (m_Verbose) std::cout  << "Input was detected to be "<< Dimension << "D and " << PixelType << "..." << std::endl;
  55
  56         if(PixelType == "short"){
  57           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching Projection in signed short..." << std::endl;
  58           UpdateWithPixelType<signed short>();
  59         }
  60
  61 //      else if(PixelType == "unsigned_short"){
  62 //        if (m_Verbose) std::cout  << "Launching Projection in unsigned_short..." << std::endl;
  63 //        UpdateWithPixelType<unsigned short>();
  64 //      }
  65
  66         else if (PixelType == "unsigned_char"){
  67           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching Projection in unsigned_char..." << std::endl;
  68           UpdateWithPixelType<unsigned char>();
  69         }
  70
  71 //      else if (PixelType == "char"){
  72 //        if (m_Verbose) std::cout  << "Launching Projection in signed_char..." << std::endl;
  73 //        UpdateWithPixelType<signed char>();
  74 //      }
  75         else {
  76           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching Projection in float..." << std::endl;
  77           UpdateWithPixelType<float>();
  78         }
  79       }
  80
  81     else {itkExceptionMacro(<< "Input Image dimension is " << Dimension
  82                             << " but I can only work on 3D images.");
  83     }
  84   }
  85
  86   //================================================================================
  87   template <class  PixelType> void ConeBeamProjectImageGenericFilter::UpdateWithPixelType()
  88   {
  89
  90     //===================================================================
  91     // Read the input image
  92     const unsigned int InputImageDimension=3;
  93     typedef itk::Image<PixelType, InputImageDimension> InputImageType;
  94     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> ImageReaderType;
  95     typename  ImageReaderType::Pointer reader = ImageReaderType::New();
  96     reader->SetFileName(m_InputFileName);
  97     reader->Update();
  98     typename InputImageType::Pointer input = reader->GetOutput();
  99
 100     // Define the output type
 101     //JV always float?
 102     typedef float OutputPixelType;
 103     const unsigned int OutputImageDimension=2;
 104     typedef itk::Image<OutputPixelType, OutputImageDimension> OutputImageType;
 105
 106     // Create the ConeBeamProjectImageFilter
 107     typedef clitk::ConeBeamProjectImageFilter<InputImageType, OutputImageType> ConeBeamProjectImageFilterType;
 108     typename ConeBeamProjectImageFilterType::Pointer filter=ConeBeamProjectImageFilterType::New();
 109
 110     // Pass all the necessary parameters
 111     filter->SetInput(input);
 112     filter->SetVerbose(m_Verbose);
 113     if (m_ArgsInfo.threads_given) filter->SetNumberOfThreads(m_ArgsInfo.threads_arg);
 114
 115     // Projection parameters
 116     typename InputImageType::PointType iso;
 117     unsigned int i;
 118     if (m_ArgsInfo.iso_given)
 119       for(i=0;i<InputImageDimension;i++)
 120         {
 121           iso[i]=m_ArgsInfo.iso_arg[i];
 122           filter->SetIsoCenter(iso);
 123         }
 124     filter->SetSourceToScreen(m_ArgsInfo.screen_arg);
 125     filter->SetSourceToAxis(m_ArgsInfo.axis_arg);
 126     filter->SetProjectionAngle(m_ArgsInfo.angle_arg);
 127     if (m_ArgsInfo.matrix_given)
 128       {
 129         itk::Matrix<double,4,4> rt =ReadMatrix3D(m_ArgsInfo.matrix_arg);
 130         filter->SetRigidTransformMatrix(rt);
 131       }
 132     filter->SetEdgePaddingValue(static_cast<OutputPixelType>(m_ArgsInfo.pad_arg));
 133
 134     // Panel position (hard coded values for the elekta synergy)
 135     // Two be more precise, one should read the specific values for each angle in Frame.dbf
 136     DD(m_ArgsInfo.panel_position_arg);
 137     if (strcmp(m_ArgsInfo.panel_position_arg,"small") ==0)
 138       filter->SetPanelShift(0.);
 139     else if (strcmp(m_ArgsInfo.panel_position_arg,"medium") ==0)
 140       filter->SetPanelShift(114.84);
 141     else if (strcmp(m_ArgsInfo.panel_position_arg,"large") ==0)
 142       filter->SetPanelShift(190.);
 143     else assert(false); //Unsupported panel position
 144     // Output image info
 145     if (m_ArgsInfo.like_given)
 146       {
 147         typedef itk::ImageFileReader<OutputImageType> ReaderType;
 148         ReaderType::Pointer reader2=ReaderType::New();
 149         reader2->SetFileName(m_ArgsInfo.like_arg);
 150         reader2->Update();
 151
 152         OutputImageType::Pointer image=reader2->GetOutput();
 153         filter->SetOutputParametersFromImage(image);
 154       }
 155     else
 156       {
 157         if (m_ArgsInfo.origin_given)
 158           {
 159             OutputImageType::PointType origin;
 160             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 161               origin[i]=m_ArgsInfo.origin_arg[i];
 162             filter->SetOutputOrigin(origin);
 163           }
 164         if (m_ArgsInfo.spacing_given)
 165           {
 166             OutputImageType::SpacingType spacing;
 167             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 168               spacing[i]=m_ArgsInfo.spacing_arg[i];
 169             filter->SetOutputSpacing(spacing);
 170           }
 171         if (m_ArgsInfo.size_given)
 172           {
 173             OutputImageType::SizeType size;
 174             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 175               size[i]=m_ArgsInfo.size_arg[i];
 176             filter->SetOutputSize(size);
 177           }
 178       }
 179
 180     //Go
 181     filter->Update();
 182
 183     //Get the output
 184     OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 185
 186     //Write the output
 187     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> OutputWriterType;
 188     OutputWriterType::Pointer outputWriter = OutputWriterType::New();
 189     outputWriter->SetInput(output);
 190     outputWriter->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 191     if (m_Verbose)std::cout<<"Writing projected image..."<<std::endl;
 192     outputWriter->Update();
 193   }
 194
 195
 196   //====================================================================
 197
 198 }
 199 #endif  //#define CLITKCONEBEAMPROJECTIMAGEGENERICFILTER_CXX