tools/clitkConeBeamProjectImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKCONEBEAMPROJECTIMAGEGENERICFILTER_TXX
  19 #define CLITKCONEBEAMPROJECTIMAGEGENERICFILTER_TXX
  20 /**
  21    =================================================
  22    * @file   clitkConeBeamProjectImageGenericFilter.txx
  23    * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   30 April 2008
  25    *
  26    * @brief Project a 3D image using a cone-beam geometry
  27    *
  28    =================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //================================================================================
  35   template <class  PixelType> void ConeBeamProjectImageGenericFilter::UpdateWithPixelType()
  36   {
  37
  38     //===================================================================
  39     // Read the input image
  40     const unsigned int InputImageDimension=3;
  41     typedef itk::Image<PixelType, InputImageDimension> InputImageType;
  42     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> ImageReaderType;
  43     typename  ImageReaderType::Pointer reader = ImageReaderType::New();
  44     reader->SetFileName(m_InputFileName);
  45     reader->Update();
  46     typename InputImageType::Pointer input = reader->GetOutput();
  47
  48     // Define the output type
  49     //JV always float?
  50     typedef float OutputPixelType;
  51     const unsigned int OutputImageDimension=2;
  52     typedef itk::Image<OutputPixelType, OutputImageDimension> OutputImageType;
  53
  54     // Create the ConeBeamProjectImageFilter
  55     typedef clitk::ConeBeamProjectImageFilter<InputImageType, OutputImageType> ConeBeamProjectImageFilterType;
  56     typename ConeBeamProjectImageFilterType::Pointer filter=ConeBeamProjectImageFilterType::New();
  57
  58     // Pass all the necessary parameters
  59     filter->SetInput(input);
  60     filter->SetVerbose(m_Verbose);
  61     if (m_ArgsInfo.threads_given) filter->SetNumberOfThreads(m_ArgsInfo.threads_arg);
  62
  63     // Projection parameters
  64     typename InputImageType::PointType iso;
  65     unsigned int i;
  66     if (m_ArgsInfo.iso_given)
  67       for(i=0;i<InputImageDimension;i++)
  68         {
  69           iso[i]=m_ArgsInfo.iso_arg[i];
  70           filter->SetIsoCenter(iso);
  71         }
  72     filter->SetSourceToScreen(m_ArgsInfo.screen_arg);
  73     filter->SetSourceToAxis(m_ArgsInfo.axis_arg);
  74     filter->SetProjectionAngle(m_ArgsInfo.angle_arg);
  75     if (m_ArgsInfo.matrix_given)
  76       {
  77         itk::Matrix<double,4,4> rt =ReadMatrix3D(m_ArgsInfo.matrix_arg);
  78         filter->SetRigidTransformMatrix(rt);
  79       }
  80     filter->SetEdgePaddingValue(static_cast<OutputPixelType>(m_ArgsInfo.pad_arg));
  81
  82     // Output image info
  83     if (m_ArgsInfo.like_given)
  84       {
  85         typedef itk::ImageFileReader<OutputImageType> ReaderType;
  86         ReaderType::Pointer reader2=ReaderType::New();
  87         reader2->SetFileName(m_ArgsInfo.like_arg);
  88         reader2->Update();
  89
  90         OutputImageType::Pointer image=reader2->GetOutput();
  91         filter->SetOutputParametersFromImage(image);
  92       }
  93     else
  94       {
  95         if (m_ArgsInfo.origin_given)
  96           {
  97             OutputImageType::PointType origin;
  98             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
  99               origin[i]=m_ArgsInfo.origin_arg[i];
 100             filter->SetOutputOrigin(origin);
 101           }
 102         if (m_ArgsInfo.spacing_given)
 103           {
 104             OutputImageType::SpacingType spacing;
 105             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 106               spacing[i]=m_ArgsInfo.spacing_arg[i];
 107             filter->SetOutputSpacing(spacing);
 108           }
 109         if (m_ArgsInfo.size_given)
 110           {
 111             OutputImageType::SizeType size;
 112             for(i=0;i<OutputImageDimension;i++)
 113               size[i]=m_ArgsInfo.size_arg[i];
 114             filter->SetOutputSize(size);
 115           }
 116       }
 117
 118     //Go
 119     filter->Update();
 120
 121     //Get the output
 122     OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 123
 124     //Write the output
 125     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> OutputWriterType;
 126     OutputWriterType::Pointer outputWriter = OutputWriterType::New();
 127     outputWriter->SetInput(output);
 128     outputWriter->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 129     if (m_Verbose)std::cout<<"Writing projected image..."<<std::endl;
 130     outputWriter->Update();
 131   }
 132
 133 }
 134
 135 #endif //#define CLITKGENERICIMAGEFILTER