tools/clitkCropImageGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkCropImageGenericFilter_cxx
  19 #define clitkCropImageGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkCropImageGenericFilter.cxx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  31
  32
  33 //-----------------------------------------------------------
  34 // Constructor
  35 //-----------------------------------------------------------
  36 clitk::CropImageGenericFilter::CropImageGenericFilter():
  37   ImageToImageGenericFilter<Self>("CropImage")
  38 {
  39   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo);
  40   InitializeImageType<2>();
  41   InitializeImageType<3>();
  42   InitializeImageType<4>();
  43 }
  44
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46 template<unsigned int Dim>
  47 void clitk::CropImageGenericFilter::InitializeImageType()
  48 {
  49   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  50   ADD_DEFAULT_VEC_IMAGE_TYPES;
  51 }
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53
  54 //--------------------------------------------------------------------
  55 void clitk::CropImageGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type& a)
  56 {
  57   mArgsInfo=a;
  58   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  59   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  60   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  61   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 template <class ImageType>
  67 typename clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::ImagePointer
  68 clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::Do(args_info_type &argsInfo, ImagePointer input)
  69 {
  70   static const unsigned int PixelDimension = itk::PixelTraits<typename ImageType::PixelType>::Dimension;
  71   return this->Do(argsInfo, input, static_cast< PixelDimType<PixelDimension> *>(NULL) );
  72 }
  73 //--------------------------------------------------------------------
  74
  75 //--------------------------------------------------------------------
  76 template <class ImageType>
  77 template<unsigned int Dim>
  78 typename clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::ImagePointer
  79 clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::Do(args_info_type &, ImagePointer, PixelDimType<Dim> *)
  80 {
  81   clitkExceptionMacro("Autocrop is not implemented for vector fields");
  82   return NULL;
  83 }
  84 //--------------------------------------------------------------------
  85
  86 //--------------------------------------------------------------------
  87 template <class ImageType>
  88 typename clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::ImagePointer
  89 clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::Do(args_info_type &argsInfo, ImagePointer input, PixelDimType<1> *)
  90 {
  91   if (argsInfo.boundingBox_given)
  92     clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --boundingBox at the same time");
  93   if (argsInfo.lower_given)
  94     clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --lower at the same time");
  95   if (argsInfo.upper_given)
  96     clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --upper at the same time");
  97   typedef clitk::AutoCropFilter<ImageType> FilterType;
  98   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  99   filter->SetInput(input);
 100   filter->SetBackgroundValue(argsInfo.BG_arg);
 101   filter->Update();
 102   return filter->GetOutput();
 103 }
 104 //--------------------------------------------------------------------
 105
 106 //--------------------------------------------------------------------
 107 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 108 //--------------------------------------------------------------------
 109 template<class ImageType>
 110 void clitk::CropImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
 111 {
 112   // Reading input
 113   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 114   typename ImageType::RegionType input_region = input->GetLargestPossibleRegion();
 115
 116   // Check options
 117   if (mArgsInfo.BG_given && mArgsInfo.like_given)
 118     clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --like at the same time");
 119
 120   // Prepare output
 121   typename ImageType::Pointer output;
 122
 123   // ------------------------------------------------
 124   if (mArgsInfo.BG_given) { // AutoCrop filter
 125     AutoCrop<ImageType> autoCrop;
 126     output = autoCrop.Do(mArgsInfo, input);
 127   }
 128   else {
 129     // ------------------------------------------------
 130     if (mArgsInfo.like_given) { // CropLike filter
 131     if (mArgsInfo.boundingBox_given)
 132       clitkExceptionMacro("Do not use --like and --boundingBox at the same time");
 133     if (mArgsInfo.lower_given)
 134       clitkExceptionMacro("Do not use --like and --lower at the same time");
 135     if (mArgsInfo.upper_given)
 136       clitkExceptionMacro("Do not use --like and --upper at the same time");
 137       typedef clitk::CropLikeImageFilter<ImageType> FilterType;
 138       typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 139       filter->SetInput(input);
 140       filter->SetCropLikeFilename(mArgsInfo.like_arg);
 141       filter->SetBackgroundValue(mArgsInfo.BGLike_arg);
 142       filter->Update();
 143       output = filter->GetOutput();
 144     }
 145     else {
 146       // ------------------------------------------------
 147       typename ImageType::SizeType lSize;
 148       typename ImageType::SizeType uSize;
 149       if (mArgsInfo.verbose_flag) std::cout << "input region " << input_region << std::endl;
 150       if (mArgsInfo.boundingBox_given) {
 151         for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 152           lSize[i] = mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i];
 153           uSize[i] = input_region.GetSize()[i]-mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i+1]-1;
 154         }
 155       }
 156       else {
 157         if (mArgsInfo.lower_given) {
 158           for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 159             lSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.lower_arg[i]);
 160         }
 161         else lSize.Fill(0);
 162         if (mArgsInfo.upper_given) {
 163           for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 164             uSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.upper_arg[i]);
 165         }
 166         else uSize.Fill(0);
 167       }
 168
 169       if (mArgsInfo.verbose_flag) {
 170         std::cout << "lower " << lSize << " upper " << uSize << std::endl;
 171       }
 172
 173       typedef  itk::CropImageFilter<ImageType, ImageType> CropImageFilterType;
 174       typename CropImageFilterType::Pointer filter=CropImageFilterType::New();
 175       filter->SetInput(input);
 176       filter->SetLowerBoundaryCropSize(lSize);
 177       filter->SetUpperBoundaryCropSize(uSize);
 178       filter->Update();
 179       output = filter->GetOutput();
 180     }
 181   }
 182
 183   // Force origin if needed
 184   if (mArgsInfo.origin_flag) {
 185     typename ImageType::PointType origin;
 186     origin.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 187     output->SetOrigin(origin);
 188   }
 189
 190   // adjust image origin and force index to zero
 191   typename ImageType::RegionType region = output->GetLargestPossibleRegion();
 192   typename ImageType::IndexType index = region.GetIndex();
 193   typename ImageType::PointType origin = output->GetOrigin();
 194   typename ImageType::SpacingType spacing = output->GetSpacing();
 195   if (mArgsInfo.verbose_flag) std::cout << "origin before crop " << origin << std::endl;
 196   for (unsigned int i = 0; i < output->GetImageDimension(); i++)
 197     origin[i] += index[i]*spacing[i];
 198   if (mArgsInfo.verbose_flag) std::cout << "origin after crop " << origin << std::endl;
 199   output->SetOrigin(origin);
 200
 201   index.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 202   region.SetIndex(index);
 203   output->SetRegions(region);
 204
 205   // Write/Save results
 206   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 207 }
 208 //--------------------------------------------------------------------
 209
 210 #endif  //#define clitkCropImageGenericFilter_cxx