tools/clitkCropImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
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  19 #include "clitkImageCommon.h"
  20
  21 //--------------------------------------------------------------------
  22 template<class ArgsInfoType>
  23 clitk::CropImageGenericFilter<ArgsInfoType>::CropImageGenericFilter():
  24   ImageToImageGenericFilter<Self>("CropImage")
  25 {
  26   // Default values
  27   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo);
  28   //InitializeImageType<2>();
  29   InitializeImageType<3>();
  30   InitializeImageType<4>();
  31 }
  32 //--------------------------------------------------------------------
  33
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 template<class ArgsInfoType>
  37 template<unsigned int Dim>
  38 void clitk::CropImageGenericFilter<ArgsInfoType>::InitializeImageType()
  39 {
  40   // ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  41   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uchar);
  42   ADD_IMAGE_TYPE(Dim, short);
  43   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, uint);
  44   //  ADD_IMAGE_TYPE(Dim, ulong);
  45   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, int);
  46   // ADD_IMAGE_TYPE(Dim, float);
  47 }
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 template<class ArgsInfoType>
  53 void clitk::CropImageGenericFilter<ArgsInfoType>::SetArgsInfo(const ArgsInfoType & a)
  54 {
  55   mArgsInfo=a;
  56   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  57   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  58   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  59   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  60 }
  61 //--------------------------------------------------------------------
  62
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 template<class ArgsInfoType>
  68 template<class ImageType>
  69 void clitk::CropImageGenericFilter<ArgsInfoType>::UpdateWithInputImageType()
  70 {
  71   // Reading input
  72   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
  73
  74   // Check options
  75   if (mArgsInfo.BG_given && mArgsInfo.like_given)
  76     clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --like at the same time");
  77
  78   // Prepare output
  79   typename ImageType::Pointer output;
  80
  81   // ------------------------------------------------
  82   if (mArgsInfo.BG_given) { // AutoCrop filter
  83     if (mArgsInfo.boundingBox_given)
  84       clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --boundingBox at the same time");
  85     if (mArgsInfo.lower_given)
  86       clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --lower at the same time");
  87     if (mArgsInfo.upper_given)
  88       clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --upper at the same time");
  89     typedef clitk::AutoCropFilter<ImageType> FilterType;
  90     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  91     filter->SetInput(input);
  92     filter->SetBackgroundValue(mArgsInfo.BG_arg);
  93     filter->Update();
  94     output = filter->GetOutput();
  95   }
  96   else {
  97     // ------------------------------------------------
  98     if (mArgsInfo.like_given) { // CropLike filter
  99     if (mArgsInfo.boundingBox_given)
 100       clitkExceptionMacro("Do not use --like and --boundingBox at the same time");
 101     if (mArgsInfo.lower_given)
 102       clitkExceptionMacro("Do not use --like and --lower at the same time");
 103     if (mArgsInfo.upper_given)
 104       clitkExceptionMacro("Do not use --like and --upper at the same time");
 105       typedef clitk::CropLikeImageFilter<ImageType> FilterType;
 106       typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 107       filter->SetInput(input);
 108       filter->SetCropLikeFilename(mArgsInfo.like_arg);
 109       filter->Update();
 110       output = filter->GetOutput();
 111     }
 112     else {
 113       // ------------------------------------------------
 114       typename ImageType::SizeType lSize;
 115       typename ImageType::SizeType uSize;
 116       if (mArgsInfo.boundingBox_given) {
 117         for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 118           lSize[i] = mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i];
 119           uSize[i] = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[i]-mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i+1]-1;
 120         }
 121       }
 122       else {
 123         if (mArgsInfo.lower_given) {
 124           for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 125             lSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.lower_arg[i]);
 126         }
 127         else lSize.Fill(0);
 128         if (mArgsInfo.upper_given) {
 129           for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 130             uSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.upper_arg[i]);
 131         }
 132         else uSize.Fill(0);
 133       }
 134       typedef  itk::CropImageFilter<ImageType, ImageType> CropImageFilterType;
 135       typename CropImageFilterType::Pointer filter=CropImageFilterType::New();
 136       filter->SetInput(input);
 137       filter->SetLowerBoundaryCropSize(lSize);
 138       filter->SetUpperBoundaryCropSize(uSize);
 139       filter->Update();
 140       output = filter->GetOutput();
 141     }
 142   }
 143
 144   // Force origin if needed
 145   if (mArgsInfo.origin_flag) {
 146     typename ImageType::PointType origin;
 147     origin.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 148     output->SetOrigin(origin);
 149   }
 150
 151   // Write/Save results
 152   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 153 }
 154 //--------------------------------------------------------------------
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