tools/clitkCropImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkCropImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkCropImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkCropImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   CropImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  40   {
  41      if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<<Components<<" component(s) of "<<  PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if (Components==1)
  44       {
  45                 if(PixelType == "short"){
  46                   if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  47                   UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  48                 }
  49         //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  50         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  51         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  52         //     }
  53
  54                 else if (PixelType == "unsigned_char"){
  55                   if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  56                   UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  57                 }
  58
  59         //     else if (PixelType == "char"){
  60         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  61         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  62         //     }
  63                 else {
  64           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  65           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  66                 }
  67       }
  68
  69     else if (Components==3)
  70       {
  71         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float (DVF)" << std::endl;
  72         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, 3> >();
  73       }
  74
  75     else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  76   }
  77
  78
  79   //-------------------------------------------------------------------
  80   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  81   //-------------------------------------------------------------------
  82   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  83   void
  84   CropImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  85   {
  86
  87     // ImageTypes
  88     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  89     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  90
  91     // Read the input
  92     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  93     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  94     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  95     reader->Update( );
  96     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  97
  98     // Filter
  99     typedef  itk::CropImageFilter<InputImageType, OutputImageType> CropImageFilterType;
 100     typename CropImageFilterType::Pointer cropFilter=CropImageFilterType::New();
 101     cropFilter->SetInput(input);
 102     typename InputImageType::SizeType lSize, uSize;
 103
 104     if (m_ArgsInfo.boundingBox_given)
 105       {
 106         for(unsigned int i=0;i<Dimension;i++)
 107           {
 108             lSize[i]=m_ArgsInfo.boundingBox_arg[2*i];
 109             uSize[i]=input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[i]-m_ArgsInfo.boundingBox_arg[2*i+1]-1;
 110           }
 111       }
 112     else
 113       {
 114
 115         if (m_ArgsInfo.lower_given)
 116           for(unsigned int i=0;i<Dimension;i++)
 117             lSize[i]=static_cast<unsigned int >(m_ArgsInfo.lower_arg[i]);
 118         else lSize.Fill(0);
 119
 120         if (m_ArgsInfo.upper_given)
 121           for(unsigned int i=0;i<Dimension;i++)
 122             uSize[i]=static_cast<unsigned int >(m_ArgsInfo.upper_arg[i]);
 123         else uSize.Fill(0);
 124       }
 125
 126     cropFilter->SetLowerBoundaryCropSize(lSize);
 127     cropFilter->SetUpperBoundaryCropSize(uSize);
 128     cropFilter->Update();
 129     typename OutputImageType::Pointer output= cropFilter->GetOutput();
 130
 131     // Origin?
 132     typename OutputImageType::PointType origin;
 133     origin.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 134     if (m_ArgsInfo.origin_flag)
 135       {
 136         output->SetOrigin(origin);
 137         output->Update();
 138         if (m_Verbose) std::cout<<"Setting origin to  "<< origin<<"..."<<std::endl;
 139       }
 140
 141     // Output
 142     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 143     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 144     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 145     writer->SetInput(output);
 146     writer->Update();
 147   }
 148
 149
 150 }//end clitk
 151
 152 #endif //#define clitkCropImageGenericFilter_txx