tools/clitkDVHGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKDVHGENERICFILTER_H
  19 #define CLITKDVHGENERICFILTER_H
  20
  21 // clitk include
  22 #include "clitkIO.h"
  23 #include "clitkCommon.h"
  24 #include "clitkImageCommon.h"
  25 #include "clitkImageToImageGenericFilter.h"
  26 #include "clitkDVH_ggo.h"
  27
  28 // itk include
  29 #include "itkImage.h"
  30 #include "itkImageIOBase.h"
  31 #include "itkImageRegionIterator.h"
  32 #include "itkImageRegionConstIterator.h"
  33 #include "itkLightObject.h"
  34 #include "itkLabelStatisticsImageFilter.h"
  35 #include "itkLabelGeometryImageFilter.h"
  36
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38 namespace clitk
  39 {
  40
  41 //template<class args_info_type>
  42 class ITK_EXPORT DVHGenericFilter: public itk::LightObject
  43 {
  44
  45 public:
  46
  47
  48     //--------------------------------------------------------------------
  49     typedef DVHGenericFilter         Self;
  50     typedef itk::LightObject               Superclass;
  51     typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  52     typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  53
  54     //--------------------------------------------------------------------
  55     // Method for creation through the object factory
  56     // and Run-time type information (and related methods)
  57     itkNewMacro(Self);
  58     itkTypeMacro(DVHGenericFilter, LightObject);
  59
  60     //--------------------------------------------------------------------
  61     void SetArgsInfo(const args_info_clitkDVH & a)
  62     {
  63      m_ArgsInfo=a;
  64      m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  65
  66      if(m_ArgsInfo.input_given)
  67       m_InputFileName=m_ArgsInfo.input_arg[0];
  68      else if(m_ArgsInfo.inputs_num>0)
  69      m_InputFileName=m_ArgsInfo.inputs[0];
  70      else {
  71      std::cerr << "You must give an input file name" << std::endl;
  72      exit(1);
  73       }
  74     }
  75     //--------------------------------------------------------------------
  76     // Main function called each time the filter is updated
  77     //template<class InputImageType>
  78     //void UpdateWithInputImageType();
  79     void Update();
  80
  81     // Set methods
  82     void SetDefaultPixelValue (double value) {  mDefaultPixelValue = value ;}
  83     void SetTypeOfOperation (int value) {  mTypeOfOperation = value ;}
  84     void SetScalar (double value) {  mScalar = value ;}
  85     void EnableOverwriteInputImage(bool b);
  86
  87     // Get methods
  88     double GetDefaultPixelValue () { return  mDefaultPixelValue ;}
  89     int GetTypeOfOperation () { return  mTypeOfOperation ;}
  90     double GetScalar () { return  mScalar ;}
  91
  92 protected:
  93
  94    //--------------------------------------------------------------------
  95    // Constructor & Destructor
  96    DVHGenericFilter();
  97    ~DVHGenericFilter() {};
  98    // template<unsigned int Dim> void InitializeImageType();
  99    // args_info_type mArgsInfo;
 100
 101    //--------------------------------------------------------------------
 102    // Tempated members
 103    //--------------------------------------------------------------------
 104    template<unsigned int Dimension, unsigned int Components> void UpdateWithDim(std::string PixelType);
 105    template <unsigned int Dimension, class PixelType, unsigned int Components> void UpdateWithDimAndPixelType();
 106
 107    //--------------------------------------------------------------------
 108    // Data members
 109    //--------------------------------------------------------------------
 110    args_info_clitkDVH m_ArgsInfo;
 111    bool m_Verbose;
 112    std::string m_InputFileName;
 113
 114    template<unsigned int Dim> void InitializeImageType();
 115    bool mIsOperationUseASecondImage;
 116    double mScalar;
 117    double mDefaultPixelValue;
 118    int mTypeOfOperation;
 119    bool mOverwriteInputImage;
 120    bool mOutputIsFloat;
 121
 122    template<class Iter1, class Iter2> void ComputeImage(Iter1 it, Iter2 ito);
 123
 124    template<class Iter1, class Iter2, class Iter3> void ComputeImage(Iter1 it1, Iter2 it2, Iter3 ito);
 125
 126
 127 }; // end class
 128 //--------------------------------------------------------------------
 129
 130 } // end namespace clitk
 131
 132 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 133 #include "clitkDVHGenericFilter.txx"
 134 #endif
 135
 136 #endif // #define clitkDVHGenericFilter_h