tools/clitkDicom2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // clitk includes
  20 #include "clitkDicom2Image_ggo.h"
  21 #include "clitkCommon.h"
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25
  26 //====================================================================
  27 int main(int argc, char * argv[])
  28 {
  29   // init command line
  30   GGO(clitkDicom2Image, args_info);
  31   std::vector<std::string> input_files;
  32   ///if std_input is given, read the input files from stdin
  33   if (args_info.std_input_given) {
  34     while (true) {
  35       std::string tmp;
  36       std::cin >> tmp;
  37       if(std::cin.good())
  38         input_files.push_back(tmp);
  39       else break;
  40     }
  41     args_info.inputs_num=input_files.size();
  42   } else for (unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++)
  43       input_files.push_back(args_info.inputs[i]);
  44
  45
  46   //===========================================
  47   /// Get slices locations ...
  48   std::vector<double> sliceLocations;
  49   for(unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++) {
  50     //std::cout << "Reading <" << input_files[i] << std::endl;
  51     gdcm::File * header = clitk::readDicomHeader(input_files[i]);
  52     sliceLocations.push_back(header->GetZOrigin());
  53     if (header->GetPixelSize() != 2) {
  54       std::cerr << "Pixel type 2 bytes ! " << std::endl;
  55       std::cerr << "In file " << input_files[i] << std::endl;
  56       exit(0);
  57     }
  58   }
  59
  60   //===========================================
  61   // Sort slices locations ...
  62   std::vector<int> sliceIndex;
  63   clitk::GetSortedIndex(sliceLocations, sliceIndex);
  64   if (args_info.verboseSliceLocation_flag) {
  65     std::cout << sliceLocations[sliceIndex[0]] << " -> "
  66               << sliceIndex[0] << " / " << 0 << " => "
  67               << "0 mm "
  68               << input_files[sliceIndex[0]]
  69               << std::endl;
  70     for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
  71       std::cout << sliceLocations[sliceIndex[i]] << " -> "
  72                 << sliceIndex[i] << " / " << i << " => "
  73                 << sliceLocations[sliceIndex[i]] - sliceLocations[sliceIndex[i-1]]
  74                 << "mm "
  75                 << input_files[sliceIndex[i]]
  76                 << std::endl;
  77     }
  78   }
  79
  80   //===========================================
  81   // Analyze slices locations ...
  82   double currentDist;
  83   double dist=0;
  84   double tolerance = args_info.tolerance_arg;
  85   double previous = sliceLocations[sliceIndex[0]];
  86   for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
  87     currentDist = sliceLocations[sliceIndex[i]]-previous;
  88     if (i!=1) {
  89       if (fabs(dist-currentDist) > tolerance) {
  90         std::cout << "ERROR : " << std::endl
  91                   << "Current slice pos is  = " << sliceLocations[sliceIndex[i]] << std::endl
  92                   << "Previous slice pos is = " << previous << std::endl
  93                   << "Current file is       = " << input_files[sliceIndex[i]] << std::endl
  94                   << "Current index is      = " << i << std::endl
  95                   << "Current sortindex is  = " << sliceIndex[i] << std::endl
  96                   << "Current slice diff    = " << dist << std::endl
  97                   << "Current error         = " << fabs(dist-currentDist) << std::endl;
  98         exit(1);
  99       }
 100     } else dist = currentDist;
 101     previous = sliceLocations[sliceIndex[i]];
 102   }
 103
 104   //===========================================
 105   // Create ordered vector of filenames
 106   std::vector<std::string> sorted_files;
 107   sorted_files.resize(sliceIndex.size());
 108   for(unsigned int i=0; i<sliceIndex.size(); i++)
 109     sorted_files[i] = input_files[ sliceIndex[i] ];
 110
 111   //===========================================
 112   // Read write serie
 113   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 114   reader->SetInputFilenames(sorted_files);
 115   reader->Update(vvImageReader::DICOM);
 116   if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 117     std::cerr << reader->GetLastError() << std::endl;
 118     return 1;
 119   }
 120
 121   vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
 122   writer->SetInput(reader->GetOutput());
 123   writer->SetOutputFileName(args_info.output_arg);
 124   writer->Update();
 125
 126   return 0;
 127 }