tools/clitkDicom2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // clitk includes
  20 #include "clitkDicom2Image_ggo.h"
  21 #include "clitkCommon.h"
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include <gdcmFile.h>
  26 #include <vtkVersion.h>
  27 #include <vtkImageChangeInformation.h>
  28 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  29   #include <gdcmImageHelper.h>
  30   #include <gdcmAttribute.h>
  31   #include <gdcmReader.h>
  32 #endif
  33
  34 #include <set>
  35
  36 //====================================================================
  37 int main(int argc, char * argv[])
  38 {
  39   // init command line
  40   GGO(clitkDicom2Image, args_info);
  41   std::vector<std::string> input_files;
  42   ///if std_input is given, read the input files from stdin
  43   if (args_info.std_input_given) {
  44     while (true) {
  45       std::string tmp;
  46       std::cin >> tmp;
  47       if(std::cin.good())
  48         input_files.push_back(tmp);
  49       else break;
  50     }
  51     args_info.inputs_num=input_files.size();
  52   } else for (unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++)
  53       input_files.push_back(args_info.inputs[i]);
  54
  55
  56   //===========================================
  57   /// Get slices locations ...
  58   int series_number = -1;
  59   std::set<int> series_numbers;
  60   std::map< int, std::vector<double> > theorigin;
  61   std::map< int, std::vector<double> > sliceLocations;
  62   std::map< int, std::vector<std::string> > seriesFiles;
  63   for(unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++) {
  64     //std::cout << "Reading <" << input_files[i] << std::endl;
  65 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  66     if (args_info.verbose_flag)
  67       std::cout << "Using GDCM-2.x" << std::endl;
  68     gdcm::Reader hreader;
  69     hreader.SetFileName(input_files[i].c_str());
  70     hreader.Read();
  71     gdcm::DataSet& ds = hreader.GetFile().GetDataSet();
  72
  73     if (args_info.extract_series_flag) {
  74       gdcm::Attribute<0x20,0x11> series_number_att;
  75       series_number_att.SetFromDataSet(hreader.GetFile().GetDataSet());
  76       series_number = series_number_att.GetValue();
  77     }
  78
  79     series_numbers.insert(series_number);
  80     theorigin[series_number] = gdcm::ImageHelper::GetOriginValue(hreader.GetFile());
  81     sliceLocations[series_number].push_back(theorigin[series_number][2]);
  82     seriesFiles[series_number].push_back(input_files[i]);
  83
  84     gdcm::Attribute<0x28, 0x100> pixel_size;
  85     pixel_size.SetFromDataSet(ds);
  86     /* if (pixel_size.GetValue() != 16)
  87        {
  88        std::cerr << "Pixel type not 2 bytes ! " << std::endl;
  89        std::cerr << "In file " << input_files[i] << std::endl;
  90        exit(0);
  91        }
  92     */
  93 #else
  94     if (args_info.verbose_flag)
  95       std::cout << "Not using GDCM-2.x" << std::endl;
  96   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  97   header->SetFileName(input_files[i]);
  98   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  99   header->Load();
 100
 101   if (args_info.extract_series_flag) {
 102     series_number = atoi(header->GetEntryValue(0x20,0x11).c_str());
 103   }
 104
 105   series_numbers.insert(series_number);
 106   theorigin[series_number].resize(3);
 107   theorigin[series_number][0] = header->GetXOrigin();
 108   theorigin[series_number][1] = header->GetYOrigin();
 109   theorigin[series_number][2] = header->GetZOrigin();
 110   sliceLocations[series_number].push_back(theorigin[series_number][2]);
 111   seriesFiles[series_number].push_back(input_files[i]);
 112   /*if (header->GetPixelSize() != 2) {
 113     std::cerr << "Pixel type 2 bytes ! " << std::endl;
 114     std::cerr << "In file " << input_files[i] << std::endl;
 115     exit(0);
 116   }
 117   */
 118 #endif
 119   }
 120
 121   //===========================================
 122   // Sort slices locations ...
 123   std::set<int>::iterator sn = series_numbers.begin();
 124   while ( sn != series_numbers.end() ) {
 125     std::vector<double> locs = sliceLocations[*sn];
 126     std::vector<double> origin = theorigin[*sn];
 127     std::vector<std::string> files = seriesFiles[*sn];
 128     std::vector<int> sliceIndex;
 129     clitk::GetSortedIndex(locs, sliceIndex);
 130     if (args_info.verboseSliceLocation_flag) {
 131       std::cout << locs[sliceIndex[0]] << " -> "
 132                 << sliceIndex[0] << " / " << 0 << " => "
 133                 << "0 mm "
 134                 << files[sliceIndex[0]]
 135                 << std::endl;
 136       for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
 137         std::cout << locs[sliceIndex[i]] << " -> "
 138                   << sliceIndex[i] << " / " << i << " => "
 139                   << locs[sliceIndex[i]] - locs[sliceIndex[i-1]]
 140                   << "mm "
 141                   << files[sliceIndex[i]]
 142                   << std::endl;
 143       }
 144     }
 145
 146     //===========================================
 147     // Analyze slices locations ...
 148     double currentDist;
 149     double dist=0;
 150     double tolerance = args_info.tolerance_arg;
 151     double previous = locs[sliceIndex[0]];
 152     for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
 153       currentDist = locs[sliceIndex[i]]-previous;
 154       if (i!=1) {
 155         if (fabs(dist-currentDist) > tolerance) {
 156           std::cout << "ERROR : " << std::endl
 157                     << "Current slice pos is  = " << locs[sliceIndex[i]] << std::endl
 158                     << "Previous slice pos is = " << previous << std::endl
 159                     << "Current file is       = " << files[sliceIndex[i]] << std::endl
 160                     << "Current index is      = " << i << std::endl
 161                     << "Current sortindex is  = " << sliceIndex[i] << std::endl
 162                     << "Current slice diff    = " << dist << std::endl
 163                     << "Current error         = " << fabs(dist-currentDist) << std::endl;
 164           exit(1);
 165         }
 166       } else dist = currentDist;
 167       previous = locs[sliceIndex[i]];
 168     }
 169
 170     //===========================================
 171     // Create ordered vector of filenames
 172     std::vector<std::string> sorted_files;
 173     sorted_files.resize(sliceIndex.size());
 174     for(unsigned int i=0; i<sliceIndex.size(); i++)
 175       sorted_files[i] = files[ sliceIndex[i] ];
 176
 177     //===========================================
 178     // Read write serie
 179     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 180     reader->SetInputFilenames(sorted_files);
 181     reader->Update(vvImageReader::DICOM);
 182     if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 183       std::cerr << reader->GetLastError() << std::endl;
 184       return 1;
 185     }
 186
 187     vvImage::Pointer image = reader->GetOutput();
 188     vtkImageData* vtk_image = image->GetFirstVTKImageData();
 189     vtkImageChangeInformation* modifier = vtkImageChangeInformation::New();
 190     if  (args_info.focal_origin_given) {
 191       std::vector<double> spacing = image->GetSpacing();
 192       std::vector<int> size = image->GetSize();
 193       origin[0] = -spacing[0]*size[0]/2.0;
 194       origin[1] = -spacing[1]*size[1]/2.0;
 195 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 196       modifier->SetInput(vtk_image);
 197 #else
 198       modifier->SetInputData(vtk_image);
 199 #endif
 200       modifier->SetOutputOrigin(origin[0], origin[1], locs[sliceIndex[0]]);
 201       modifier->Update();
 202       vvImage::Pointer focal_image = vvImage::New();
 203       focal_image->AddVtkImage(modifier->GetOutput());
 204       image = focal_image;
 205     }
 206
 207     std::string outfile;
 208     if (series_numbers.size() == 1)
 209       outfile = args_info.output_arg;
 210     else {
 211       std::ostringstream name;
 212       name << *sn << "_" << args_info.output_arg;
 213       outfile = name.str();
 214     }
 215     vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
 216     writer->SetInput(image);
 217     writer->SetOutputFileName(outfile);
 218     writer->Update();
 219
 220     modifier->Delete();
 221
 222     sn++;
 223   }
 224
 225   return 0;
 226 }