tools/clitkDicom2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // clitk includes
  20 #include "clitkDicom2Image_ggo.h"
  21 #include "clitkCommon.h"
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include <gdcmFile.h>
  26 #include <vtkImageChangeInformation.h>
  27 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  28   #include <gdcmImageHelper.h>
  29   #include <gdcmAttribute.h>
  30   #include <gdcmReader.h>
  31 #endif
  32
  33 #include <set>
  34
  35 //====================================================================
  36 int main(int argc, char * argv[])
  37 {
  38   // init command line
  39   GGO(clitkDicom2Image, args_info);
  40   std::vector<std::string> input_files;
  41   ///if std_input is given, read the input files from stdin
  42   if (args_info.std_input_given) {
  43     while (true) {
  44       std::string tmp;
  45       std::cin >> tmp;
  46       if(std::cin.good())
  47         input_files.push_back(tmp);
  48       else break;
  49     }
  50     args_info.inputs_num=input_files.size();
  51   } else for (unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++)
  52       input_files.push_back(args_info.inputs[i]);
  53
  54
  55   //===========================================
  56   /// Get slices locations ...
  57   int series_number = -1;
  58   std::set<int> series_numbers;
  59   std::map< int, std::vector<double> > theorigin;
  60   std::map< int, std::vector<double> > sliceLocations;
  61   std::map< int, std::vector<std::string> > seriesFiles;
  62   for(unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++) {
  63     //std::cout << "Reading <" << input_files[i] << std::endl;
  64 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  65     if (args_info.verbose_flag)
  66       std::cout << "Using GDCM-2.x" << std::endl;
  67     gdcm::Reader hreader;
  68     hreader.SetFileName(input_files[i].c_str());
  69     hreader.Read();
  70     gdcm::DataSet& ds = hreader.GetFile().GetDataSet();
  71
  72     if (args_info.extract_series_flag) {
  73       gdcm::Attribute<0x20,0x11> series_number_att;
  74       series_number_att.SetFromDataSet(hreader.GetFile().GetDataSet());
  75       series_number = series_number_att.GetValue();
  76     }
  77
  78     series_numbers.insert(series_number);
  79     theorigin[series_number] = gdcm::ImageHelper::GetOriginValue(hreader.GetFile());
  80     sliceLocations[series_number].push_back(theorigin[series_number][2]);
  81     seriesFiles[series_number].push_back(input_files[i]);
  82
  83     gdcm::Attribute<0x28, 0x100> pixel_size;
  84     pixel_size.SetFromDataSet(ds);
  85     /* if (pixel_size.GetValue() != 16)
  86        {
  87        std::cerr << "Pixel type not 2 bytes ! " << std::endl;
  88        std::cerr << "In file " << input_files[i] << std::endl;
  89        exit(0);
  90        }
  91     */
  92 #else
  93     if (args_info.verbose_flag)
  94       std::cout << "Not using GDCM-2.x" << std::endl;
  95   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  96   header->SetFileName(input_files[i]);
  97   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  98   header->Load();
  99
 100   if (args_info.extract_series_flag) {
 101     series_number = atoi(header->GetEntryValue(0x20,0x11).c_str());
 102   }
 103
 104   series_numbers.insert(series_number);
 105   theorigin[series_number].resize(3);
 106   theorigin[series_number][0] = header->GetXOrigin();
 107   theorigin[series_number][1] = header->GetYOrigin();
 108   theorigin[series_number][2] = header->GetZOrigin();
 109   sliceLocations[series_number].push_back(theorigin[series_number][2]);
 110   seriesFiles[series_number].push_back(input_files[i]);
 111   /*if (header->GetPixelSize() != 2) {
 112     std::cerr << "Pixel type 2 bytes ! " << std::endl;
 113     std::cerr << "In file " << input_files[i] << std::endl;
 114     exit(0);
 115   }
 116   */
 117 #endif
 118   }
 119
 120   //===========================================
 121   // Sort slices locations ...
 122   std::set<int>::iterator sn = series_numbers.begin();
 123   while ( sn != series_numbers.end() ) {
 124     std::vector<double> locs = sliceLocations[*sn];
 125     std::vector<double> origin = theorigin[*sn];
 126     std::vector<std::string> files = seriesFiles[*sn];
 127     std::vector<int> sliceIndex;
 128     clitk::GetSortedIndex(locs, sliceIndex);
 129     if (args_info.verboseSliceLocation_flag) {
 130       std::cout << locs[sliceIndex[0]] << " -> "
 131                 << sliceIndex[0] << " / " << 0 << " => "
 132                 << "0 mm "
 133                 << files[sliceIndex[0]]
 134                 << std::endl;
 135       for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
 136         std::cout << locs[sliceIndex[i]] << " -> "
 137                   << sliceIndex[i] << " / " << i << " => "
 138                   << locs[sliceIndex[i]] - locs[sliceIndex[i-1]]
 139                   << "mm "
 140                   << files[sliceIndex[i]]
 141                   << std::endl;
 142       }
 143     }
 144
 145     //===========================================
 146     // Analyze slices locations ...
 147     double currentDist;
 148     double dist=0;
 149     double tolerance = args_info.tolerance_arg;
 150     double previous = locs[sliceIndex[0]];
 151     for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
 152       currentDist = locs[sliceIndex[i]]-previous;
 153       if (i!=1) {
 154         if (fabs(dist-currentDist) > tolerance) {
 155           std::cout << "ERROR : " << std::endl
 156                     << "Current slice pos is  = " << locs[sliceIndex[i]] << std::endl
 157                     << "Previous slice pos is = " << previous << std::endl
 158                     << "Current file is       = " << files[sliceIndex[i]] << std::endl
 159                     << "Current index is      = " << i << std::endl
 160                     << "Current sortindex is  = " << sliceIndex[i] << std::endl
 161                     << "Current slice diff    = " << dist << std::endl
 162                     << "Current error         = " << fabs(dist-currentDist) << std::endl;
 163           exit(1);
 164         }
 165       } else dist = currentDist;
 166       previous = locs[sliceIndex[i]];
 167     }
 168
 169     //===========================================
 170     // Create ordered vector of filenames
 171     std::vector<std::string> sorted_files;
 172     sorted_files.resize(sliceIndex.size());
 173     for(unsigned int i=0; i<sliceIndex.size(); i++)
 174       sorted_files[i] = files[ sliceIndex[i] ];
 175
 176     //===========================================
 177     // Read write serie
 178     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 179     reader->SetInputFilenames(sorted_files);
 180     reader->Update(vvImageReader::DICOM);
 181     if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 182       std::cerr << reader->GetLastError() << std::endl;
 183       return 1;
 184     }
 185
 186     vvImage::Pointer image = reader->GetOutput();
 187     vtkImageData* vtk_image = image->GetFirstVTKImageData();
 188     vtkImageChangeInformation* modifier = vtkImageChangeInformation::New();
 189     if  (args_info.focal_origin_given) {
 190       std::vector<double> spacing = image->GetSpacing();
 191       std::vector<int> size = image->GetSize();
 192       origin[0] = -spacing[0]*size[0]/2.0;
 193       origin[1] = -spacing[1]*size[1]/2.0;
 194       modifier->SetInput(vtk_image);
 195       modifier->SetOutputOrigin(origin[0], origin[1], locs[sliceIndex[0]]);
 196       modifier->Update();
 197       vvImage::Pointer focal_image = vvImage::New();
 198       focal_image->AddVtkImage(modifier->GetOutput());
 199       image = focal_image;
 200     }
 201
 202     std::string outfile;
 203     if (series_numbers.size() == 1)
 204       outfile = args_info.output_arg;
 205     else {
 206       std::ostringstream name;
 207       name << *sn << "_" << args_info.output_arg;
 208       outfile = name.str();
 209     }
 210     vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
 211     writer->SetInput(image);
 212     writer->SetOutputFileName(outfile);
 213     writer->Update();
 214
 215     modifier->Delete();
 216
 217     sn++;
 218   }
 219
 220   return 0;
 221 }