tools/clitkDicom2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // clitk includes
  20 #include "clitkDicom2Image_ggo.h"
  21 #include "clitkCommon.h"
  22 #include "clitkImageCommon.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include <gdcmFile.h>
  26 #include <vtkImageChangeInformation.h>
  27 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  28   #include <gdcmImageHelper.h>
  29   #include <gdcmAttribute.h>
  30   #include <gdcmReader.h>
  31 #endif
  32
  33 #include <set>
  34
  35 //====================================================================
  36 int main(int argc, char * argv[])
  37 {
  38   // init command line
  39   GGO(clitkDicom2Image, args_info);
  40   std::vector<std::string> input_files;
  41   ///if std_input is given, read the input files from stdin
  42   if (args_info.std_input_given) {
  43     while (true) {
  44       std::string tmp;
  45       std::cin >> tmp;
  46       if(std::cin.good())
  47         input_files.push_back(tmp);
  48       else break;
  49     }
  50     args_info.inputs_num=input_files.size();
  51   } else for (unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++)
  52       input_files.push_back(args_info.inputs[i]);
  53
  54
  55   //===========================================
  56   /// Get slices locations ...
  57   int series_number = -1;
  58   std::set<int> series_numbers;
  59   std::map< int, std::vector<double> > theorigin;
  60   std::map< int, std::vector<double> > sliceLocations;
  61   std::map< int, std::vector<std::string> > seriesFiles;
  62   for(unsigned int i=0; i<args_info.inputs_num; i++) {
  63     //std::cout << "Reading <" << input_files[i] << std::endl;
  64 #if GDCM_MAJOR_VERSION == 2
  65     if (args_info.verbose_flag)
  66       std::cout << "Using GDCM-2.x" << std::endl;
  67     gdcm::Reader hreader;
  68     hreader.SetFileName(input_files[i].c_str());
  69     hreader.Read();
  70     gdcm::DataSet& ds = hreader.GetFile().GetDataSet();
  71
  72     if (args_info.extract_series_flag) {
  73       gdcm::Attribute<0x20,0x11> series_number_att;
  74       series_number_att.SetFromDataSet(hreader.GetFile().GetDataSet());
  75       series_number = series_number_att.GetValue();
  76     }
  77
  78     series_numbers.insert(series_number);
  79     theorigin[series_number] = gdcm::ImageHelper::GetOriginValue(hreader.GetFile());
  80     sliceLocations[series_number].push_back(theorigin[series_number][2]);
  81     seriesFiles[series_number].push_back(input_files[i]);
  82
  83     gdcm::Attribute<0x28, 0x100> pixel_size;
  84     pixel_size.SetFromDataSet(ds);
  85     if (pixel_size.GetValue() != 16)
  86     {
  87       std::cerr << "Pixel type 2 bytes ! " << std::endl;
  88       std::cerr << "In file " << input_files[i] << std::endl;
  89       exit(0);
  90     }
  91 #else
  92     if (args_info.verbose_flag)
  93       std::cout << "Not using GDCM-2.x" << std::endl;
  94   gdcm::File *header = new gdcm::File();
  95   header->SetFileName(input_files[i]);
  96   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384); // required ?
  97   header->Load();
  98
  99   if (args_info.extract_series_flag) {
 100     series_number = atoi(header->GetEntryValue(0x20,0x11).c_str());
 101   }
 102
 103   series_numbers.insert(series_number);
 104   theorigin[series_number].resize(3);
 105   theorigin[series_number][0] = header->GetXOrigin();
 106   theorigin[series_number][1] = header->GetYOrigin();
 107   theorigin[series_number][2] = header->GetZOrigin();
 108   sliceLocations[series_number].push_back(theorigin[series_number][2]);
 109   seriesFiles[series_number].push_back(input_files[i]);
 110   if (header->GetPixelSize() != 2) {
 111     std::cerr << "Pixel type 2 bytes ! " << std::endl;
 112     std::cerr << "In file " << input_files[i] << std::endl;
 113     exit(0);
 114   }
 115 #endif
 116   }
 117
 118   //===========================================
 119   // Sort slices locations ...
 120   std::set<int>::iterator sn = series_numbers.begin();
 121   while ( sn != series_numbers.end() ) {
 122     std::vector<double> locs = sliceLocations[*sn];
 123     std::vector<double> origin = theorigin[*sn];
 124     std::vector<std::string> files = seriesFiles[*sn];
 125     std::vector<int> sliceIndex;
 126     clitk::GetSortedIndex(locs, sliceIndex);
 127     if (args_info.verboseSliceLocation_flag) {
 128       std::cout << locs[sliceIndex[0]] << " -> "
 129                 << sliceIndex[0] << " / " << 0 << " => "
 130                 << "0 mm "
 131                 << files[sliceIndex[0]]
 132                 << std::endl;
 133       for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
 134         std::cout << locs[sliceIndex[i]] << " -> "
 135                   << sliceIndex[i] << " / " << i << " => "
 136                   << locs[sliceIndex[i]] - locs[sliceIndex[i-1]]
 137                   << "mm "
 138                   << files[sliceIndex[i]]
 139                   << std::endl;
 140       }
 141     }
 142
 143     //===========================================
 144     // Analyze slices locations ...
 145     double currentDist;
 146     double dist=0;
 147     double tolerance = args_info.tolerance_arg;
 148     double previous = locs[sliceIndex[0]];
 149     for(unsigned int i=1; i<sliceIndex.size(); i++) {
 150       currentDist = locs[sliceIndex[i]]-previous;
 151       if (i!=1) {
 152         if (fabs(dist-currentDist) > tolerance) {
 153           std::cout << "ERROR : " << std::endl
 154                     << "Current slice pos is  = " << locs[sliceIndex[i]] << std::endl
 155                     << "Previous slice pos is = " << previous << std::endl
 156                     << "Current file is       = " << files[sliceIndex[i]] << std::endl
 157                     << "Current index is      = " << i << std::endl
 158                     << "Current sortindex is  = " << sliceIndex[i] << std::endl
 159                     << "Current slice diff    = " << dist << std::endl
 160                     << "Current error         = " << fabs(dist-currentDist) << std::endl;
 161           exit(1);
 162         }
 163       } else dist = currentDist;
 164       previous = locs[sliceIndex[i]];
 165     }
 166
 167     //===========================================
 168     // Create ordered vector of filenames
 169     std::vector<std::string> sorted_files;
 170     sorted_files.resize(sliceIndex.size());
 171     for(unsigned int i=0; i<sliceIndex.size(); i++)
 172       sorted_files[i] = files[ sliceIndex[i] ];
 173
 174     //===========================================
 175     // Read write serie
 176     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 177     reader->SetInputFilenames(sorted_files);
 178     reader->Update(vvImageReader::DICOM);
 179     if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 180       std::cerr << reader->GetLastError() << std::endl;
 181       return 1;
 182     }
 183
 184     vvImage::Pointer image = reader->GetOutput();
 185     vtkImageData* vtk_image = image->GetFirstVTKImageData();
 186     vtkImageChangeInformation* modifier = vtkImageChangeInformation::New();
 187     if  (args_info.focal_origin_given) {
 188       std::vector<double> spacing = image->GetSpacing();
 189       std::vector<int> size = image->GetSize();
 190       origin[0] = -spacing[0]*size[0]/2.0;
 191       origin[1] = -spacing[1]*size[1]/2.0;
 192       modifier->SetInput(vtk_image);
 193       modifier->SetOutputOrigin(origin[0], origin[1], locs[sliceIndex[0]]);
 194       modifier->Update();
 195       vvImage::Pointer focal_image = vvImage::New();
 196       focal_image->AddVtkImage(modifier->GetOutput());
 197       image = focal_image;
 198     }
 199
 200     std::string outfile;
 201     if (series_numbers.size() == 1)
 202       outfile = args_info.output_arg;
 203     else {
 204       std::ostringstream name;
 205       name << *sn << "_" << args_info.output_arg;
 206       outfile = name.str();
 207     }
 208     vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
 209     writer->SetInput(image);
 210     writer->SetOutputFileName(outfile);
 211     writer->Update();
 212
 213     modifier->Delete();
 214
 215     sn++;
 216   }
 217
 218   return 0;
 219 }