tools/clitkDicomRTStruct2BinaryImage.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17
  18   =========================================================================*/
  19
  20 #include "clitkDicomRT_ROI_ConvertToImageFilter.h"
  21 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  22 #include "clitkDicomRTStruct2BinaryImage_ggo.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 int main(int argc, char * argv[]) {
  26
  27   // Init command line
  28   GGO(clitkDicomRTStruct2BinaryImage, args_info);
  29
  30   // Read and display information
  31   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
  32   s->Read(args_info.input_arg);
  33   if (args_info.verboseFile_flag) {
  34     s->Print(std::cout);
  35   }
  36
  37   // New filter to convert to binary image
  38   clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter filter;
  39   filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  40   filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  41   if (args_info.roi_arg != -1) {
  42     filter.SetROI(s->GetROI(args_info.roi_arg));
  43     filter.SetOutputImageFilename(args_info.output_arg);
  44   filter.Update();
  45   }
  46   else {
  47     for(unsigned int i=0; i<s->GetListOfROI().size(); i++) {
  48       clitk::DicomRT_ROI_ConvertToImageFilter filter;
  49       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  50       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  51       std::string name = s->GetListOfROI()[i]->GetName();
  52       int num = s->GetListOfROI()[i]->GetROINumber();
  53       filter.SetROI(s->GetListOfROI()[i]);
  54       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
  55       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
  56         (clitk::toString(num)).append
  57         ("_").append
  58         (name).append
  59         (".mhd");
  60       if (args_info.verbose_flag) {
  61         std::cout << i << " " << s->GetListOfROI()[i]->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
  62       }
  63       filter.SetOutputImageFilename(n);
  64       filter.Update();
  65     }
  66   }
  67
  68   // This is the end my friend
  69   return 0;
  70 }