tools/clitkDicomRTStruct2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
  21 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  22 #include "clitkDicomRTStruct2Image_ggo.h"
  23 #include "clitkIO.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 int main(int argc, char * argv[]) {
  27
  28   // Init command line
  29   GGO(clitkDicomRTStruct2Image, args_info);
  30   CLITK_INIT;
  31
  32   // Read and display information
  33   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
  34   s->Read(args_info.input_arg);
  35   if (args_info.verboseFile_flag) {
  36     s->Print(std::cout);
  37   }
  38
  39   // New filter to convert to binary image
  40   clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  41   filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  42   filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  43   if (args_info.roiName_given) {
  44     filter.SetROI(s->GetROIFromROIName(args_info.roiName_arg));
  45     filter.SetOutputImageFilename(args_info.output_arg);
  46     filter.Update();
  47   }
  48   else if (args_info.roi_given && args_info.roi_arg != -1) {
  49     filter.SetROI(s->GetROIFromROINumber(args_info.roi_arg));
  50     filter.SetOutputImageFilename(args_info.output_arg);
  51     filter.Update();
  52   }
  53   else {
  54     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIMapContainer* rois;
  55     if (args_info.roiNameSubstr_given)
  56       rois = s->GetROIsFromROINameSubstr(args_info.roiNameSubstr_arg);
  57     else
  58       rois = &s->GetROIs();
  59
  60     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
  61     if (rois) {
  62       for(iter = rois->begin(); iter != rois->end(); iter++) {
  63         clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
  64         clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  65         std::string name = roi->GetName();
  66         int num = roi->GetROINumber();
  67         filter.SetROI(roi);
  68         filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  69         filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  70         name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
  71         std::string n;
  72         if (args_info.mha_flag) {
  73           n = std::string(args_info.output_arg).append
  74             (clitk::toString(num)).append
  75             ("_").append
  76             (name).append
  77             (".mha");
  78         }
  79         else {
  80           n = std::string(args_info.output_arg).append
  81             (clitk::toString(num)).append
  82             ("_").append
  83             (name).append
  84             (".mhd");
  85         }
  86         if (args_info.verbose_flag) {
  87           std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
  88         }
  89         filter.SetOutputImageFilename(n);
  90         filter.Update();
  91       }
  92     }
  93   }
  94 //   else {
  95 //     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
  96 //     for(iter = s->GetROIs().begin(); iter != s->GetROIs().end(); iter++) {
  97 //       clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
  98 //       // Create the filter
  99 //       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 100 //       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
 101 //       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
 102 //       std::string name = roi->GetName();
 103 //       int num = roi->GetROINumber();
 104 //       filter.SetROI(roi);
 105 //       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
 106 //       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
 107 //         (clitk::toString(num)).append
 108 //         ("_").append
 109 //         (name).append
 110 //         (".mhd");
 111 //       if (args_info.verbose_flag) {
 112 //         std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
 113 //       }
 114 //       filter.SetOutputImageFilename(n);
 115 //       filter.Update();
 116 //     }
 117
 118     /*
 119     for(unsigned int i=0; i<s->GetListOfROI().size(); i++) {
 120       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 121       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
 122       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
 123       std::string name = s->GetListOfROI()[i]->GetName();
 124       int num = s->GetListOfROI()[i]->GetROINumber();
 125       filter.SetROI(s->GetListOfROI()[i]);
 126       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
 127       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
 128         (clitk::toString(num)).append
 129         ("_").append
 130         (name).append
 131         (".mhd");
 132       if (args_info.verbose_flag) {
 133         std::cout << i << " " << s->GetListOfROI()[i]->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
 134       }
 135       filter.SetOutputImageFilename(n);
 136       filter.Update();
 137       }*/
 138   //}
 139
 140   // This is the end my friend
 141   return 0;
 142 }