tools/clitkDicomRTStruct2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
  21 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  22 #include "clitkDicomRTStruct2Image_ggo.h"
  23 #include "clitkIO.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 int main(int argc, char * argv[]) {
  27
  28   // Init command line
  29   GGO(clitkDicomRTStruct2Image, args_info);
  30   CLITK_INIT;
  31
  32   // Read and display information
  33   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
  34   s->Read(args_info.input_arg);
  35   if (args_info.verboseFile_flag) {
  36     s->Print(std::cout);
  37   }
  38
  39   // New filter to convert to binary image
  40   clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  41   filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  42   filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  43   if (args_info.vtk_flag) {
  44     filter.SetWriteMesh(true);
  45   }
  46   if (args_info.roiName_given) {
  47     filter.SetROI(s->GetROIFromROIName(args_info.roiName_arg));
  48     filter.SetOutputImageFilename(args_info.output_arg);
  49     filter.Update();
  50   }
  51   else if (args_info.roi_given && args_info.roi_arg != -1) {
  52     filter.SetROI(s->GetROIFromROINumber(args_info.roi_arg));
  53     filter.SetOutputImageFilename(args_info.output_arg);
  54     filter.Update();
  55   }
  56   else {
  57     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIMapContainer* rois;
  58     if (args_info.roiNameSubstr_given)
  59       rois = s->GetROIsFromROINameSubstr(args_info.roiNameSubstr_arg);
  60     else
  61       rois = &s->GetROIs();
  62
  63     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
  64     if (rois) {
  65       for(iter = rois->begin(); iter != rois->end(); iter++) {
  66         clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
  67         clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  68         std::string name = roi->GetName();
  69         int num = roi->GetROINumber();
  70         filter.SetROI(roi);
  71         filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  72         filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  73         if (args_info.vtk_flag) {
  74           filter.SetWriteMesh(true);
  75         }
  76         name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
  77         std::string n;
  78         if (args_info.mha_flag) {
  79           n = std::string(args_info.output_arg).append
  80             (clitk::toString(num)).append
  81             ("_").append
  82             (name).append
  83             (".mha");
  84         }
  85         else {
  86           n = std::string(args_info.output_arg).append
  87             (clitk::toString(num)).append
  88             ("_").append
  89             (name).append
  90             (".mhd");
  91         }
  92         if (args_info.verbose_flag) {
  93           std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
  94         }
  95         filter.SetOutputImageFilename(n);
  96         filter.Update();
  97       }
  98     }
  99   }
 100 //   else {
 101 //     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
 102 //     for(iter = s->GetROIs().begin(); iter != s->GetROIs().end(); iter++) {
 103 //       clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
 104 //       // Create the filter
 105 //       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 106 //       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
 107 //       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
 108 //       std::string name = roi->GetName();
 109 //       int num = roi->GetROINumber();
 110 //       filter.SetROI(roi);
 111 //       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
 112 //       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
 113 //         (clitk::toString(num)).append
 114 //         ("_").append
 115 //         (name).append
 116 //         (".mhd");
 117 //       if (args_info.verbose_flag) {
 118 //         std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
 119 //       }
 120 //       filter.SetOutputImageFilename(n);
 121 //       filter.Update();
 122 //     }
 123
 124     /*
 125     for(unsigned int i=0; i<s->GetListOfROI().size(); i++) {
 126       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 127       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
 128       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
 129       std::string name = s->GetListOfROI()[i]->GetName();
 130       int num = s->GetListOfROI()[i]->GetROINumber();
 131       filter.SetROI(s->GetListOfROI()[i]);
 132       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
 133       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
 134         (clitk::toString(num)).append
 135         ("_").append
 136         (name).append
 137         (".mhd");
 138       if (args_info.verbose_flag) {
 139         std::cout << i << " " << s->GetListOfROI()[i]->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
 140       }
 141       filter.SetOutputImageFilename(n);
 142       filter.Update();
 143       }*/
 144   //}
 145
 146   // This is the end my friend
 147   return 0;
 148 }