tools/clitkDicomRTStruct2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
  21 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  22 #include "clitkDicomRTStruct2Image_ggo.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 int main(int argc, char * argv[]) {
  26
  27   // Init command line
  28   GGO(clitkDicomRTStruct2Image, args_info);
  29
  30   // Read and display information
  31   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
  32   s->Read(args_info.input_arg);
  33   if (args_info.verboseFile_flag) {
  34     s->Print(std::cout);
  35   }
  36
  37   // New filter to convert to binary image
  38   clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  39   filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  40   filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  41   if (args_info.roi_arg != -1) {
  42     filter.SetROI(s->GetROIFromROINumber(args_info.roi_arg));
  43     filter.SetOutputImageFilename(args_info.output_arg);
  44     filter.Update();
  45   }
  46   else {
  47     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
  48     for(iter = s->GetROIs().begin(); iter != s->GetROIs().end(); iter++) {
  49       clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
  50       // Create the filter
  51       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  52       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  53       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  54       std::string name = roi->GetName();
  55       int num = roi->GetROINumber();
  56       filter.SetROI(roi);
  57       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
  58       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
  59         (clitk::toString(num)).append
  60         ("_").append
  61         (name).append
  62         (".mhd");
  63       if (args_info.verbose_flag) {
  64         std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
  65       }
  66       filter.SetOutputImageFilename(n);
  67       filter.Update();
  68     }
  69
  70     /*
  71     for(unsigned int i=0; i<s->GetListOfROI().size(); i++) {
  72       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  73       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  74       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  75       std::string name = s->GetListOfROI()[i]->GetName();
  76       int num = s->GetListOfROI()[i]->GetROINumber();
  77       filter.SetROI(s->GetListOfROI()[i]);
  78       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
  79       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
  80         (clitk::toString(num)).append
  81         ("_").append
  82         (name).append
  83         (".mhd");
  84       if (args_info.verbose_flag) {
  85         std::cout << i << " " << s->GetListOfROI()[i]->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
  86       }
  87       filter.SetOutputImageFilename(n);
  88       filter.Update();
  89       }*/
  90   }
  91
  92   // This is the end my friend
  93   return 0;
  94 }