tools/clitkDicomRTStruct2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
  21 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  22 #include "clitkDicomRTStruct2Image_ggo.h"
  23 #include "clitkIO.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 std::string outputFileName(clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi, const args_info_clitkDicomRTStruct2Image& args_info)
  27 {
  28   std::string name = roi->GetName();
  29   int num = roi->GetROINumber();
  30   name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
  31   std::string n;
  32   n = std::string(args_info.output_arg).append(clitk::toString(num)).append("_").append(name);
  33   if (args_info.mha_flag) {
  34     n=n.append(".mha");
  35   }
  36   else if (args_info.nii_flag) {
  37     n=n.append(".nii");
  38   }
  39   else if (args_info.niigz_flag) {
  40     n=n.append(".nii.gz");
  41   }
  42   else {
  43     n=n.append(".mhd");
  44   }
  45   if (args_info.verbose_flag) {
  46     std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
  47   }
  48   return n;
  49 }
  50 //--------------------------------------------------------------------
  51 int main(int argc, char * argv[]) {
  52
  53   // Init command line
  54   GGO(clitkDicomRTStruct2Image, args_info);
  55   CLITK_INIT;
  56
  57   // Read and display information
  58   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
  59   s->Read(args_info.input_arg, args_info.tolerance_arg);
  60   if (args_info.verboseFile_flag) {
  61     s->Print(std::cout);
  62   }
  63   if (args_info.roiName_given || (args_info.roi_given && args_info.roi_arg != -1)) {
  64     clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi;
  65     if (args_info.roiName_given) {
  66       roi = s->GetROIFromROIName(args_info.roiName_arg);
  67     }
  68     else if (args_info.roi_given && args_info.roi_arg != -1) {
  69         roi = s->GetROIFromROINumber(args_info.roi_arg);
  70     }
  71     if (roi) {
  72       // New filter to convert to binary image
  73       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  74       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  75       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  76       if (args_info.vtk_flag) {
  77         filter.SetWriteMesh(true);
  78       }
  79       filter.SetROI(roi);
  80       filter.SetOutputImageFilename(outputFileName(roi, args_info));
  81       filter.Update();
  82       } else {
  83         std::cerr<<"No ROI with this name/id"<<std::endl;
  84           return EXIT_FAILURE;
  85       }
  86   }
  87   else {
  88     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIMapContainer* rois;
  89     if (args_info.roiNameSubstr_given)
  90       rois = s->GetROIsFromROINameSubstr(args_info.roiNameSubstr_arg);
  91     else
  92       rois = &s->GetROIs();
  93
  94     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
  95     if (rois) {
  96       for(iter = rois->begin(); iter != rois->end(); iter++) {
  97         clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
  98         clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  99         filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
 100         filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
 101         if (args_info.vtk_flag) {
 102           filter.SetWriteMesh(true);
 103         }
 104         filter.SetROI(roi);
 105         filter.SetOutputImageFilename(outputFileName(roi, args_info));
 106         filter.Update();
 107       }
 108     } else {
 109         std::cerr<<"No ROIs with this substring of ROI name"<<std::endl;
 110         return EXIT_FAILURE;
 111     }
 112   }
 113 //   else {
 114 //     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
 115 //     for(iter = s->GetROIs().begin(); iter != s->GetROIs().end(); iter++) {
 116 //       clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
 117 //       // Create the filter
 118 //       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 119 //       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
 120 //       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
 121 //       std::string name = roi->GetName();
 122 //       int num = roi->GetROINumber();
 123 //       filter.SetROI(roi);
 124 //       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
 125 //       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
 126 //         (clitk::toString(num)).append
 127 //         ("_").append
 128 //         (name).append
 129 //         (".mhd");
 130 //       if (args_info.verbose_flag) {
 131 //         std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
 132 //       }
 133 //       filter.SetOutputImageFilename(n);
 134 //       filter.Update();
 135 //     }
 136
 137     /*
 138     for(unsigned int i=0; i<s->GetListOfROI().size(); i++) {
 139       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 140       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
 141       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
 142       std::string name = s->GetListOfROI()[i]->GetName();
 143       int num = s->GetListOfROI()[i]->GetROINumber();
 144       filter.SetROI(s->GetListOfROI()[i]);
 145       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
 146       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
 147         (clitk::toString(num)).append
 148         ("_").append
 149         (name).append
 150         (".mhd");
 151       if (args_info.verbose_flag) {
 152         std::cout << i << " " << s->GetListOfROI()[i]->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
 153       }
 154       filter.SetOutputImageFilename(n);
 155       filter.Update();
 156       }*/
 157   //}
 158
 159   // This is the end my friend
 160   return EXIT_SUCCESS;
 161 }