tools/clitkDicomRTStruct2Image.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3   Main authors :   XX XX XX
   4
   5   Authors belongs to:
   6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
   7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
   8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
   9
  10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  13
  14   It is distributed under dual licence
  15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
  16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  18   =========================================================================*/
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  20 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
  21 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
  22 #include "clitkDicomRTStruct2Image_ggo.h"
  23
  24 //--------------------------------------------------------------------
  25 int main(int argc, char * argv[]) {
  26
  27   // Init command line
  28   GGO(clitkDicomRTStruct2Image, args_info);
  29
  30   // Read and display information
  31   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
  32   s->Read(args_info.input_arg);
  33   if (args_info.verboseFile_flag) {
  34     s->Print(std::cout);
  35   }
  36
  37   // New filter to convert to binary image
  38   clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  39   filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  40   filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  41   if (args_info.roiName_given) {
  42     filter.SetROI(s->GetROIFromROIName(args_info.roiName_arg));
  43     filter.SetOutputImageFilename(args_info.output_arg);
  44     filter.Update();
  45   }
  46   else if (args_info.roi_given && args_info.roi_arg != -1) {
  47     filter.SetROI(s->GetROIFromROINumber(args_info.roi_arg));
  48     filter.SetOutputImageFilename(args_info.output_arg);
  49     filter.Update();
  50   }
  51   else {
  52     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIMapContainer* rois;
  53     if (args_info.roiNameSubstr_given)
  54       rois = s->GetROIsFromROINameSubstr(args_info.roiNameSubstr_arg);
  55     else
  56       rois = &s->GetROIs();
  57
  58     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
  59     if (rois) {
  60       for(iter = rois->begin(); iter != rois->end(); iter++) {
  61         clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
  62         clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  63         std::string name = roi->GetName();
  64         int num = roi->GetROINumber();
  65         filter.SetROI(roi);
  66         filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  67         filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  68         name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
  69         std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
  70           (clitk::toString(num)).append
  71           ("_").append
  72           (name).append
  73           (".mhd");
  74         if (args_info.verbose_flag) {
  75           std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
  76         }
  77         filter.SetOutputImageFilename(n);
  78         filter.Update();
  79       }
  80     }
  81   }
  82 //   else {
  83 //     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
  84 //     for(iter = s->GetROIs().begin(); iter != s->GetROIs().end(); iter++) {
  85 //       clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
  86 //       // Create the filter
  87 //       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
  88 //       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
  89 //       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
  90 //       std::string name = roi->GetName();
  91 //       int num = roi->GetROINumber();
  92 //       filter.SetROI(roi);
  93 //       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
  94 //       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
  95 //         (clitk::toString(num)).append
  96 //         ("_").append
  97 //         (name).append
  98 //         (".mhd");
  99 //       if (args_info.verbose_flag) {
 100 //         std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
 101 //       }
 102 //       filter.SetOutputImageFilename(n);
 103 //       filter.Update();
 104 //     }
 105
 106     /*
 107     for(unsigned int i=0; i<s->GetListOfROI().size(); i++) {
 108       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
 109       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
 110       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
 111       std::string name = s->GetListOfROI()[i]->GetName();
 112       int num = s->GetListOfROI()[i]->GetROINumber();
 113       filter.SetROI(s->GetListOfROI()[i]);
 114       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
 115       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
 116         (clitk::toString(num)).append
 117         ("_").append
 118         (name).append
 119         (".mhd");
 120       if (args_info.verbose_flag) {
 121         std::cout << i << " " << s->GetListOfROI()[i]->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
 122       }
 123       filter.SetOutputImageFilename(n);
 124       filter.Update();
 125       }*/
 126   //}
 127
 128   // This is the end my friend
 129   return 0;
 130 }