]> Creatis software - clitk.git/blob - tools/clitkDicomRTStruct2Image.cxx
Add rotate and translate option to clitkAffineTransform
[clitk.git] / tools / clitkDicomRTStruct2Image.cxx
1 /*=========================================================================
2   Program:         vv http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
3   Main authors :   XX XX XX
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5   Authors belongs to: 
6   - University of LYON           http://www.universite-lyon.fr/
7   - Léon Bérard cancer center    http://www.centreleonberard.fr
8   - CREATIS CNRS laboratory      http://www.creatis.insa-lyon.fr
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10   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
11   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
12   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
13
14   It is distributed under dual licence
15   - BSD       http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php
16   - CeCILL-B  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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18   =========================================================================*/
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20 #include "clitkDicomRTStruct2ImageFilter.h"
21 #include "clitkDicomRT_StructureSet.h"
22 #include "clitkDicomRTStruct2Image_ggo.h"
23
24 //--------------------------------------------------------------------
25 int main(int argc, char * argv[]) {
26
27   // Init command line
28   GGO(clitkDicomRTStruct2Image, args_info);
29
30   // Read and display information
31   clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer s = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
32   s->Read(args_info.input_arg);
33   if (args_info.verboseFile_flag) {
34     s->Print(std::cout);
35   }
36   
37   // New filter to convert to binary image
38   clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
39   filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
40   filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
41   if (args_info.roi_arg != -1) {
42     filter.SetROI(s->GetROIFromROINumber(args_info.roi_arg)); 
43     filter.SetOutputImageFilename(args_info.output_arg);
44   filter.Update();  
45   }
46   else {
47     clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
48     for(iter = s->GetROIs().begin(); iter != s->GetROIs().end(); iter++) {
49       clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
50       // Create the filter
51       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
52       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
53       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
54       std::string name = roi->GetName();
55       int num = roi->GetROINumber();
56       filter.SetROI(roi); 
57       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
58       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
59         (clitk::toString(num)).append
60         ("_").append
61         (name).append
62         (".mhd");
63       if (args_info.verbose_flag) {
64         std::cout << num << " " << roi->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
65       }
66       filter.SetOutputImageFilename(n);
67       filter.Update();
68     }
69
70     /*
71     for(unsigned int i=0; i<s->GetListOfROI().size(); i++) {
72       clitk::DicomRTStruct2ImageFilter filter;
73       filter.SetCropMaskEnabled(args_info.crop_flag);
74       filter.SetImageFilename(args_info.image_arg);  // Used to get spacing + origin
75       std::string name = s->GetListOfROI()[i]->GetName();
76       int num = s->GetListOfROI()[i]->GetROINumber();
77       filter.SetROI(s->GetListOfROI()[i]); 
78       name.erase(remove_if(name.begin(), name.end(), isspace), name.end());
79       std::string n = std::string(args_info.output_arg).append
80         (clitk::toString(num)).append
81         ("_").append
82         (name).append
83         (".mhd");
84       if (args_info.verbose_flag) {
85         std::cout << i << " " << s->GetListOfROI()[i]->GetName() << " num=" << num << " : " << n << std::endl;
86       }
87       filter.SetOutputImageFilename(n);
88       filter.Update();  
89       }*/
90   }
91
92   // This is the end my friend 
93   return 0;
94 }