tools/clitkDicomRTStruct2Image.ggo

   1 # file clitkDicomRTStruct2BinaryImage.ggo
   2 package "clitk"
   3 version "1.0"
   4 description "Convert DICOM RT Structure Set (contours) to binary image"
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   6 option "config"       - "Config file"                                                           string  no
   7 option "verbose"      v "Verbose"                                                               flag    off
   8 option "verboseFile"  - "Verbose file content"                                                  flag    off
   9 option "input"        i "Input Dicom file"                                                      string  yes
  10 option "image"        j "Used to read image info (spacing, origin)"                             string  yes
  11 option "output"       o "Output image base filename (roi number and extension will be append)"  string  yes
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  13 defgroup "ROIoption" groupdesc="an option of this group is required"
  14 groupoption "roi"           r "ROI to binarize (if -1 = all roi)"                                                             int     no default="-1" group="ROIoption"
  15 groupoption "roiName"       n "ROI name to binarize (be wary of spaces in ROI names; if blank, use given 'roi' value)"        string  no default=""   group="ROIoption"
  16 groupoption "roiNameSubstr" s "Substring of ROI name to binarize (reuturns all matches; if blank, use given 'roiName' value)" string  no default=""   group="ROIoption"
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  18 option "crop"         c "Crop binary mask"                                                      flag off
  19 option "mha"          - "Write the RTStruct as a mha image to avoid special character problems" flag off
  20 option "vtk"          - "Write the vtk Mesh as a vtk file"                                      flag off
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