tools/clitkDicomRTStruct2Image.ggo

   1 # file clitkDicomRTStruct2BinaryImage.ggo
   2 package "clitk"
   3 version "Convert DICOM RT Structure Set (contours) to binary image"
   4
   5 option "config"          - "Config file"                     string     no
   6 option "verbose"         v "Verbose"                         flag       off
   7 option "verboseFile"     - "Verbose file content"            flag       off
   8 option "input"           i "Input Dicom file"                string     yes
   9 option "image"           j "Used to read image info (spacing, origin)"    string        yes
  10 option "output"          o "Output image base filename (roi number and extension will be append)"        string yes
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  12 defgroup "ROIoption" groupdesc="an option of this group is required"
  13 groupoption "roi"     r "ROI to binarize (if -1 = all roi)"            int    no default="-1" group="ROIoption"
  14 groupoption "roiName"     n "ROI name to binarize (be wary of spaces in ROI names; if blank, use given 'roi' value)"            string    no default="" group="ROIoption"
  15 groupoption "roiNameSubstr"     s "Substring of ROI name to binarize (reuturns all matches; if blank, use given 'roiName' value)"            string    no default="" group="ROIoption"
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  17 option "crop"            c "Crop binary mask"            flag off
  18
  19 option "mha"  - "Write the RTStruct as a mha image to avoid special character problems"          flag off
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  21 #option "roi"            r "ROI to print (ID)"           int            no
  22 #option "contour"        c "contour to print (ID)"       int            no
  23 #option "offset"                 o "to display points as image offsets" flag    off
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