]> Creatis software - clitk.git/blob - tools/clitkDicomWave2Text.cxx
Update Landmark coordinates with transformation matrix
[clitk.git] / tools / clitkDicomWave2Text.cxx
1 /*=========================================================================
2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
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4   Authors belong to:
5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
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9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
12
13   It is distributed under dual licence
14
15   - BSD        See included LICENSE.txt file
16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
17 ===========================================================================**/
18
19 #include "clitkDicomWave2Text.h"
20 #include "clitkDicomWave2Text_ggo.h"
21
22 #include "clitkCommon.h"
23
24 #include "gdcmFile.h"
25 #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
26   #include "gdcmBinEntry.h"
27 #else
28   #include "gdcmReader.h"
29   #include "gdcmPrivateTag.h"
30 #endif
31
32 #include <iostream>
33 #include <fstream>
34
35
36 bool wave2stream( std::ostream &text_file, const short *buffer, int length )
37 {
38   std::string stat="";
39   text_file << "COMPLETE_WAVE" << '\t' << "MASK"       << '\t' << "AQUISITION_PROFIL" << '\t' << "END-INHALE" << '\t' << "END-EXHALE" << '\t' << "AQUISITION_WAVE" << '\t' << "WAVE_STATISTICS" << '\t' << "MASK"        << std::endl;
40   for (int i=0;i<length-76;i+=2)
41     {
42     if ( i < 74 )
43       {
44       switch(i)
45         {
46         case 68 :
47           stat="Total points";
48           break;
49         case 70 :
50           stat="Sampling rate (Hz)";
51           break;
52         default :
53           stat="";
54           break;
55         }      
56         if (buffer[i+75] == 0)
57           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
58         if (buffer[i+75] == 16384)
59           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
60         if (buffer[i+75] == 256)
61           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "              << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
62         if (buffer[i+75] == -32768)
63           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
64         if (buffer[i+75] == -16384)
65           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
66         if (buffer[i+75] == -32512)
67           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
68       }
69       else
70       {
71         if (buffer[i+75] == 0)
72           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
73         if (buffer[i+75] == 16384)
74           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
75         if (buffer[i+75] == 256)
76           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "              << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
77         if (buffer[i+75] == -32768)
78           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
79         if (buffer[i+75] == -16384)
80           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
81         if (buffer[i+75] == -32512)
82           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
83       }
84     }
85   return true;
86 }
87
88
89 int main(int argc, char * argv[])
90 {
91   GGO(clitkDicomWave2Text, args_info);
92   
93   std::ofstream os(args_info.OutputFile_arg, std::ios::out | std::ios::trunc);
94   
95   #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
96   
97     gdcm::File * mDCMFile = new gdcm::File();
98     mDCMFile->SetFileName(args_info.InputFile_arg);
99     mDCMFile->AddForceLoadElement(0x01e1,0x1018); //Load wave data no matter its size
100     if ( !mDCMFile->OpenFile() )
101       {
102       std::cerr << "Failed to read: " << args_info.InputFile_arg << std::endl;
103       return 1;
104       }
105     mDCMFile->Load();
106     gdcm::DocEntrySet* item = mDCMFile;
107     #define T short
108     gdcm::BinEntry * entry = item->GetBinEntry(0x01e1,0x1018);
109     T* buffer = reinterpret_cast<T*>(entry->GetBinArea());
110     int length=item->GetEntryLength(0x01e1,0x1018)/sizeof(T);
111     
112   #else
113   
114     gdcm::Reader reader;
115     reader.SetFileName(args_info.InputFile_arg);
116     if( !reader.Read() )
117       {
118       std::cerr << "Failed to read: " << args_info.InputFile_arg << std::endl;
119       return 1;
120       }
121     const gdcm::DataSet& ds = reader.GetFile().GetDataSet();
122     const gdcm::PrivateTag twave(0x01e1,0x18,"ELSCINT1");
123     if( !ds.FindDataElement( twave ) ) return 1;
124     const gdcm::DataElement& wave = ds.GetDataElement( twave );
125     if ( wave.IsEmpty() ) return 1;
126     const gdcm::ByteValue * bv = wave.GetByteValue();
127     short * buffer = (short*)bv->GetPointer();
128     int length = bv->GetLength() / sizeof( short );
129     
130   #endif
131   
132   // Dump that to a CSV file:
133   wave2stream( os, buffer, length );
134   os.close();
135   return 0;
136 }