tools/clitkDicomWave2Text.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 #include "clitkDicomWave2Text.h"
  20 #include "clitkDicomWave2Text_ggo.h"
  21
  22 #include "clitkCommon.h"
  23
  24 #include "gdcmFile.h"
  25 #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
  26   #include "gdcmBinEntry.h"
  27 #else
  28   #include "gdcmReader.h"
  29   #include "gdcmPrivateTag.h"
  30 #endif
  31
  32 #include <iostream>
  33 #include <fstream>
  34
  35
  36 bool wave2stream( std::ostream &text_file, const short *buffer, int length )
  37 {
  38   std::string stat="";
  39   text_file << "COMPLETE_WAVE" << '\t' << "MASK"       << '\t' << "AQUISITION_PROFIL" << '\t' << "END-INHALE" << '\t' << "END-EXHALE" << '\t' << "AQUISITION_WAVE" << '\t' << "WAVE_STATISTICS" << '\t' << "MASK"        << std::endl;
  40   for (int i=0;i<length-76;i+=2)
  41     {
  42     if ( i < 74 )
  43       {
  44       switch(i)
  45         {
  46         case 68 :
  47           stat="Total points";
  48           break;
  49         case 70 :
  50           stat="Sampling rate (Hz)";
  51           break;
  52         default :
  53           stat="";
  54           break;
  55         }
  56         if (buffer[i+75] == 0)
  57           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  58         if (buffer[i+75] == 16384)
  59           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  60         if (buffer[i+75] == 256)
  61           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "              << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  62         if (buffer[i+75] == -32768)
  63           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  64         if (buffer[i+75] == -16384)
  65           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  66         if (buffer[i+75] == -32512)
  67           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  68       }
  69       else
  70       {
  71         if (buffer[i+75] == 0)
  72           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  73         if (buffer[i+75] == 16384)
  74           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  75         if (buffer[i+75] == 256)
  76           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "              << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  77         if (buffer[i+75] == -32768)
  78           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  79         if (buffer[i+75] == -16384)
  80           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  81         if (buffer[i+75] == -32512)
  82           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  83       }
  84     }
  85   return true;
  86 }
  87
  88
  89 int main(int argc, char * argv[])
  90 {
  91   GGO(clitkDicomWave2Text, args_info);
  92
  93   std::ofstream os(args_info.OutputFile_arg, std::ios::out | std::ios::trunc);
  94
  95   #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
  96
  97     gdcm::File * mDCMFile = new gdcm::File();
  98     mDCMFile->SetFileName(args_info.InputFile_arg);
  99     mDCMFile->AddForceLoadElement(0x01e1,0x1018); //Load wave data no matter its size
 100     if ( !mDCMFile->OpenFile() )
 101       {
 102       std::cerr << "Failed to read: " << args_info.InputFile_arg << std::endl;
 103       return 1;
 104       }
 105     mDCMFile->Load();
 106     gdcm::DocEntrySet* item = mDCMFile;
 107     #define T short
 108     gdcm::BinEntry * entry = item->GetBinEntry(0x01e1,0x1018);
 109     T* buffer = reinterpret_cast<T*>(entry->GetBinArea());
 110     int length=item->GetEntryLength(0x01e1,0x1018)/sizeof(T);
 111
 112   #else
 113
 114     gdcm::Reader reader;
 115     reader.SetFileName(args_info.InputFile_arg);
 116     if( !reader.Read() )
 117       {
 118       std::cerr << "Failed to read: " << args_info.InputFile_arg << std::endl;
 119       return 1;
 120       }
 121     const gdcm::DataSet& ds = reader.GetFile().GetDataSet();
 122     const gdcm::PrivateTag twave(0x01e1,0x18,"ELSCINT1");
 123     if( !ds.FindDataElement( twave ) ) return 1;
 124     const gdcm::DataElement& wave = ds.GetDataElement( twave );
 125     if ( wave.IsEmpty() ) return 1;
 126     const gdcm::ByteValue * bv = wave.GetByteValue();
 127     short * buffer = (short*)bv->GetPointer();
 128     int length = bv->GetLength() / sizeof( short );
 129
 130   #endif
 131
 132   // Dump that to a CSV file:
 133   wave2stream( os, buffer, length );
 134   os.close();
 135   return 0;
 136 }