tools/clitkDicomWave2Text.cxx

   1 #include "clitkDicomWave2Text.h"
   2 #include "clitkDicomWave2Text_ggo.h"
   3
   4 #include "clitkCommon.h"
   5
   6 #include "gdcmFile.h"
   7 #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
   8   #include "gdcmBinEntry.h"
   9 #else
  10   #include "gdcmReader.h"
  11   #include "gdcmPrivateTag.h"
  12 #endif
  13
  14 #include <iostream>
  15 #include <fstream>
  16
  17
  18 bool wave2stream( std::ostream &text_file, const short *buffer, int length )
  19 {
  20   std::string stat="";
  21   text_file << "COMPLETE_WAVE" << '\t' << "MASK"       << '\t' << "AQUISITION_PROFIL" << '\t' << "END-INHALE" << '\t' << "END-EXHALE" << '\t' << "AQUISITION_WAVE" << '\t' << "WAVE_STATISTICS" << '\t' << "MASK"        << std::endl;
  22   for (int i=0;i<length-76;i+=2)
  23     {
  24     if ( i < 74 )
  25       {
  26       switch(i)
  27         {
  28         case 68 :
  29           stat="Total points";
  30           break;
  31         case 70 :
  32           stat="Sampling rate (Hz)";
  33           break;
  34         default :
  35           stat="";
  36           break;
  37         }
  38         if (buffer[i+75] == 0)
  39           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  40         if (buffer[i+75] == 16384)
  41           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  42         if (buffer[i+75] == 256)
  43           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "              << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  44         if (buffer[i+75] == -32768)
  45           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  46         if (buffer[i+75] == -16384)
  47           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  48         if (buffer[i+75] == -32512)
  49           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << buffer[i]         << '\t' << buffer[i+1] << '\t' << stat << std::endl;
  50       }
  51       else
  52       {
  53         if (buffer[i+75] == 0)
  54           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  55         if (buffer[i+75] == 16384)
  56           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << "  "              << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  57         if (buffer[i+75] == 256)
  58           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 0                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "              << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  59         if (buffer[i+75] == -32768)
  60           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  61         if (buffer[i+75] == -16384)
  62           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  63         if (buffer[i+75] == -32512)
  64           text_file << buffer[i+74]    << '\t' << buffer[i+75] << '\t' << 1                   << '\t' << "  "         << '\t' << buffer[i+74] << '\t' << buffer[i+74]      << '\t' << "  "              << '\t' << "  "        << std::endl;
  65       }
  66     }
  67   return true;
  68 }
  69
  70
  71 int main(int argc, char * argv[])
  72 {
  73   GGO(clitkDicomWave2Text, args_info);
  74
  75   std::ofstream os(args_info.OutputFile_arg, std::ios::out | std::ios::trunc);
  76
  77   #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
  78
  79     gdcm::File * mDCMFile = new gdcm::File();
  80     mDCMFile->SetFileName(args_info.InputFile_arg);
  81     mDCMFile->AddForceLoadElement(0x01e1,0x1018); //Load wave data no matter its size
  82     if ( !mDCMFile->OpenFile() )
  83       {
  84       std::cerr << "Failed to read: " << args_info.InputFile_arg << std::endl;
  85       return 1;
  86       }
  87     mDCMFile->Load();
  88     gdcm::DocEntrySet* item = mDCMFile;
  89     #define T short
  90     gdcm::BinEntry * entry = item->GetBinEntry(0x01e1,0x1018);
  91     T* buffer = reinterpret_cast<T*>(entry->GetBinArea());
  92     int length=item->GetEntryLength(0x01e1,0x1018)/sizeof(T);
  93
  94   #else
  95
  96     gdcm::Reader reader;
  97     reader.SetFileName(args_info.InputFile_arg);
  98     if( !reader.Read() )
  99       {
 100       std::cerr << "Failed to read: " << args_info.InputFile_arg << std::endl;
 101       return 1;
 102       }
 103     const gdcm::DataSet& ds = reader.GetFile().GetDataSet();
 104     const gdcm::PrivateTag twave(0x01e1,0x18,"ELSCINT1");
 105     if( !ds.FindDataElement( twave ) ) return 1;
 106     const gdcm::DataElement& wave = ds.GetDataElement( twave );
 107     if ( wave.IsEmpty() ) return 1;
 108     const gdcm::ByteValue * bv = wave.GetByteValue();
 109     short * buffer = (short*)bv->GetPointer();
 110     int length = bv->GetLength() / sizeof( short );
 111
 112   #endif
 113
 114   // Dump that to a CSV file:
 115   wave2stream( os, buffer, length );
 116   os.close();
 117   return 0;
 118 }