tools/clitkExtractSliceGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkExtractSliceGenericFilter_txx
  19 #define clitkExtractSliceGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkExtractSliceGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   ExtractSliceGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if(PixelType == "short"){
  44       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46     }
  47     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     //     }
  51
  52     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     }
  56
  57     //     else if (PixelType == "char"){
  58     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60     //     }
  61     else {
  62       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   ExtractSliceGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78     typedef itk::Image<PixelType, Dimension-1> OutputImageType;
  79
  80     // Read the input
  81     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  82     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  83     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  84     reader->Update();
  85     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  86
  87     // Filter
  88     typedef clitk::ExtractImageFilter<InputImageType, OutputImageType> ExtractImageFilterType;
  89     typename ExtractImageFilterType::Pointer extractFilter=ExtractImageFilterType::New();
  90     extractFilter->SetInput(input);
  91
  92     // Verify input
  93     if( (m_ArgsInfo.axe_arg<0) || (static_cast<unsigned int >(m_ArgsInfo.axe_arg) >= Dimension) )
  94       {
  95         std::cerr<<"The axe index does not name a dimension!!"<<std::endl;
  96         return;
  97       }
  98     typename InputImageType::RegionType region= input->GetLargestPossibleRegion();
  99     typename InputImageType::RegionType::SizeType size= region.GetSize();
 100
 101     if( (m_ArgsInfo.slice_arg<0) || (static_cast<unsigned int>(m_ArgsInfo.slice_arg) >= size[static_cast<unsigned int >(m_ArgsInfo.axe_arg)]) )
 102       {
 103         std::cerr<<"The slice index does not name a slice!!"<<std::endl;
 104         return;
 105       }
 106
 107     // Collapse dimension
 108     size[m_ArgsInfo.axe_arg]=0;
 109     typename InputImageType::IndexType start;
 110     start.Fill(0);
 111     start[m_ArgsInfo.axe_arg]=m_ArgsInfo.slice_arg;
 112     region.SetSize( size );
 113     region.SetIndex(start);
 114     extractFilter->SetExtractionRegion(region);
 115     extractFilter->Update();
 116     typename OutputImageType::Pointer output =extractFilter->GetOutput();
 117
 118     // Output
 119     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 120     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 121     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 122     writer->SetInput(output);
 123     writer->Update();
 124
 125   }
 126
 127
 128 }//end clitk
 129
 130 #endif //#define clitkExtractSliceGenericFilter_txx