tools/clitkFlipImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkFlipImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkFlipImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkFlipImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   FlipImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if(PixelType == "short"){
  44       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46     }
  47     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     //     }
  51
  52     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     }
  56
  57     //     else if (PixelType == "char"){
  58     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60     //     }
  61     else {
  62       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   FlipImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  79
  80     // Read the input
  81     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  82     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  83     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  84     reader->Update();
  85     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  86
  87     // Filter
  88     typedef itk::FlipImageFilter<InputImageType> FlipImageFilterType;
  89     typename FlipImageFilterType::Pointer flipFilter=FlipImageFilterType::New();
  90     flipFilter->SetInput(input);
  91     if ((unsigned int)m_ArgsInfo.axe_arg>= Dimension || (unsigned int)m_ArgsInfo.axe_arg<0)
  92       {
  93         std::cerr<<"Bad axe input!!"<<std::endl;
  94         return;
  95       }
  96     else
  97       {
  98         typename FlipImageFilterType::FlipAxesArrayType axes;
  99         axes.Fill(false);
 100         axes[m_ArgsInfo.axe_arg]=true;
 101         flipFilter->SetFlipAxes(axes);
 102         flipFilter->SetFlipAboutOrigin(m_ArgsInfo.origin_flag);
 103       }
 104
 105     flipFilter->Update();
 106     typename OutputImageType::Pointer output=flipFilter->GetOutput();
 107
 108     // Output
 109     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 110     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 111     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 112     writer->SetInput(output);
 113     writer->Update();
 114
 115   }
 116
 117
 118 }//end clitk
 119
 120 #endif //#define clitkFlipImageGenericFilter_txx