tools/clitkFooImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkFooImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkFooImageGenericFilter_txx
  20
  21 // itk include
  22 #include "itkBinaryThresholdImageFilter.h"
  23 #include "itkMaskImageFilter.h"
  24 #include "itkMaskNegatedImageFilter.h"
  25 #include <clitkCommon.h>
  26
  27 namespace clitk
  28 {
  29
  30 //--------------------------------------------------------------------
  31 template<class args_info_type>
  32 FooImageGenericFilter<args_info_type>::FooImageGenericFilter():
  33   ImageToImageGenericFilter<Self>("FooImage")
  34 {
  35   InitializeImageType<2>();
  36   InitializeImageType<3>();
  37   InitializeImageType<4>();
  38 }
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40
  41
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43 template<class args_info_type>
  44 template<unsigned int Dim>
  45 void FooImageGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  46 {
  47   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 template<class args_info_type>
  54 void FooImageGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  55 {
  56   mArgsInfo=a;
  57   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  58   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  59
  60   if (mArgsInfo.input_given) {
  61     this->SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  62   }
  63   if (mArgsInfo.output_given) {
  64     this->SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  65   }
  66 }
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  71 //--------------------------------------------------------------------
  72 template<class args_info_type>
  73 template<class InputImageType>
  74 void
  75 FooImageGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  76 {
  77
  78   // Reading input
  79   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  80
  81   // Main filter
  82   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  83   typedef itk::Image<char, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
  84
  85   // Filter
  86   typedef itk::BinaryThresholdImageFilter<InputImageType, OutputImageType> BinaryThresholdImageFilterType;
  87   typename BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter=BinaryThresholdImageFilterType::New();
  88   thresholdFilter->SetInput(input);
  89   // Set filter members
  90
  91   // Write/Save results
  92   typename OutputImageType::Pointer outputImage = thresholdFilter->GetOutput();
  93   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(outputImage);
  94 }
  95 //--------------------------------------------------------------------
  96
  97
  98 }//end clitk
  99
 100 #endif //#define clitkFooImageGenericFilter_txx