tools/clitkGateSimulation2DicomGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkGateSimulation2DicomGenericFilter_txx
  19 #define clitkGateSimulation2DicomGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkGateSimulation2DicomGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkResampleImageWithOptionsFilter.h"
  32 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
  33 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  34 #else
  35 #include "gdcmFile.h"
  36 #include "gdcmUtil.h"
  37 #endif
  38
  39
  40 namespace clitk
  41 {
  42
  43
  44 //-----------------------------------------------------------
  45 // Constructor
  46 //-----------------------------------------------------------
  47 template<class args_info_type>
  48 GateSimulation2DicomGenericFilter<args_info_type>::GateSimulation2DicomGenericFilter()
  49 {
  50   m_Verbose=false;
  51   m_InputFileName="";
  52 }
  53
  54
  55 //-----------------------------------------------------------
  56 // Update
  57 //-----------------------------------------------------------
  58 template<class args_info_type>
  59 void GateSimulation2DicomGenericFilter<args_info_type>::Update()
  60 {
  61   // Read the Dimension and PixelType
  62   int Dimension;
  63   std::string PixelType;
  64   ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType);
  65
  66
  67   // Call UpdateWithDim
  68   if(Dimension==2) UpdateWithDim<2>(PixelType);
  69   else if(Dimension==3) UpdateWithDim<3>(PixelType);
  70   // else if (Dimension==4)UpdateWithDim<4>(PixelType);
  71   else {
  72     std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  73     return;
  74   }
  75 }
  76
  77 //-------------------------------------------------------------------
  78 // Update with the number of dimensions
  79 //-------------------------------------------------------------------
  80 template<class args_info_type>
  81 template<unsigned int Dimension>
  82 void
  83 GateSimulation2DicomGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  84 {
  85   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  86
  87   if(PixelType == "short") {
  88     if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  89     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  90   }
  91   else if(PixelType == "unsigned_short"){
  92     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  93     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  94   }
  95
  96   else if (PixelType == "unsigned_char") {
  97     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  98     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  99   }
 100
 101   //     else if (PixelType == "char"){
 102   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
 103   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
 104   //     }
 105   else if (PixelType == "double") {
 106     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and double..." << std::endl;
 107     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, double>();
 108   }
 109   else {
 110     if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
 111     UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
 112   }
 113 }
 114
 115 //-------------------------------------------------------------------
 116 // Update with the number of dimensions and the pixeltype read from
 117 // the dicom files. The MHD files may be resampled to match the
 118 // dicom spacing (and number of slices). Rounding errors in resampling
 119 // are handled by removing files when generating the output dicom
 120 // series.
 121 //-------------------------------------------------------------------
 122 template<class args_info_type>
 123 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 124 void
 125 GateSimulation2DicomGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 126 {
 127
 128   // ImageTypes
 129   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 130   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
 131
 132   // Read the dicom directory
 133   typedef itk::ImageFileReader< InputImageType >     ReaderType;
 134   typedef itk::GDCMImageIO ImageIOType;
 135   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 136
 137   ImageIOType::Pointer gdcmIO = ImageIOType::New();
 138   std::string filename_out = m_ArgsInfo.outputFilename_arg;
 139
 140   // Output the dicom files
 141   unsigned int numberOfFilenames =  1;
 142   if (m_Verbose) {
 143     std::cout << numberOfFilenames <<" were read in the directory "<<m_ArgsInfo.inputModelFilename_arg<<"..."<<std::endl<<std::endl;
 144   }
 145
 146   // Read the series
 147   typename ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
 148 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 149   gdcmIO->LoadPrivateTagsOn();
 150   gdcmIO->KeepOriginalUIDOn();
 151 #endif
 152   reader->SetImageIO( gdcmIO );
 153   reader->SetFileName( m_ArgsInfo.inputModelFilename_arg );
 154   try {
 155     reader->Update();
 156   } catch (itk::ExceptionObject &excp) {
 157     std::cerr << "Error: Exception thrown while reading the DICOM series!!" << std::endl;
 158     std::cerr << excp << std::endl;
 159   }
 160
 161   // Read the input (MHD file)
 162   typedef typename InputImageType::RegionType RegionType;
 163   typedef typename RegionType::SizeType SizeType;
 164   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 165   typename InputReaderType::Pointer volumeReader = InputReaderType::New();
 166   volumeReader->SetFileName( m_InputFileName);
 167   volumeReader->Update();
 168
 169   typename InputImageType::Pointer input = volumeReader->GetOutput();
 170   if (input->GetLargestPossibleRegion().GetSize() != reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize()) {
 171
 172     // resampling is carried out on the fly if resolution or size between
 173     // the input mhd and input dicom series is different
 174
 175     // Filter
 176     typedef clitk::ResampleImageWithOptionsFilter<InputImageType, InputImageType> ResampleImageFilterType;
 177     typename ResampleImageFilterType::Pointer filter = ResampleImageFilterType::New();
 178     filter->SetInput(input);
 179     filter->SetVerboseOptions(m_Verbose);
 180     filter->SetGaussianFilteringEnabled(false);
 181     filter->SetDefaultPixelValue(0);
 182
 183     const SizeType& input_size = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 184     SizeType output_size;
 185     for (unsigned int i = 0; i < Dimension; i++)
 186       output_size[i] = input_size[i];
 187     filter->SetOutputSize(output_size);
 188     if (m_Verbose) {
 189         std::cout << "Warning: The image size differs between the MHD file and the input dicom series. Performing resampling with default options using mhd size as reference (for advanced options, use clitkResampleImage)." << std::endl;
 190         std::cout << "MHD -> " << input->GetLargestPossibleRegion().GetSize() << std::endl;
 191         std::cout << "dicom -> " << reader->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize() << std::endl;
 192     }
 193
 194     try {
 195       filter->Update();
 196       input = filter->GetOutput();
 197     } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 198     std::cerr << "Error: Exception thrown while resampling!!" << std::endl;
 199     std::cerr << excp << std::endl;
 200     }
 201   }
 202
 203 #if GDCM_MAJOR_VERSION < 2
 204   gdcmIO->SetKeepOriginalUID(true);
 205 #endif
 206
 207
 208   //Read the dicom file to find the energy, the head & the steps (TODO: do it on the mhd filetext)
 209
 210
 211
 212 /*
 213   // update output dicom keys/tags
 214   //std::string seriesUIDkey = "0020|000e";
 215   for (unsigned int i = 0; i < numberOfKeysGiven; i++) {
 216     std::string entryId(m_ArgsInfo.key_arg[i]  );
 217     std::string value( m_ArgsInfo.tag_arg[i] );
 218
 219     itk::EncapsulateMetaData<std::string>(reader->GetMetaDataDictionary(), entryId, value );
 220   }
 221 */
 222   // Output directory and filenames
 223   //itksys::SystemTools::MakeDirectory( m_ArgsInfo.outputFilename_arg ); // create if it doesn't exist
 224   typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType>  SeriesWriterType;
 225   typename SeriesWriterType::Pointer seriesWriter = SeriesWriterType::New();
 226
 227   seriesWriter->SetInput( input );
 228   seriesWriter->SetImageIO( gdcmIO );
 229
 230   seriesWriter->SetFileName( filename_out );
 231   seriesWriter->SetMetaDataDictionary(reader->GetMetaDataDictionary());
 232
 233   // Write
 234   try {
 235     if (m_ArgsInfo.verbose_flag)
 236       std::cout << seriesWriter << std::endl;
 237     seriesWriter->Update();
 238   } catch( itk::ExceptionObject & excp ) {
 239     std::cerr << "Error: Exception thrown while writing the series!!" << std::endl;
 240     std::cerr << excp << std::endl;
 241   }
 242
 243 }
 244
 245 }//end clitk
 246
 247 #endif //#define clitkGateSimulation2DicomGenericFilter_txx