tools/clitkImageConvertGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  20 #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  21
  22 #include "clitkImageConvertGenericFilter.h"
  23 #include "vvImageReader.h"
  24 #include "vvImageWriter.h"
  25 #include "itkFlipImageFilter.h"
  26 #include "itkGDCMImageIO.h"
  27 #include <itkChangeInformationImageFilter.h>
  28
  29 #include "gdcmReader.h"
  30 #include "gdcmAttribute.h"
  31 #include "gdcmPrinter.h"
  32 #include "gdcmDict.h"
  33 #include "gdcmStringFilter.h"
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 clitk::ImageConvertGenericFilter::ImageConvertGenericFilter():
  37   clitk::ImageToImageGenericFilter<Self>("ImageConvert")
  38 {
  39   mOutputPixelTypeName = "NotSpecified";
  40   mDisplayWarning = true;
  41   mWarning = "";
  42   mWarningOccur = false;
  43   SetCorrectNegativeSpacingFlag(false);
  44
  45   InitializeImageType<2>();
  46   InitializeImageType<3>();
  47   InitializeImageType<4>();
  48 }
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50
  51
  52 //--------------------------------------------------------------------
  53 template<unsigned int Dim>
  54 void clitk::ImageConvertGenericFilter::InitializeImageType()
  55 {
  56   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  57   ADD_VEC_IMAGE_TYPE(Dim, 2, float);
  58   ADD_VEC_IMAGE_TYPE(Dim, 3, float);
  59   ADD_VEC_IMAGE_TYPE(Dim, 2, double);
  60   ADD_VEC_IMAGE_TYPE(Dim, 3, double);
  61 }
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 template<class InputImageType>
  67 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  68 {
  69   // Verbose stuff
  70   if (m_IOVerbose) {
  71     if (m_InputFilenames.size() == 1) {
  72       std::cout << "Input image <" << m_InputFilenames[0] << "> is ";
  73       itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(m_InputFilenames[0]);
  74       printImageHeader(header, std::cout);
  75       std::cout << std::endl;
  76     } else {
  77       for(unsigned int i=0; i<m_InputFilenames.size(); i++) {
  78         std::cout << "Input image " << i << " <" << m_InputFilenames[i] << "> is ";
  79         itk::ImageIOBase::Pointer h = clitk::readImageHeader(m_InputFilenames[i]);
  80         printImageHeader(h, std::cout);
  81         std::cout << std::endl;
  82       }
  83     }
  84   }
  85
  86   if(mVV) {
  87     if (mOutputPixelTypeName != "NotSpecified" || m_WriteCompression) {
  88       std::cerr << "--vv is not compatible with --compression and --type options." << std::endl;
  89       exit(-1);
  90     }
  91
  92     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
  93     reader->SetInputFilenames(m_InputFilenames);
  94     reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
  95
  96     vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
  97     writer->SetOutputFileName(m_OutputFilenames.front());
  98     writer->SetSaveTransform(true);
  99     writer->SetInput(reader->GetOutput());
 100     writer->Update();
 101     return;
 102   }
 103   else if ((m_PixelTypeName == mOutputPixelTypeName) || (mOutputPixelTypeName == "NotSpecified")) {
 104
 105     // Get input image
 106     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
 107
 108     if (mCorrectNegativeSpacingFlag) {
 109       // Read dicom
 110       gdcm::Reader reader;
 111       reader.SetFileName(m_InputFilenames[0].c_str());
 112       // if (!reader.CanReadFile(m_InputFilenames[0])) {
 113       //   std::cout << "Error: " << m_InputFilenames[0] << " is not a dicom file. Abort." << std::endl;
 114       //   exit(0);
 115       // }
 116       reader.Read();
 117
 118       // the dataset is the the set of element we are interested in:
 119       gdcm::DataSet & ds = reader.GetFile().GetDataSet();
 120
 121       // Read the attribute SpacingBetweenSlices, check if negative and replace
 122       gdcm::Attribute<0x0018,0x0088> SpacingBetweenSlices;
 123       SpacingBetweenSlices.SetFromDataSet(ds);
 124       double s = SpacingBetweenSlices.GetValue();
 125       if (s >=0) {
 126         std::cout << "Error: no negative spacing found SpacingBetweenSlices = " << s << " Abort. " << std::endl;
 127         exit(0);
 128       }
 129       s = -s;
 130
 131       // Set spacing
 132       typename InputImageType::SpacingType spacing = input->GetSpacing();
 133       spacing[2] = s;
 134       input->SetSpacing(spacing);
 135
 136       // Flip
 137       typedef itk::FlipImageFilter< InputImageType >  FilterType;
 138       typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 139       typedef typename FilterType::FlipAxesArrayType     FlipAxesArrayType;
 140       FlipAxesArrayType flipArray;
 141       flipArray[0] = false;
 142       flipArray[1] = false;
 143       flipArray[2] = true;
 144       filter->SetFlipAxes(flipArray);
 145       filter->SetInput(input);
 146       filter->Update();
 147
 148       // Read the attribute  Image Position (Patient)
 149       gdcm::Tag  DetectorInformationSequenceTag(0x0054,0x0022);
 150       const gdcm::DataElement & DIS = ds.GetDataElement(DetectorInformationSequenceTag);
 151       gdcm::SmartPointer<gdcm::SequenceOfItems> sqf = DIS.GetValueAsSQ();
 152       gdcm::Item & item = sqf->GetItem(1);
 153       gdcm::DataSet & ds_position = item.GetNestedDataSet();
 154       gdcm::Attribute<0x0020,0x0032> ImagePositionPatient;
 155       ImagePositionPatient.SetFromDataSet(ds_position);
 156       double x = ImagePositionPatient.GetValue(0);
 157       double y = ImagePositionPatient.GetValue(1);
 158       double z = ImagePositionPatient.GetValue(2);
 159
 160       // Set offset
 161       typename InputImageType::PointType origin = input->GetOrigin();
 162       origin[0] = x;
 163       origin[1] = y;
 164       origin[2] = z;
 165       input->SetOrigin(origin);
 166
 167       // Orientation
 168       typename InputImageType::DirectionType direction = input->GetDirection();
 169       direction[2][2] = -1;
 170       input->SetDirection(direction);
 171
 172       // Empty meta info
 173       itk::MetaDataDictionary dict;// = new itk::MetaDataDictionary;
 174       input->SetMetaDataDictionary(dict);
 175     }
 176
 177     typedef itk::ChangeInformationImageFilter<InputImageType> CIType;
 178     typename CIType::Pointer changeInfo = CIType::New();
 179     if(mNoNiiMeta) {
 180       changeInfo->SetInput(input);
 181       typename CIType::PointType o = input->GetOrigin();
 182       o[0] *= -1.;
 183       o[1] *= -1.;
 184       typename CIType::DirectionType d = input->GetDirection();
 185       d[0][0] *= -1.;
 186       d[1][1] *= -1.;
 187       changeInfo->ChangeDirectionOn();
 188       changeInfo->ChangeOriginOn();
 189       changeInfo->SetOutputOrigin(o);
 190       changeInfo->SetOutputDirection(d);
 191       changeInfo->Update();
 192       input = changeInfo->GetOutput();
 193     }
 194
 195     this->SetNextOutput<InputImageType>(input);
 196
 197   } else {
 198     // "trick" to call independent versions of update according to the
 199     // pixel type (vector or scalar), using partial specializations
 200     if (!UpdateWithSelectiveOutputType<InputImageType, ImageConvertTraits<typename InputImageType::PixelType>::IS_VECTOR>::Run(*this, mOutputPixelTypeName))
 201       exit(-1);
 202   }
 203 }
 204 //====================================================================
 205
 206 //====================================================================
 207
 208 template<class PixelType, class OutputPixelType>
 209 void clitk::ImageConvertGenericFilter::CheckTypes(
 210   std::string inType, std::string outType
 211 )
 212 {
 213   std::ostringstream osstream;
 214   if (std::numeric_limits<PixelType>::is_signed) {
 215     if (!std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_signed) {
 216       osstream << "Warning, input type is signed (";
 217     }
 218   }
 219   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 220     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 221       osstream << "Warning, input type is not integer (";
 222     }
 223   }
 224   //  DD(std::numeric_limits<PixelType>::digits10);
 225   // DD(std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10);
 226   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 227     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 228       osstream << "Warning, input type is not integer (";
 229     }
 230   }
 231   if (std::numeric_limits<PixelType>::digits10 > std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10) {
 232     osstream << "Warning, possible loss of precision : input type is (" ;
 233   }
 234
 235   if (!osstream.str().empty())
 236   {
 237     mWarningOccur = true;
 238     osstream << inType << ") while output type is (" << outType << "), use at your own responsability." << std::endl;
 239     mWarning = osstream.str();
 240     if (mDisplayWarning) {
 241       std::cerr << mWarning;
 242     }
 243   }
 244 }
 245
 246
 247 #endif /* end #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX */