tools/clitkImageConvertGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  19 #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX
  20
  21 #include "clitkImageConvertGenericFilter.h"
  22 #include "vvImageReader.h"
  23 #include "vvImageWriter.h"
  24
  25 //--------------------------------------------------------------------
  26 clitk::ImageConvertGenericFilter::ImageConvertGenericFilter():
  27   clitk::ImageToImageGenericFilter<Self>("ImageConvert")
  28 {
  29   mOutputPixelTypeName = "NotSpecified";
  30   mDisplayWarning = true;
  31   mWarning = "";
  32   mWarningOccur = false;
  33
  34   InitializeImageType<2>();
  35   InitializeImageType<3>();
  36   InitializeImageType<4>();
  37 }
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39
  40
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42 template<unsigned int Dim>
  43 void clitk::ImageConvertGenericFilter::InitializeImageType()
  44 {
  45   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  46   ADD_VEC_IMAGE_TYPE(Dim, 2, float);
  47   ADD_VEC_IMAGE_TYPE(Dim, 3, float);
  48   ADD_VEC_IMAGE_TYPE(Dim, 2, double);
  49   ADD_VEC_IMAGE_TYPE(Dim, 3, double);
  50 }
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52
  53
  54 //--------------------------------------------------------------------
  55 template<class InputImageType>
  56 void clitk::ImageConvertGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  57 {
  58   // Verbose stuff
  59   if (m_IOVerbose) {
  60     if (m_InputFilenames.size() == 1) {
  61       std::cout << "Input image <" << m_InputFilenames[0] << "> is ";
  62       itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(m_InputFilenames[0]);
  63       printImageHeader(header, std::cout);
  64       std::cout << std::endl;
  65     } else {
  66       for(unsigned int i=0; i<m_InputFilenames.size(); i++) {
  67         std::cout << "Input image " << i << " <" << m_InputFilenames[i] << "> is ";
  68         itk::ImageIOBase::Pointer h = clitk::readImageHeader(m_InputFilenames[i]);
  69         printImageHeader(h, std::cout);
  70         std::cout << std::endl;
  71       }
  72     }
  73   }
  74
  75   if(mVV) {
  76     if (mOutputPixelTypeName != "NotSpecified" || m_WriteCompression) {
  77       std::cerr << "--vv is not compatible with --compression and --type options." << std::endl;
  78       exit(-1);
  79     }
  80
  81     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
  82     reader->SetInputFilenames(m_InputFilenames);
  83     reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
  84
  85     vvImageWriter::Pointer writer = vvImageWriter::New();
  86     writer->SetOutputFileName(m_OutputFilenames.front());
  87     writer->SetSaveTransform(true);
  88     writer->SetInput(reader->GetOutput());
  89     writer->Update();
  90     return;
  91   }
  92   else if ((m_PixelTypeName == mOutputPixelTypeName) || (mOutputPixelTypeName == "NotSpecified")) {
  93     typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  94     this->SetNextOutput<InputImageType>(input);
  95   } else {
  96     // "trick" to call independent versions of update according to the
  97     // pixel type (vector or scalar), using partial specializations
  98     if (!UpdateWithSelectiveOutputType<InputImageType, ImageConvertTraits<typename InputImageType::PixelType>::IS_VECTOR>::Run(*this, mOutputPixelTypeName))
  99       exit(-1);
 100   }
 101 }
 102 //====================================================================
 103
 104 //====================================================================
 105
 106 template<class PixelType, class OutputPixelType>
 107 void clitk::ImageConvertGenericFilter::CheckTypes(
 108   std::string inType, std::string outType
 109 )
 110 {
 111   std::ostringstream osstream;
 112   if (std::numeric_limits<PixelType>::is_signed) {
 113     if (!std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_signed) {
 114       osstream << "Warning, input type is signed (";
 115     }
 116   }
 117   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 118     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 119       osstream << "Warning, input type is not integer (";
 120     }
 121   }
 122   //  DD(std::numeric_limits<PixelType>::digits10);
 123   // DD(std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10);
 124   if (!std::numeric_limits<PixelType>::is_integer) {
 125     if (std::numeric_limits<OutputPixelType>::is_integer) {
 126       osstream << "Warning, input type is not integer (";
 127     }
 128   }
 129   if (std::numeric_limits<PixelType>::digits10 > std::numeric_limits<OutputPixelType>::digits10) {
 130     osstream << "Warning, possible loss of precision : input type is (" ;
 131   }
 132
 133   if (!osstream.str().empty())
 134   {
 135     mWarningOccur = true;
 136     osstream << inType << ") while output type is (" << outType << "), use at your own responsability." << std::endl;
 137     mWarning = osstream.str();
 138     if (mDisplayWarning) {
 139       std::cerr << mWarning;
 140     }
 141   }
 142 }
 143
 144
 145 #endif /* end #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_CXX */
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