tools/clitkImageCreate.cxx

   1 #ifndef CLITKIMAGECREATE_CXX
   2 #define CLITKIMAGECREATE_CXX
   3 /**
   4    ------------------------------------------------=
   5    * @file   clitkImageCreate.cxx
   6    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7    * @date   14 Oct 2008 08:37:53
   8    ------------------------------------------------=*/
   9
  10 // clitk include
  11 #include "clitkImageCreate_ggo.h"
  12 #include "clitkCommon.h"
  13 #include "clitkImageCommon.h"
  14 #include "clitkIO.h"
  15
  16 template<class ImageType>
  17 void NewFilledImage(int * size, float * spacing, double * origin,
  18                     double value,typename ImageType::Pointer output)
  19 {
  20   static const unsigned int Dim = ImageType::GetImageDimension();
  21   typename ImageType::SizeType mSize;
  22   mSize.Fill (0);
  23   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSize[i] = size[i];
  24   typename ImageType::RegionType mRegion;
  25   mRegion.SetSize(mSize);
  26   typename ImageType::SpacingType mSpacing;
  27   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSpacing[i] = spacing[i];
  28   output->SetRegions(mRegion);
  29   output->SetSpacing(mSpacing);
  30   output->Allocate();
  31   typename ImageType::PointType mOrigin;
  32   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mOrigin[i] = origin[i];
  33   output->SetOrigin(mOrigin);
  34   typedef typename ImageType::PixelType PixelType;
  35   PixelType p = clitk::PixelTypeDownCast<double, PixelType>(value);
  36   output->FillBuffer(p);
  37 }
  38
  39
  40 //--------------------------------------------------------------------
  41 int main(int argc, char * argv[]) {
  42
  43   // Init command line
  44   GGO(clitkImageCreate, args_info);
  45   CLITK_INIT;
  46
  47   // Check --like option
  48   int dim;
  49   if (args_info.like_given) {
  50     itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.like_arg);
  51      dim = header->GetNumberOfDimensions();
  52      //mPixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  53      //mNbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
  54      args_info.size_given = dim;
  55      args_info.size_arg = new int[dim];
  56      args_info.spacing_given = dim;
  57      args_info.spacing_arg = new float[dim];
  58      args_info.origin_given = dim;
  59      args_info.origin_arg = new double[dim];
  60
  61      for(int i=0; i<dim; i++) {
  62        args_info.size_arg[i] = header->GetDimensions(i);
  63        args_info.spacing_arg[i] = header->GetSpacing(i);
  64        args_info.origin_arg[i]=   header->GetOrigin(i);
  65      }
  66   }
  67
  68   // Check dimension
  69   if ((args_info.size_given > 4) || (args_info.size_given <2)) {
  70     std::cerr << "ERROR : only 2D/3D/4D image ! Please give 2 or 3 or 4 number to the --size option." << std::endl;
  71     exit(-1);
  72   }
  73   dim = args_info.size_given;
  74
  75   // origin
  76   std::vector<double> origin;
  77   origin.resize(dim);
  78   for(int i=0; i<dim; i++) origin[i]=0.;
  79   if (args_info.origin_given)
  80     {
  81       if (args_info.origin_given==1)
  82         for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[0];
  83       else
  84         {
  85           if (args_info.origin_given != args_info.size_given) {
  86             std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --origin and --size." << std::endl;
  87             exit(-1);
  88           }
  89           for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[i];
  90         }
  91     }
  92
  93   // spacing
  94   std::vector<float> spacing;
  95   spacing.resize(dim);
  96   if (args_info.spacing_given == 1) {
  97     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
  98   }
  99   else {
 100     if (args_info.spacing_given != args_info.size_given) {
 101       std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --size and --spacing." << std::endl;
 102       exit(-1);
 103     }
 104     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 105   }
 106
 107   // Create new image
 108   typedef float PixelType;
 109   if (dim == 2) {
 110     const int Dim=2;
 111     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 112     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 113     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 114     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 115   }
 116   if (dim == 3) {
 117     const int Dim=3;
 118     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 119     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 120     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 121     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 122   }
 123   if (dim == 4) {
 124     const int Dim=4;
 125     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 126     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 127     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 128     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 129   }
 130
 131   // this is the end my friend
 132   return 0;
 133 } // end main
 134
 135 #endif //define CLITKIMAGEARITHM_CXX