tools/clitkImageCreate.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGECREATE_CXX
  19 #define CLITKIMAGECREATE_CXX
  20 /**
  21    ------------------------------------------------=
  22    * @file   clitkImageCreate.cxx
  23    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   14 Oct 2008 08:37:53
  25    ------------------------------------------------=*/
  26
  27 // clitk include
  28 #include "clitkImageCreate_ggo.h"
  29 #include "clitkCommon.h"
  30 #include "clitkImageCommon.h"
  31 #include "clitkIO.h"
  32
  33 template<class ImageType>
  34 void NewFilledImage(int * size, float * spacing, double * origin,
  35                     double value,typename ImageType::Pointer output)
  36 {
  37   static const unsigned int Dim = ImageType::GetImageDimension();
  38   typename ImageType::SizeType mSize;
  39   mSize.Fill (0);
  40   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSize[i] = size[i];
  41   typename ImageType::RegionType mRegion;
  42   mRegion.SetSize(mSize);
  43   typename ImageType::SpacingType mSpacing;
  44   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSpacing[i] = spacing[i];
  45   output->SetRegions(mRegion);
  46   output->SetSpacing(mSpacing);
  47   output->Allocate();
  48   typename ImageType::PointType mOrigin;
  49   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mOrigin[i] = origin[i];
  50   output->SetOrigin(mOrigin);
  51   typedef typename ImageType::PixelType PixelType;
  52   PixelType p = clitk::PixelTypeDownCast<double, PixelType>(value);
  53   output->FillBuffer(p);
  54 }
  55
  56
  57 //--------------------------------------------------------------------
  58 int main(int argc, char * argv[])
  59 {
  60
  61   // Init command line
  62   GGO(clitkImageCreate, args_info);
  63   CLITK_INIT;
  64
  65   // Check --like option
  66   int dim;
  67   if (args_info.like_given) {
  68     itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.like_arg);
  69     dim = header->GetNumberOfDimensions();
  70     //mPixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  71     //mNbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
  72     args_info.size_given = dim;
  73     args_info.size_arg = new int[dim];
  74     args_info.spacing_given = dim;
  75     args_info.spacing_arg = new float[dim];
  76     args_info.origin_given = dim;
  77     args_info.origin_arg = new double[dim];
  78
  79     for(int i=0; i<dim; i++) {
  80       args_info.size_arg[i] = header->GetDimensions(i);
  81       args_info.spacing_arg[i] = header->GetSpacing(i);
  82       args_info.origin_arg[i]=   header->GetOrigin(i);
  83     }
  84   }
  85
  86   // Check dimension
  87   if ((args_info.size_given > 4) || (args_info.size_given <2)) {
  88     std::cerr << "ERROR : only 2D/3D/4D image ! Please give 2 or 3 or 4 number to the --size option." << std::endl;
  89     exit(-1);
  90   }
  91   dim = args_info.size_given;
  92
  93   // origin
  94   std::vector<double> origin;
  95   origin.resize(dim);
  96   for(int i=0; i<dim; i++) origin[i]=0.;
  97   if (args_info.origin_given) {
  98     if (args_info.origin_given==1)
  99       for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[0];
 100     else {
 101       if (args_info.origin_given != args_info.size_given) {
 102         std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --origin and --size." << std::endl;
 103         exit(-1);
 104       }
 105       for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[i];
 106     }
 107   }
 108
 109   // spacing
 110   std::vector<float> spacing;
 111   spacing.resize(dim);
 112   if (args_info.spacing_given == 1) {
 113     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
 114   } else {
 115     if (args_info.spacing_given != args_info.size_given) {
 116       std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --size and --spacing." << std::endl;
 117       exit(-1);
 118     }
 119     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 120   }
 121
 122   // Create new image
 123   typedef float PixelType;
 124   if (dim == 2) {
 125     const int Dim=2;
 126     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 127     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 128     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 129     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 130   }
 131   if (dim == 3) {
 132     const int Dim=3;
 133     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 134     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 135     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 136     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 137   }
 138   if (dim == 4) {
 139     const int Dim=4;
 140     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 141     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 142     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], args_info.value_arg, output);
 143     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 144   }
 145
 146   // this is the end my friend
 147   return 0;
 148 } // end main
 149
 150 #endif //define CLITKIMAGEARITHM_CXX