tools/clitkImageCreate.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKIMAGECREATE_CXX
  19 #define CLITKIMAGECREATE_CXX
  20 /**
  21    ------------------------------------------------=
  22    * @file   clitkImageCreate.cxx
  23    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   14 Oct 2008 08:37:53
  25    ------------------------------------------------=*/
  26
  27 // clitk include
  28 #include "clitkImageCreate_ggo.h"
  29 #include "clitkCommon.h"
  30 #include "clitkImageCommon.h"
  31 #include "clitkIO.h"
  32
  33 template<class ImageType>
  34 void NewFilledImage(int * size, float * spacing, double * origin, double * direction,
  35                     double value,typename ImageType::Pointer output)
  36 {
  37   static const unsigned int Dim = ImageType::GetImageDimension();
  38
  39   typename ImageType::SizeType mSize;
  40   mSize.Fill (0);
  41   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSize[i] = size[i];
  42
  43   typename ImageType::RegionType mRegion;
  44   mRegion.SetSize(mSize);
  45
  46   typename ImageType::SpacingType mSpacing;
  47   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mSpacing[i] = spacing[i];
  48
  49   typename ImageType::DirectionType directionImage;
  50   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++)
  51     for(unsigned int j=0; j<Dim; j++)
  52       directionImage[i][j] = direction[i*Dim+j];
  53
  54   output->SetRegions(mRegion);
  55   output->SetSpacing(mSpacing);
  56   output->SetDirection(directionImage);
  57   output->Allocate();
  58
  59   typename ImageType::PointType mOrigin;
  60   for(unsigned int i=0; i<Dim; i++) mOrigin[i] = origin[i];
  61   output->SetOrigin(mOrigin);
  62
  63   typedef typename ImageType::PixelType PixelType;
  64   PixelType p = clitk::PixelTypeDownCast<double, PixelType>(value);
  65   output->FillBuffer(p);
  66 }
  67
  68
  69 //--------------------------------------------------------------------
  70 int main(int argc, char * argv[])
  71 {
  72
  73   // Init command line
  74   GGO(clitkImageCreate, args_info);
  75   CLITK_INIT;
  76
  77   // Check --like option
  78   int dim;
  79   if (args_info.like_given) {
  80     itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.like_arg);
  81     dim = header->GetNumberOfDimensions();
  82     //mPixelTypeName = header->GetComponentTypeAsString(header->GetComponentType());
  83     //mNbOfComponents = header->GetNumberOfComponents();
  84     args_info.size_given = dim;
  85     args_info.size_arg = new int[dim];
  86     args_info.spacing_given = dim;
  87     args_info.spacing_arg = new float[dim];
  88     args_info.origin_given = dim;
  89     args_info.origin_arg = new double[dim];
  90     args_info.transformMatrix_given = dim*dim;
  91     args_info.transformMatrix_arg = new double[dim*dim];
  92
  93     for(int i=0; i<dim; i++) {
  94       args_info.size_arg[i] = header->GetDimensions(i);
  95       args_info.spacing_arg[i] = header->GetSpacing(i);
  96       args_info.origin_arg[i]=   header->GetOrigin(i);
  97       for (int j=0; j<dim; ++j)
  98         args_info.transformMatrix_arg[i*dim+j] = header->GetDirection(i)[j];
  99     }
 100   }
 101
 102   // Check dimension
 103   if ((args_info.size_given > 4) || (args_info.size_given <2)) {
 104     std::cerr << "ERROR : only 2D/3D/4D image ! Please give 2 or 3 or 4 number to the --size option." << std::endl;
 105     exit(-1);
 106   }
 107   dim = args_info.size_given;
 108
 109   // origin
 110   std::vector<double> origin;
 111   origin.resize(dim);
 112   for(int i=0; i<dim; i++) origin[i]=0.;
 113   if (args_info.origin_given) {
 114     if (args_info.origin_given==1)
 115       for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[0];
 116     else {
 117       if (args_info.origin_given != args_info.size_given) {
 118         std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --origin and --size." << std::endl;
 119         exit(-1);
 120       }
 121       for(int i=0; i<dim; i++) origin[i] = args_info.origin_arg[i];
 122     }
 123   }
 124
 125   // spacing
 126   std::vector<float> spacing;
 127   spacing.resize(dim);
 128   if (args_info.spacing_given == 1) {
 129     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[0];
 130   } else {
 131     if (args_info.spacing_given != args_info.size_given) {
 132       std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --size and --spacing." << std::endl;
 133       exit(-1);
 134     }
 135     for(int i=0; i<dim; i++) spacing[i] = args_info.spacing_arg[i];
 136   }
 137
 138   // direction
 139   std::vector<double> direction;
 140   direction.resize(dim*dim);
 141   for(int i=0; i<dim; i++)
 142   {
 143     for(int j=0; j<dim; j++)
 144     {
 145       if (i == j)
 146         direction[i*dim+j] = 1;
 147       else
 148         direction[i*dim+j] = 0;
 149     }
 150   }
 151   if (args_info.transformMatrix_given) {
 152     if (args_info.transformMatrix_given != dim*dim) {
 153       std::cerr << "ERROR : please give the same number of values for --transfomMatrix and --spacing." << std::endl;
 154       exit(-1);
 155     }
 156     for(int i=0; i<dim; i++)
 157       for(int j=0; j<dim; j++)
 158         direction[i*dim+j] = args_info.transformMatrix_arg[i*dim+j];
 159   }
 160
 161   // Create new image
 162   typedef float PixelType;
 163   if (dim == 2) {
 164     const int Dim=2;
 165     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 166     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 167     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], &direction[0], args_info.value_arg, output);
 168     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 169   }
 170   if (dim == 3) {
 171     const int Dim=3;
 172     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 173     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 174     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], &direction[0], args_info.value_arg, output);
 175     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 176   }
 177   if (dim == 4) {
 178     const int Dim=4;
 179     typedef itk::Image<PixelType, Dim> ImageType;
 180     ImageType::Pointer output = ImageType::New();
 181     NewFilledImage<ImageType>(args_info.size_arg, &spacing[0], &origin[0], &direction[0], args_info.value_arg, output);
 182     clitk::writeImage<ImageType>(output, args_info.output_arg);
 183   }
 184
 185   // this is the end my friend
 186   return 0;
 187 } // end main
 188
 189 #endif //define CLITKIMAGEARITHM_CXX