tools/clitkImageExtractLine.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
  19 #define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
  20 /**
  21    -------------------------------------------------
  22    * @file   clitkImageExtractLine.cxx
  23    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  25    -------------------------------------------------*/
  26
  27 // clitk include
  28 #include "clitkImageExtractLine_ggo.h"
  29 #include "clitkIO.h"
  30 #include "clitkImageCommon.h"
  31 #include "clitkCommon.h"
  32 #include <itkLineConstIterator.h>
  33
  34 //--------------------------------------------------------------------
  35 int main(int argc, char * argv[])
  36 {
  37
  38   // Init command line
  39   GGO(clitkImageExtractLine, args_info);
  40   CLITK_INIT;
  41
  42   // Declare main types
  43   typedef float PixelType;
  44   const unsigned int Dimension=3;
  45   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> ImageType;
  46
  47   // Check options
  48   if (args_info.firstIndex_given != Dimension) {
  49     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --firstIndex option" << std::endl;
  50     exit(0);
  51   }
  52   if (args_info.lastIndex_given != Dimension) {
  53     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --lastIndex option" << std::endl;
  54     exit(0);
  55   }
  56
  57   // Read image
  58   ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(args_info.input_arg, args_info.verbose_flag);
  59
  60   // Get first and last index
  61   typedef ImageType::IndexType IndexType;
  62   IndexType firstIndex;
  63   IndexType lastIndex;
  64   ImageType::SpacingType spacing = input->GetSpacing();
  65   double length = 0.0;
  66   for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  67     firstIndex[i] = args_info.firstIndex_arg[i];
  68     lastIndex[i] = args_info.lastIndex_arg[i];
  69     if (args_info.mm_flag) {
  70       firstIndex[i] /= spacing[i];
  71       lastIndex[i] /= spacing[i];
  72     }
  73     length += pow(lastIndex[i]*spacing[i]-firstIndex[i]*spacing[i],2);
  74   }
  75   length = sqrt(length);
  76
  77   // Loop
  78   std::vector<double> depth;
  79   std::vector<double> values;
  80   itk::LineConstIterator<ImageType> iter(input, firstIndex, lastIndex);
  81   iter.GoToBegin();
  82   while (!iter.IsAtEnd()) {
  83     values.push_back(iter.Get());
  84     ++iter;
  85   }
  86   double step = length/values.size();
  87
  88   // If isocenter is used
  89   double isoDistance = 0.0;
  90   if (args_info.isocenter_given) { // isoCenter is in mm
  91     IndexType isoCenter;
  92     for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  93       isoCenter[i] = args_info.isocenter_arg[i];
  94       isoDistance += pow(isoCenter[i] - firstIndex[i]*spacing[i],2);
  95     }
  96     DD(isoCenter);
  97     isoDistance = sqrt(isoDistance);
  98     DD(isoDistance);
  99   }
 100
 101   // Write result
 102   std::ofstream os(args_info.output_arg);
 103   os << "# clitkImageExtractLine from " << args_info.input_arg << std::endl
 104      << "# \t firstIndex = " << firstIndex << std::endl
 105      << "# \t lastIndex  = " << lastIndex << std::endl
 106      << "# \t nb values  = " << values.size() << std::endl
 107      << "# \t length   = " << length << std::endl
 108      << "# \t step       = " << step << std::endl;
 109   if (args_info.depth_flag) {
 110     double lg = -isoDistance;
 111     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
 112       os << lg << " " << values[i] << std::endl;
 113       lg += step;
 114     }
 115     os.close();
 116   } else {
 117     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
 118       os << values[i] << std::endl;
 119     }
 120     os.close();
 121   }
 122
 123   // this is the end my friend
 124   return 0;
 125 } // end main
 126
 127 #endif //define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX