tools/clitkImageExtractLine.cxx

   1 #ifndef CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
   2 #define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
   3 /**
   4    -------------------------------------------------
   5    * @file   clitkImageExtractLine.cxx
   6    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
   7    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
   8    -------------------------------------------------*/
   9
  10 // clitk include
  11 #include "clitkImageExtractLine_ggo.h"
  12 #include "clitkIO.h"
  13 #include "clitkImageCommon.h"
  14 #include <itkLineConstIterator.h>
  15
  16 //--------------------------------------------------------------------
  17 int main(int argc, char * argv[]) {
  18
  19   // Init command line
  20   GGO(clitkImageExtractLine, args_info);
  21   CLITK_INIT;
  22
  23   // Declare main types
  24   typedef float PixelType;
  25   const unsigned int Dimension=3;
  26   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> ImageType;
  27
  28   // Check options
  29   if (args_info.firstIndex_given != Dimension) {
  30     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --firstIndex option" << std::endl;
  31     exit(0);
  32   }
  33   if (args_info.lastIndex_given != Dimension) {
  34     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --lastIndex option" << std::endl;
  35     exit(0);
  36   }
  37
  38   // Read image
  39   ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(args_info.input_arg, args_info.verbose_flag);
  40
  41   // Get first and last index
  42   typedef ImageType::IndexType IndexType;
  43   IndexType firstIndex;
  44   IndexType lastIndex;
  45   ImageType::SpacingType spacing = input->GetSpacing();
  46   double length = 0.0;
  47   for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  48     firstIndex[i] = args_info.firstIndex_arg[i];
  49     lastIndex[i] = args_info.lastIndex_arg[i];
  50     if (args_info.mm_flag) {
  51       firstIndex[i] /= spacing[i];
  52       lastIndex[i] /= spacing[i];
  53     }
  54     length += pow(lastIndex[i]*spacing[i]-firstIndex[i]*spacing[i],2);
  55   }
  56   length = sqrt(length);
  57
  58   // Loop
  59   std::vector<double> depth;
  60   std::vector<double> values;
  61   itk::LineConstIterator<ImageType> iter(input, firstIndex, lastIndex);
  62   iter.GoToBegin();
  63   while (!iter.IsAtEnd()) {
  64     values.push_back(iter.Get());
  65     ++iter;
  66   }
  67   double step = length/values.size();
  68
  69   // If isocenter is used
  70   double isoDistance = 0.0;
  71   if (args_info.isocenter_given) { // isoCenter is in mm
  72     IndexType isoCenter;
  73     for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  74       isoCenter[i] = args_info.isocenter_arg[i];
  75       isoDistance += pow(isoCenter[i] - firstIndex[i]*spacing[i],2);
  76     }
  77     DD(isoCenter);
  78     isoDistance = sqrt(isoDistance);
  79     DD(isoDistance);
  80   }
  81
  82   // Write result
  83   std::ofstream os(args_info.output_arg);
  84   os << "# clitkImageExtractLine from " << args_info.input_arg << std::endl
  85      << "# \t firstIndex = " << firstIndex << std::endl
  86      << "# \t lastIndex  = " << lastIndex << std::endl
  87      << "# \t nb values  = " << values.size() << std::endl
  88      << "# \t length   = " << length << std::endl
  89      << "# \t step       = " << step << std::endl;
  90   if (args_info.depth_flag) {
  91     double lg = -isoDistance;
  92     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
  93       os << lg << " " << values[i] << std::endl;
  94       lg += step;
  95     }
  96     os.close();
  97   }
  98   else {
  99     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
 100       os << values[i] << std::endl;
 101     }
 102     os.close();
 103   }
 104
 105   // this is the end my friend
 106   return 0;
 107 } // end main
 108
 109 #endif //define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX