tools/clitkImageExtractLine.cxx

   1 /*-------------------------------------------------------------------------
   2
   3   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   4   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   5   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
   6
   7   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
   8   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   9   PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  10
  11   -------------------------------------------------------------------------*/
  12
  13 #ifndef CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
  14 #define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX
  15
  16 /**
  17    -------------------------------------------------
  18    * @file   clitkImageExtractLine.cxx
  19    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  20    * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  21    -------------------------------------------------*/
  22
  23 // clitk include
  24 #include "clitkImageExtractLine_ggo.h"
  25 #include "clitkIO.h"
  26 #include "clitkImageCommon.h"
  27 #include <itkLineConstIterator.h>
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 int main(int argc, char * argv[]) {
  31
  32   // Init command line
  33   GGO(clitkImageExtractLine, args_info);
  34   CLITK_INIT;
  35
  36   // Declare main types
  37   typedef float PixelType;
  38   const unsigned int Dimension=3;
  39   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> ImageType;
  40
  41   // Check options
  42   if (args_info.firstIndex_given != Dimension) {
  43     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --firstIndex option" << std::endl;
  44     exit(0);
  45   }
  46   if (args_info.lastIndex_given != Dimension) {
  47     std::cerr << "Please give " << Dimension << "values to --lastIndex option" << std::endl;
  48     exit(0);
  49   }
  50
  51   // Read image
  52   ImageType::Pointer input = clitk::readImage<ImageType>(args_info.input_arg, args_info.verbose_flag);
  53
  54   // Get first and last index
  55   typedef ImageType::IndexType IndexType;
  56   IndexType firstIndex;
  57   IndexType lastIndex;
  58   ImageType::SpacingType spacing = input->GetSpacing();
  59   double length = 0.0;
  60   for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  61     firstIndex[i] = args_info.firstIndex_arg[i];
  62     lastIndex[i] = args_info.lastIndex_arg[i];
  63     if (args_info.mm_flag) {
  64       firstIndex[i] /= spacing[i];
  65       lastIndex[i] /= spacing[i];
  66     }
  67     length += pow(lastIndex[i]*spacing[i]-firstIndex[i]*spacing[i],2);
  68   }
  69   length = sqrt(length);
  70
  71   // Loop
  72   std::vector<double> depth;
  73   std::vector<double> values;
  74   itk::LineConstIterator<ImageType> iter(input, firstIndex, lastIndex);
  75   iter.GoToBegin();
  76   while (!iter.IsAtEnd()) {
  77     values.push_back(iter.Get());
  78     ++iter;
  79   }
  80   double step = length/values.size();
  81
  82   // If isocenter is used
  83   double isoDistance = 0.0;
  84   if (args_info.isocenter_given) { // isoCenter is in mm
  85     IndexType isoCenter;
  86     for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++) {
  87       isoCenter[i] = args_info.isocenter_arg[i];
  88       isoDistance += pow(isoCenter[i] - firstIndex[i]*spacing[i],2);
  89     }
  90     DD(isoCenter);
  91     isoDistance = sqrt(isoDistance);
  92     DD(isoDistance);
  93   }
  94
  95   // Write result
  96   std::ofstream os(args_info.output_arg);
  97   os << "# clitkImageExtractLine from " << args_info.input_arg << std::endl
  98      << "# \t firstIndex = " << firstIndex << std::endl
  99      << "# \t lastIndex  = " << lastIndex << std::endl
 100      << "# \t nb values  = " << values.size() << std::endl
 101      << "# \t length   = " << length << std::endl
 102      << "# \t step       = " << step << std::endl;
 103   if (args_info.depth_flag) {
 104     double lg = -isoDistance;
 105     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
 106       os << lg << " " << values[i] << std::endl;
 107       lg += step;
 108     }
 109     os.close();
 110   }
 111   else {
 112     for(unsigned int i=0; i<values.size(); i++) {
 113       os << values[i] << std::endl;
 114     }
 115     os.close();
 116   }
 117
 118   // this is the end my friend
 119   return 0;
 120 } // end main
 121
 122 #endif //define CLITKIMAGEEXTRACTLINE_CXX