tools/clitkImageFillRegion.cxx

   1 /*------------------------------------------------------------------------=
   2
   3   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   4   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
   5   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
   6
   7   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
   8   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
   9   PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  10
  11   ------------------------------------------------------------------------=*/
  12
  13 #ifndef CLITKIMAGEREGIONFILL_CXX
  14 #define CLITKIMAGEREGIONFILL_CXX
  15
  16 /**
  17    ------------------------------------------------=
  18    * @file   clitkImageFillRegion.cxx
  19    * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  20    * @date   23 Feb 2008
  21    ------------------------------------------------=*/
  22
  23 // clitk include
  24 #include "clitkImageFillRegion_ggo.h"
  25 #include "clitkImageFillRegionGenericFilter.h"
  26 #include "clitkIO.h"
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 int main(int argc, char * argv[]) {
  30
  31   // Init command line
  32   GGO(clitkImageFillRegion, args_info);
  33   CLITK_INIT;
  34
  35   // Read image dimension
  36   itk::ImageIOBase::Pointer header = clitk::readImageHeader(args_info.input_arg);
  37   unsigned int dim = header->GetNumberOfDimensions();
  38
  39   // Main filter
  40   clitk::ImageFillRegionGenericFilter filter;
  41   filter.SetInputFilename(args_info.input_arg);
  42   filter.SetOutputFilename(args_info.output_arg);
  43   filter.SetFillPixelValue(args_info.value_arg);
  44
  45   if(!args_info.ellips_flag && !args_info.rect_flag)
  46     {
  47       std::cerr << "ERROR : No type of region specified!"<< std::endl;
  48       exit(-1);
  49     }
  50
  51   if(args_info.ellips_flag && args_info.rect_flag)
  52     {
  53       std::cerr << "ERROR : Multiple types of regions specified!"<< std::endl;
  54       exit(-1);
  55     }
  56
  57   if(args_info.rect_flag)
  58     {
  59       if (args_info.size_given && args_info.start_given) {
  60         // Check parameters
  61         if (args_info.size_given != dim) {
  62           std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --size should have the same number of values." << std::endl;
  63           exit(-1);
  64         }
  65         if (args_info.start_given != dim) {
  66           std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --size should have the same number of values." << std::endl;
  67           exit(-1);
  68         }
  69         filter.SetRegion(args_info.size_arg, args_info.start_arg);
  70       }
  71       else {
  72         std::cerr << "ERROR : both size and start should be given!"<< std::endl;
  73         exit(-1);
  74       }
  75     }
  76
  77   if(args_info.ellips_flag)
  78     {
  79
  80       std::vector<double> c, a;
  81       if (args_info.center_given)
  82         {
  83           if (args_info.center_given != dim)
  84             {
  85               std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --center should have the same number of values." << std::endl;
  86               exit(-1);
  87             }
  88           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
  89             c.push_back(args_info.center_arg[i]);
  90         }
  91
  92       if (args_info.axes_given)
  93         {
  94           if (args_info.axes_given != dim)
  95             {
  96               std::cerr << "ERROR : image has " << dim << "dimensions, --axes should have the same number of values." << std::endl;
  97               exit(-1);
  98             }
  99           for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 100             a.push_back(args_info.axes_arg[i]);
 101
 102         }
 103       else
 104         for(unsigned int i=0; i<dim; i++)
 105           a.push_back(10.0);
 106
 107       if ((args_info.center_given))
 108         filter.SetSphericRegion(a,c);
 109       else
 110         filter.SetSphericRegion(a);
 111     }
 112
 113   filter.Update();
 114
 115   // this is the end my friend
 116   return 0;
 117 } // end main
 118
 119 #endif //define CLITKIMAGEREGIONFILL