tools/clitkImageLog.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef CLITKIMAGELOG_CXX
  19 #define CLITKIMAGELOG_CXX
  20 /**
  21  =================================================
  22  * @file   clitkImageLog.cxx
  23  * @author Jef Vandemeulebroucke <Jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   04 April 2008 15:28:32
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  * Take an inverse normalized log of the image intensity
  29  =================================================*/
  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkImageLog_ggo.h"
  33 #include "clitkIO.h"
  34 #include "clitkCommon.h"
  35
  36 // itk include
  37 #include "itkImageFileReader.h"
  38 #include "itkImageFileWriter.h"
  39 #include "itkImageRegionIterator.h"
  40
  41 int main(int argc, char * argv[]) {
  42
  43   // init command line
  44   GGO(clitkImageLog, args_info);
  45   CLITK_INIT;
  46
  47   typedef float PixelType;
  48   const  unsigned int Dimension=3;
  49   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> ImageType;
  50   typedef itk::ImageFileReader<ImageType> ImageReaderType;
  51   typedef itk::ImageFileWriter<ImageType> ImageWriterType;
  52   typedef itk::ImageRegionIterator<ImageType> IteratorType;
  53
  54   //Read input
  55   ImageReaderType::Pointer reader= ImageReaderType::New();
  56   reader->SetFileName(args_info.input_arg);
  57   reader->Update();
  58   ImageType::Pointer input = reader->GetOutput();
  59
  60   //Create iterators
  61   IteratorType pi (input, input->GetLargestPossibleRegion());
  62   pi.GoToBegin();
  63
  64   PixelType max=std::numeric_limits<unsigned short>::max();
  65
  66   //Create output
  67   while(!pi.IsAtEnd())
  68     {
  69       if (pi.Get()< 0)
  70         {
  71           pi.Set(0.);
  72         }
  73       else
  74         {
  75           pi.Set(-log((PixelType)(max-pi.Get()+1)/(PixelType)max));
  76         }
  77       ++pi;
  78     }
  79
  80   ImageWriterType::Pointer writer= ImageWriterType::New();
  81   writer->SetFileName(args_info.output_arg);
  82   writer->SetInput(input);
  83   writer->Update();
  84   return 0;
  85 }
  86
  87
  88
  89 #endif /* end #define CLITKIMAGELOG_CXX */