tools/clitkImageMomentGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkImageMomentGenericFilter_txx
  19 #define clitkImageMomentGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkImageMomentGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   ImageMomentGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if(PixelType == "short"){
  44       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46     }
  47     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50     //     }
  51
  52     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     }
  56
  57     //     else if (PixelType == "char"){
  58     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60     //     }
  61     else {
  62       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64     }
  65   }
  66
  67
  68   //-------------------------------------------------------------------
  69   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70   //-------------------------------------------------------------------
  71   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72   void
  73   ImageMomentGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74   {
  75
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78
  79     // Read the input
  80     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  81     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  82     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  83     reader->Update();
  84     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  85
  86     // Filter
  87     typedef itk::ImageMomentsCalculator<InputImageType> MomentsCalculatorType;
  88     typename    MomentsCalculatorType::Pointer momentsCalculator=MomentsCalculatorType::New();
  89     momentsCalculator->SetImage(input);
  90     momentsCalculator->Compute();
  91     if (m_ArgsInfo.center_flag)
  92       {
  93         if (m_Verbose) std::cout<<"The center of gravity is located at (mm) "<<std::endl;
  94         typename itk::Vector<double,Dimension> center=momentsCalculator->GetCenterOfGravity();
  95           std::cout<<center[0];
  96         for (unsigned int i=1; i<Dimension;i++)
  97           std::cout<<" "<<center[i];
  98         std::cout<<std::endl;
  99       }
 100     if (m_ArgsInfo.second_flag)
 101       {
 102         if (m_Verbose) std::cout<<"The second order central moments are (mm) "<<std::endl;
 103         std::cout<<momentsCalculator->GetCentralMoments()<<std::endl;
 104       }
 105     if (m_ArgsInfo.axes_flag)
 106       {
 107         if (m_Verbose) std::cout<<"The principal axes are (mm) "<<std::endl;
 108         std::cout<<momentsCalculator->GetPrincipalAxes()<<std::endl;
 109       }
 110
 111   }
 112
 113
 114 }//end clitk
 115
 116 #endif //#define clitkImageMomentGenericFilter_txx