tools/clitkImageStatistics.ggo

   1 #File clitkImageStatistics.ggo
   2 package "clitkImageStatistics"
   3 version "2.0"
   4 #This tool supports multiple images on the input, or even 4D, but all images must be of the same type and dimensions.
   5 purpose "Compute statistics on an image, or on part of an image specified by a mask and label(s). The tool also supports multichannel images, which is useful, e.g., for vector fields. All channels are processed (separately) by default, but only one channel may be chosen."
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   7 option "config"       - "Config file"                                                         string  no
   8 option "verbose"      v "Verbose"                                                             flag    off
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  10 option "input"        i "Input image filename"                                                string  no  multiple
  11 option "channel"      c "Image channel to be used in statistics (-1 to process all channels)" int     no  default="-1"
  12 option "mask"         m "Mask image filename (uchar)"                                         string  no
  13 option "label"        l "Label(s) in the mask image to consider"                              int     no  multiple      default="1"
  14 option "localize"     - "With verbose, write the index coordinates of the max and min"        flag    off
  15 option "histogram"    - "Compute histogram, allows median calculation"                        string  no
  16 option "dvhistogram"  - "Compute dose volume histogram"                                       string  no
  17 option "bins"         - "Number of histogram bins"                                            int     no  default="100"
  18 option "lower"        - "Lower histogram bound"                                               double  no  default="-1000"
  19 option "upper"        - "Upper histogram bound"                                               double  no  default="1000"
  20
  21 option "allow_resize" r "Resize mask if different from input"                                 flag    off