tools/clitkImageStatisticsGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkImageStatisticsGenericFilter_cxx
  19 #define clitkImageStatisticsGenericFilter_cxx
  20
  21 #include "clitkImageStatisticsGenericFilter.h"
  22
  23 namespace clitk
  24 {
  25
  26
  27   //-----------------------------------------------------------
  28   // Constructor
  29   //-----------------------------------------------------------
  30   ImageStatisticsGenericFilter::ImageStatisticsGenericFilter()
  31   {
  32     m_Verbose=false;
  33     m_InputFileName="";
  34   }
  35   //-----------------------------------------------------------
  36
  37
  38   //-----------------------------------------------------------
  39   // Update
  40   //-----------------------------------------------------------
  41   void ImageStatisticsGenericFilter::Update()
  42   {
  43     // Read the Dimension and PixelType
  44     int Dimension, Components;
  45     std::string PixelType;
  46     ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType, Components);
  47
  48     if (m_ArgsInfo.channel_arg < -1 || m_ArgsInfo.channel_arg >= Components) {
  49       std::cout << "Invalid image channel" << std::endl;
  50       return;
  51     }
  52
  53     if (m_ArgsInfo.mask_given) {
  54       int maskDimension, maskComponents;
  55       std::string maskPixelType;
  56       ReadImageDimensionAndPixelType(m_ArgsInfo.mask_arg, maskDimension, maskPixelType, maskComponents);
  57       if (!(maskDimension == Dimension || maskDimension == (Dimension - 1))) {
  58         std::cout << "Dimension of label mask must be equal to the (d)imension of the input image or d-1." << std::endl;
  59         return;
  60       }
  61     }
  62
  63
  64     // Call UpdateWithDim
  65     if (Dimension==2) {
  66       switch (Components) {
  67         case 1:
  68           UpdateWithDim<2,1>(PixelType);
  69           break;
  70         case 2:
  71           UpdateWithDim<2,2>(PixelType);
  72           break;
  73         case 3:
  74           UpdateWithDim<2,3>(PixelType);
  75           break;
  76         default:
  77           std::cout << "Unsupported number of channels" << std::endl;
  78           break;
  79       }
  80     }
  81     else if (Dimension==3) {
  82       switch (Components) {
  83         case 1:
  84           UpdateWithDim<3,1>(PixelType);
  85           break;
  86         case 2:
  87           UpdateWithDim<3,2>(PixelType);
  88           break;
  89         case 3:
  90           UpdateWithDim<3,3>(PixelType);
  91           break;
  92         default:
  93           std::cout << "Unsupported number of channels" << std::endl;
  94           break;
  95       }
  96     }
  97     else if (Dimension==4) {
  98       switch (Components) {
  99         case 1:
 100           UpdateWithDim<4,1>(PixelType);
 101           break;
 102         case 2:
 103           UpdateWithDim<4,2>(PixelType);
 104           break;
 105         case 3:
 106           UpdateWithDim<4,3>(PixelType);
 107           break;
 108         default:
 109           std::cout << "Unsupported number of channels" << std::endl;
 110           break;
 111       }
 112     }
 113     else {
 114       std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
 115       return;
 116     }
 117   }
 118
 119
 120 } //end clitk
 121
 122 #endif  //#define clitkImageStatisticsGenericFilter_cxx