tools/clitkImageStatisticsGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkImageStatisticsGenericFilter_cxx
  19 #define clitkImageStatisticsGenericFilter_cxx
  20
  21 #include "clitkImageStatisticsGenericFilter.h"
  22
  23 namespace clitk
  24 {
  25
  26
  27   //-----------------------------------------------------------
  28   // Constructor
  29   //-----------------------------------------------------------
  30   ImageStatisticsGenericFilter::ImageStatisticsGenericFilter()
  31   {
  32     m_Verbose=false;
  33     m_InputFileName="";
  34   }
  35
  36
  37   //-----------------------------------------------------------
  38   // Update
  39   //-----------------------------------------------------------
  40   void ImageStatisticsGenericFilter::Update()
  41   {
  42     // Read the Dimension and PixelType
  43     int Dimension, Components;
  44     std::string PixelType;
  45     ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType, Components);
  46
  47     if (m_ArgsInfo.channel_arg < -1 || m_ArgsInfo.channel_arg >= Components) {
  48       std::cout << "Invalid image channel" << std::endl;
  49       return;
  50     }
  51
  52     if (m_ArgsInfo.mask_given) {
  53       int maskDimension, maskComponents;
  54       std::string maskPixelType;
  55       ReadImageDimensionAndPixelType(m_ArgsInfo.mask_arg, maskDimension, maskPixelType, maskComponents);
  56       if (!(maskDimension == Dimension || maskDimension == (Dimension - 1))) {
  57         std::cout << "Dimension of label mask must be equal to the (d)imension of the input image or d-1." << std::endl;
  58         return;
  59       }
  60     }
  61
  62
  63     // Call UpdateWithDim
  64     if (Dimension==2) {
  65       switch (Components) {
  66         case 1:
  67           UpdateWithDim<2,1>(PixelType);
  68           break;
  69         case 2:
  70           UpdateWithDim<2,2>(PixelType);
  71           break;
  72         case 3:
  73           UpdateWithDim<2,3>(PixelType);
  74           break;
  75         default:
  76           std::cout << "Unsupported number of channels" << std::endl;
  77           break;
  78       }
  79     }
  80     else if (Dimension==3) {
  81       switch (Components) {
  82         case 1:
  83           UpdateWithDim<3,1>(PixelType);
  84           break;
  85         case 2:
  86           UpdateWithDim<3,2>(PixelType);
  87           break;
  88         case 3:
  89           UpdateWithDim<3,3>(PixelType);
  90           break;
  91         default:
  92           std::cout << "Unsupported number of channels" << std::endl;
  93           break;
  94       }
  95     }
  96     else if (Dimension==4) {
  97       switch (Components) {
  98         case 1:
  99           UpdateWithDim<4,1>(PixelType);
 100           break;
 101         case 2:
 102           UpdateWithDim<4,2>(PixelType);
 103           break;
 104         case 3:
 105           UpdateWithDim<4,3>(PixelType);
 106           break;
 107         default:
 108           std::cout << "Unsupported number of channels" << std::endl;
 109           break;
 110       }
 111     }
 112     else {
 113       std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
 114       return;
 115     }
 116   }
 117
 118
 119 } //end clitk
 120
 121 #endif  //#define clitkImageStatisticsGenericFilter_cxx