tools/clitkImageToVectorImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkImageToVectorImageGenericFilter_txx
  19 #define clitkImageToVectorImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkImageToVectorImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29 #if ITK_VERSION_MAJOR < 4 || (ITK_VERSION_MAJOR == 4 && ITK_VERSION_MINOR <= 2)
  30 # include "itkCompose3DVectorImageFilter.h"
  31 #else
  32 # include "itkComposeImageFilter.h"
  33 #endif
  34
  35 namespace clitk
  36 {
  37
  38   //-------------------------------------------------------------------
  39   // Update with the number of dimensions
  40   //-------------------------------------------------------------------
  41   template<unsigned int Dimension>
  42   void
  43   ImageToVectorImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  44   {
  45     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  46
  47     if(PixelType == "short"){
  48       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  49       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  50     }
  51     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  52     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  53     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  54     //     }
  55
  56     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  57       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  58       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  59     }
  60
  61     //     else if (PixelType == "char"){
  62     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  63     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  64     //     }
  65     else {
  66       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  67       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  68     }
  69   }
  70
  71
  72   //-------------------------------------------------------------------
  73   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  74   //-------------------------------------------------------------------
  75   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  76   void
  77   ImageToVectorImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  78   {
  79
  80     // ImageTypes
  81     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  82     typedef itk::Image<itk::Vector<PixelType,3>, Dimension> OutputImageType;
  83
  84     // Filter
  85 #if ITK_VERSION_MAJOR < 4 || (ITK_VERSION_MAJOR == 4 && ITK_VERSION_MINOR <= 2)
  86     typedef itk::Compose3DVectorImageFilter<InputImageType,OutputImageType> ComposeFilterType;
  87 #else
  88     typedef itk::ComposeImageFilter<InputImageType,OutputImageType> ComposeFilterType;
  89 #endif
  90     typename ComposeFilterType::Pointer composeFilter=ComposeFilterType::New();
  91
  92     // Read the inputs
  93     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  94     for (unsigned int i=0; i<3;i++)
  95       {
  96         typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  97         reader->SetFileName( m_ArgsInfo.inputs[i]);
  98         reader->Update();
  99         composeFilter->SetInput(i, reader->GetOutput());
 100       }
 101     composeFilter->Update();
 102     typename OutputImageType::Pointer output = composeFilter->GetOutput();
 103
 104     // Output
 105     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 106     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 107     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 108     writer->SetInput(output);
 109     writer->Update();
 110
 111   }
 112
 113
 114 }//end clitk
 115
 116 #endif //#define clitkImageToVectorImageGenericFilter_txx