tools/clitkInvertVFGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkInvertVFGenericFilter_txx
  19 #define clitkInvertVFGenericFilter_txx
  20
  21 #include "itkVectorResampleImageFilter.h"
  22
  23 /* =================================================
  24  * @file   clitkInvertVFGenericFilter.txx
  25  * @author
  26  * @date
  27  *
  28  * @brief
  29  *
  30  ===================================================*/
  31
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36 //-----------------------------------------------------------
  37 // Constructor
  38 //-----------------------------------------------------------
  39 template<class args_info_type>
  40 InvertVFGenericFilter<args_info_type>::InvertVFGenericFilter()
  41 {
  42   m_Verbose=false;
  43   m_InputFileName="";
  44 }
  45
  46
  47 //-----------------------------------------------------------
  48 // Update
  49 //-----------------------------------------------------------
  50 template<class args_info_type>
  51 void InvertVFGenericFilter<args_info_type>::Update()
  52 {
  53   // Read the Dimension and PixelType
  54   int Dimension;
  55   std::string PixelType;
  56   ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType);
  57
  58
  59   // Call UpdateWithDim
  60   if(Dimension==2) UpdateWithDim<2>(PixelType);
  61   else if(Dimension==3) UpdateWithDim<3>(PixelType);
  62   // else if (Dimension==4)UpdateWithDim<4>(PixelType);
  63   else {
  64     std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  65     return;
  66   }
  67 }
  68
  69 //-------------------------------------------------------------------
  70 // Update with the number of dimensions
  71 //-------------------------------------------------------------------
  72 template<class args_info_type>
  73 template<unsigned int Dimension>
  74 void
  75 InvertVFGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  76 {
  77   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  78
  79   //    if(PixelType == "short"){
  80   //       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  81   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  82   //     }
  83   //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  84   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  85   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  86   //     }
  87
  88   //     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  89   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  90   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  91   //     }
  92
  93   //     else if (PixelType == "char"){
  94   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  95   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  96   //     }
  97   //  else {
  98   if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  99   UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, Dimension> >();
 100   // }
 101 }
 102
 103
 104 //-------------------------------------------------------------------
 105 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 106 //-------------------------------------------------------------------
 107 template<class args_info_type>
 108 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 109 void
 110 InvertVFGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 111 {
 112
 113   // ImageTypes
 114   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 115   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
 116
 117   // Read the input
 118   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 119   typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
 120   reader->SetFileName( m_InputFileName);
 121   reader->Update();
 122   typename InputImageType::Pointer input = reader->GetOutput();
 123
 124   // Filter
 125   typename OutputImageType::Pointer output;
 126   switch (m_ArgsInfo.type_arg) {
 127
 128     // clitk filter
 129   case 0: {
 130     // Create the InvertVFFilter
 131     typedef clitk::InvertVFFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 132     typename FilterType::Pointer filter =FilterType::New();
 133     if (m_ArgsInfo.like_given) {
 134       typename FilterType::SpacingType spacing;
 135       typename FilterType::SizeType size;
 136       itk::ImageIOBase::Pointer header = readImageHeader(m_ArgsInfo.like_arg);
 137       for(unsigned int i=0; i<InputImageType::ImageDimension; i++) {
 138         size[i] = header->GetDimensions(i);
 139         spacing[i] = header->GetSpacing(i);
 140       }
 141
 142       typedef itk::VectorResampleImageFilter<InputImageType, OutputImageType> ResampleFilterType;
 143       typename ResampleFilterType::Pointer resampler = ResampleFilterType::New();
 144       resampler->SetInput(input);
 145       resampler->SetOutputOrigin(input->GetOrigin());
 146       resampler->SetOutputDirection(input->GetDirection());
 147       resampler->SetOutputSpacing(spacing);
 148       resampler->SetSize(size);
 149       resampler->Update();
 150       spacing = resampler->GetOutput()->GetSpacing();
 151       size = resampler->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 152       filter->SetInput(resampler->GetOutput());
 153     }
 154     else
 155       filter->SetInput(input);
 156
 157     filter->SetVerbose(m_Verbose);
 158     if (m_ArgsInfo.threads_given) filter->SetNumberOfThreads(m_ArgsInfo.threads_arg);
 159     if (m_ArgsInfo.pad_given) {
 160       PixelType pad;
 161       if (m_ArgsInfo.pad_given !=  (pad.GetNumberOfComponents()) )
 162         pad.Fill(m_ArgsInfo.pad_arg[0]);
 163       else
 164         for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++)
 165           pad[i]=m_ArgsInfo.pad_arg[i];
 166     }
 167     filter->SetThreadSafe(m_ArgsInfo.threadSafe_flag);
 168     filter->Update();
 169     output=filter->GetOutput();
 170
 171     break;
 172   }
 173
 174   case 1: {
 175     // Create the InverseDeformationFieldFilter
 176 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
 177     typedef itk::InverseDisplacementFieldImageFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 178 #else
 179     typedef itk::InverseDeformationFieldImageFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 180 #endif
 181     typename FilterType::Pointer filter =FilterType::New();
 182     filter->SetInput(input);
 183     filter->SetOutputOrigin(input->GetOrigin());
 184     filter->SetOutputSpacing(input->GetSpacing());
 185     filter->SetSize(input->GetLargestPossibleRegion().GetSize());
 186     filter->SetSubsamplingFactor(m_ArgsInfo.sampling_arg);
 187     filter->Update();
 188     output=filter->GetOutput();
 189
 190     break;
 191   }
 192
 193   }
 194
 195   // Output
 196   typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 197   typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 198   writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 199   writer->SetInput(output);
 200   writer->Update();
 201
 202 }
 203
 204
 205 }//end clitk
 206
 207 #endif //#define clitkInvertVFGenericFilter_txx