tools/clitkInvertVFGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkInvertVFGenericFilter_txx
  19 #define clitkInvertVFGenericFilter_txx
  20
  21 #include "itkVectorResampleImageFilter.h"
  22 #include "clitkConvertBLUTCoeffsToVFFilter.h"
  23
  24 /* =================================================
  25  * @file   clitkInvertVFGenericFilter.txx
  26  * @author
  27  * @date
  28  *
  29  * @brief
  30  *
  31  ===================================================*/
  32
  33
  34 namespace clitk
  35 {
  36
  37 //-----------------------------------------------------------
  38 // Constructor
  39 //-----------------------------------------------------------
  40 template<class args_info_type>
  41 InvertVFGenericFilter<args_info_type>::InvertVFGenericFilter()
  42 {
  43   m_Verbose=false;
  44   m_InputFileName="";
  45 }
  46
  47
  48 //-----------------------------------------------------------
  49 // Update
  50 //-----------------------------------------------------------
  51 template<class args_info_type>
  52 void InvertVFGenericFilter<args_info_type>::Update()
  53 {
  54   // Read the Dimension and PixelType
  55   int Dimension;
  56   std::string PixelType;
  57   ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType);
  58
  59
  60   // Call UpdateWithDim
  61   if(Dimension==2) UpdateWithDim<2>(PixelType);
  62   else if(Dimension==3) UpdateWithDim<3>(PixelType);
  63   // else if (Dimension==4)UpdateWithDim<4>(PixelType);
  64   else {
  65     std::cout<<"Error, Only for 2 or 3  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  66     return;
  67   }
  68 }
  69
  70 //-------------------------------------------------------------------
  71 // Update with the number of dimensions
  72 //-------------------------------------------------------------------
  73 template<class args_info_type>
  74 template<unsigned int Dimension>
  75 void
  76 InvertVFGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  77 {
  78   if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  79
  80   //    if(PixelType == "short"){
  81   //       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  82   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  83   //     }
  84   //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  85   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  86   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  87   //     }
  88
  89   //     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  90   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  91   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  92   //     }
  93
  94   //     else if (PixelType == "char"){
  95   //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  96   //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  97   //     }
  98   //  else {
  99   if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
 100   UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, Dimension> >();
 101   // }
 102 }
 103
 104
 105 //-------------------------------------------------------------------
 106 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
 107 //-------------------------------------------------------------------
 108 template<class args_info_type>
 109 template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
 110 void
 111 InvertVFGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithDimAndPixelType()
 112 {
 113
 114   // ImageTypes
 115   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
 116   typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
 117
 118   // Read the input
 119   typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
 120   typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
 121   reader->SetFileName( m_InputFileName);
 122   reader->Update();
 123   typename InputImageType::Pointer input = reader->GetOutput();
 124
 125   // Filter
 126   typename OutputImageType::Pointer output;
 127   switch (m_ArgsInfo.type_arg) {
 128
 129     // clitk filter
 130   case 0: {
 131     // Create the InvertVFFilter
 132     typedef clitk::InvertVFFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 133     typename FilterType::Pointer filter =FilterType::New();
 134     if (m_ArgsInfo.like_given) {
 135       typename FilterType::SpacingType spacing;
 136       typename FilterType::SizeType size;
 137       itk::ImageIOBase::Pointer header = readImageHeader(m_ArgsInfo.like_arg);
 138       for(unsigned int i=0; i<InputImageType::ImageDimension; i++) {
 139         size[i] = header->GetDimensions(i);
 140         spacing[i] = header->GetSpacing(i);
 141       }
 142
 143       typedef itk::VectorResampleImageFilter<InputImageType, OutputImageType> ResampleFilterType;
 144       typename ResampleFilterType::Pointer resampler = ResampleFilterType::New();
 145       resampler->SetInput(input);
 146       resampler->SetOutputOrigin(input->GetOrigin());
 147       resampler->SetOutputDirection(input->GetDirection());
 148       resampler->SetOutputSpacing(spacing);
 149       resampler->SetSize(size);
 150       resampler->Update();
 151       spacing = resampler->GetOutput()->GetSpacing();
 152       size = resampler->GetOutput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 153       filter->SetInput(resampler->GetOutput());
 154     }
 155     else
 156       filter->SetInput(input);
 157
 158     filter->SetVerbose(m_Verbose);
 159     if (m_ArgsInfo.threads_given) filter->SetNumberOfThreads(m_ArgsInfo.threads_arg);
 160     if (m_ArgsInfo.pad_given) {
 161       PixelType pad;
 162       if (m_ArgsInfo.pad_given !=  (pad.GetNumberOfComponents()) )
 163         pad.Fill(m_ArgsInfo.pad_arg[0]);
 164       else
 165         for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++)
 166           pad[i]=m_ArgsInfo.pad_arg[i];
 167     }
 168     filter->SetThreadSafe(m_ArgsInfo.threadSafe_flag);
 169     filter->Update();
 170     output=filter->GetOutput();
 171
 172     break;
 173   }
 174
 175   case 1: {
 176     // Create the InvertVFFilter
 177     typedef clitk::InvertVFFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 178     typename FilterType::Pointer filter =FilterType::New();
 179     if (m_ArgsInfo.like_given) {
 180       typedef ConvertBLUTCoeffsToVFFilter<InputImageType> VFFilterType;
 181       typename VFFilterType::Pointer vf_filter = VFFilterType::New();
 182       vf_filter->SetInputFileName(m_InputFileName);
 183       vf_filter->SetLikeFileName(m_ArgsInfo.like_arg);
 184       vf_filter->SetVerbose(m_Verbose);
 185       vf_filter->Update();
 186       filter->SetInput(vf_filter->GetOutput());
 187     }
 188
 189     filter->SetVerbose(m_Verbose);
 190     if (m_ArgsInfo.threads_given) filter->SetNumberOfThreads(m_ArgsInfo.threads_arg);
 191     if (m_ArgsInfo.pad_given) {
 192       PixelType pad;
 193       if (m_ArgsInfo.pad_given !=  (pad.GetNumberOfComponents()) )
 194         pad.Fill(m_ArgsInfo.pad_arg[0]);
 195       else
 196         for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++)
 197           pad[i]=m_ArgsInfo.pad_arg[i];
 198     }
 199     filter->SetThreadSafe(m_ArgsInfo.threadSafe_flag);
 200     filter->Update();
 201     output=filter->GetOutput();
 202
 203     break;
 204   }
 205
 206   case 2: {
 207     // Create the InverseDeformationFieldFilter
 208 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
 209     typedef itk::InverseDisplacementFieldImageFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 210 #else
 211     typedef itk::InverseDeformationFieldImageFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 212 #endif
 213     typename FilterType::Pointer filter =FilterType::New();
 214     filter->SetInput(input);
 215     filter->SetOutputOrigin(input->GetOrigin());
 216     filter->SetOutputSpacing(input->GetSpacing());
 217     filter->SetSize(input->GetLargestPossibleRegion().GetSize());
 218     filter->SetSubsamplingFactor(m_ArgsInfo.sampling_arg);
 219     filter->Update();
 220     output=filter->GetOutput();
 221
 222     break;
 223   }
 224
 225
 226   }
 227
 228   // Output
 229   typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 230   typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 231   writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 232   writer->SetInput(output);
 233   writer->Update();
 234
 235 }
 236
 237
 238 }//end clitk
 239
 240 #endif //#define clitkInvertVFGenericFilter_txx